More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1225 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 249 aa  504  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  54.69 
 
 		 252 aa  241  7e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  48.54 
 
 		 253 aa  207  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  42.69 
 
 		 248 aa  189  5e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  44.64 
 
 		 246 aa  188  7e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  45.11 
 
 		 246 aa  180  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  45.45 
 
 		 284 aa  179  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  45.95 
 
 		 237 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  44.35 
 
 		 252 aa  175  6e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  40.17 
 
 		 249 aa  170  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  43.61 
 
 		 237 aa  169  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  43.5 
 
 		 247 aa  168  6e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  41.77 
 
 		 239 aa  166  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  47.09 
 
 		 258 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  44.21 
 
 		 240 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  40.99 
 
 		 234 aa  164  9e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  46.12 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  41.33 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  46.4 
 
 		 211 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  41.15 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  42.06 
 
 		 324 aa  160  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  43.05 
 
 		 247 aa  159  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  41.26 
 
 		 220 aa  159  5e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  40.79 
 
 		 222 aa  157  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  40.55 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  42.04 
 
 		 236 aa  156  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  39.42 
 
 		 232 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  40.18 
 
 		 218 aa  156  3e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  38.74 
 
 		 243 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  43.32 
 
 		 224 aa  155  4e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  43.36 
 
 		 246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  41.28 
 
 		 245 aa  155  6e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  42.19 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  41.1 
 
 		 239 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  41.92 
 
 		 227 aa  152  4e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  41.47 
 
 		 228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  41.48 
 
 		 237 aa  150  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  37.71 
 
 		 232 aa  150  3e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2167  hypothetical protein  46.33 
 
 		 246 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  45.21 
 
 		 211 aa  149  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  41.85 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0839  rhomboid family protein  45.87 
 
 		 246 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  42.25 
 
 		 222 aa  148  9e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  44.05 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  41.1 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  39.19 
 
 		 233 aa  145  5e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1696  rhomboid-like protein  40.44 
 
 		 256 aa  143  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0169703  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  43.65 
 
 		 260 aa  142  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  40.85 
 
 		 222 aa  141  8e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  39.32 
 
 		 264 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  41.01 
 
 		 219 aa  140  3e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  40.99 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  36.11 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  42.01 
 
 		 221 aa  137  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  40.71 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  37.78 
 
 		 218 aa  134  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  36.86 
 
 		 245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  34.36 
 
 		 248 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  38.3 
 
 		 247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  34.18 
 
 		 263 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  38.18 
 
 		 223 aa  130  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  41.94 
 
 		 238 aa  127  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  39.23 
 
 		 362 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4977  rhomboid family protein  36.8 
 
 		 289 aa  126  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  36.13 
 
 		 231 aa  125  7e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  44.83 
 
 		 252 aa  125  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  38.94 
 
 		 231 aa  125  9e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  38.33 
 
 		 232 aa  123  2e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  34.29 
 
 		 261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  39.41 
 
 		 252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  36.4 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  34.55 
 
 		 237 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3140  Rhomboid family protein  35.27 
 
 		 254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  34.29 
 
 		 265 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  36.89 
 
 		 360 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  36.89 
 
 		 360 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  35.19 
 
 		 360 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0405  Rhomboid family protein  40.79 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1551  rhomboid-like protein  33.48 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0302245 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  38.43 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  37.6 
 
 		 246 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  40.91 
 
 		 283 aa  103  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  37.6 
 
 		 246 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  40.76 
 
 		 444 aa  104  2e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2016  rhomboid-like protein  40.13 
 
 		 504 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0239  rhomboid family protein  33.04 
 
 		 251 aa  103  4e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.270318 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1026  hypothetical protein  32.19 
 
 		 259 aa  102  5e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877096  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  32.33 
 
 		 371 aa  99  7e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  39.16 
 
 		 273 aa  98.6  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1953  Rhomboid family protein  36.18 
 
 		 267 aa  95.5  7e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  36.59 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0702  rhomboid family protein  36.02 
 
 		 360 aa  94.4  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  35.75 
 
 		 278 aa  94.7  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  39.42 
 
 		 276 aa  93.2  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0305  Rhomboid family protein  36.88 
 
 		 230 aa  93.6  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000904763 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  41.88 
 
 		 251 aa  92.4  7e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  35.86 
 
 		 273 aa  90.1  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3678  rhomboid family protein  35.56 
 
 		 483 aa  85.1  9e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0309467  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  36.76 
 
 		 273 aa  84  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03550  peptidase, S54 (rhomboid) family  35.46 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>