269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1222 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1222  spermidine synthase  100 
 
 		 510 aa  1046    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00106657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3735  spermidine synthase  41.45 
 
 		 499 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4736  spermidine synthase  40.44 
 
 		 521 aa  402  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3446  spermidine synthase  41.18 
 
 		 510 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.351486  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0111  spermidine synthase  40.76 
 
 		 498 aa  399  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.5367  normal  0.241238 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4094  spermidine synthase  41.58 
 
 		 521 aa  402  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.392732  normal  0.362775 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4785  spermidine synthase  41.2 
 
 		 527 aa  397  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2743  Spermine synthase  39.84 
 
 		 536 aa  389  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.241267  hitchhiker  0.00393215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  41.51 
 
 		 508 aa  391  1e-107  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0249  spermidine synthase  41.47 
 
 		 528 aa  389  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3461  spermidine synthase  40.64 
 
 		 503 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3304  spermidine synthase  40.93 
 
 		 503 aa  375  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0560723  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5266  spermidine synthase  39.4 
 
 		 514 aa  356  5e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0816  spermidine synthase  37.83 
 
 		 504 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.072046  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0866  Spermine synthase  37.32 
 
 		 515 aa  352  7e-96  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3473  spermidine synthase  37.7 
 
 		 504 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4893  spermidine synthase  37.7 
 
 		 504 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737239  normal  0.923655 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5393  spermidine synthase  37.7 
 
 		 504 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.377907  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1306  spermidine synthase  38.24 
 
 		 525 aa  348  1e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4273  spermidine synthase  37.5 
 
 		 504 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0733287 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1337  spermidine synthase  38.65 
 
 		 510 aa  348  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4232  spermidine synthase  37.24 
 
 		 525 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.716937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4120  spermidine synthase  37.24 
 
 		 525 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.139425  normal  0.076368 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4800  spermidine synthase  37.5 
 
 		 504 aa  347  3e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.654715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2234  spermidine synthase  37.1 
 
 		 528 aa  333  4e-90  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  37.98 
 
 		 533 aa  327  3e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1156  Spermine synthase  37.98 
 
 		 538 aa  320  3e-86  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3170  spermidine synthase  37.25 
 
 		 529 aa  320  3.9999999999999996e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0139391  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0855  spermidine synthase  38.02 
 
 		 567 aa  317  3e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00481823  normal  0.101312 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5174  Spermine synthase  37.11 
 
 		 521 aa  303  5.000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0126  spermidine synthase  36.27 
 
 		 519 aa  294  2e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.597506  decreased coverage  0.0000389155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1862  spermidine synthase  34.34 
 
 		 520 aa  276  7e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3503  Spermine synthase  35.06 
 
 		 520 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.389459  normal  0.637875 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1882  spermidine synthase  34 
 
 		 520 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.710411  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1928  spermidine synthase  34 
 
 		 520 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.259816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  32.53 
 
 		 522 aa  259  7e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  34.34 
 
 		 523 aa  253  6e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0906  spermidine synthase  31.38 
 
 		 570 aa  223  4.9999999999999996e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.975863  normal  0.296256 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4189  spermidine synthase  28.19 
 
 		 568 aa  207  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2666  spermidine synthase  29.29 
 
 		 571 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00544767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3264  spermidine synthase  27.71 
 
 		 586 aa  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.239403  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0924  spermidine synthase  27.26 
 
 		 574 aa  181  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.305846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3448  spermidine synthase  27.26 
 
 		 574 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0193946  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0890  spermidine synthase  27.44 
 
 		 574 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.164164  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3836  spermidine synthase  28.47 
 
 		 595 aa  179  9e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0396024  unclonable  0.000000000324026 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0914  spermidine synthase  27.26 
 
 		 574 aa  179  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.013206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0724  spermidine synthase  29.04 
 
 		 576 aa  178  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105401  hitchhiker  0.00000291342 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0699  spermidine synthase  26.86 
 
 		 566 aa  178  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000065174  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3089  spermidine synthase  27.19 
 
 		 574 aa  177  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.170369  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3480  spermidine synthase  27.77 
 
 		 575 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.212317  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0829  spermidine synthase  27.73 
 
 		 577 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5060  spermidine synthase  43.38 
 
 		 360 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5445  spermidine synthase  43.38 
 
 		 360 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0860  spermidine synthase  27.83 
 
 		 577 aa  172  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.801712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3112  spermidine synthase  27.52 
 
 		 577 aa  170  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.132702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5301  spermidine synthase  42.48 
 
 		 360 aa  170  6e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000883431 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4905  spermidine synthase  42.48 
 
 		 369 aa  169  8e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5332  spermidine synthase  45.1 
 
 		 363 aa  169  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5627  spermidine synthase  46.19 
 
 		 360 aa  169  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000165937 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0625  spermidine synthase  27.26 
 
 		 575 aa  168  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.415321  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3763  spermidine synthase  26.41 
 
 		 574 aa  167  4e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4890  spermidine synthase  42.48 
 
 		 405 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5377  spermidine synthase  45.1 
 
 		 375 aa  166  8e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2430  Spermine synthase  28.14 
 
 		 529 aa  162  1e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.514854  hitchhiker  0.00202916 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  35.59 
 
 		 326 aa  137  5e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2253  spermine synthase / spermidine synthase  37 
 
 		 303 aa  135  1.9999999999999998e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.158612 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0155  spermidine synthase  34.09 
 
 		 276 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.164944  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1395  Spermine synthase  34.08 
 
 		 285 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1858  Spermine synthase  35.56 
 
 		 314 aa  127  7e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.252885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0120  spermidine synthase  32.92 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.14036  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40897  Spermidine synthase  32.08 
 
 		 328 aa  122  9.999999999999999e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.862336 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1565  Spermine synthase  32.92 
 
 		 312 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.673187  normal  0.0572452 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1812  Spermine synthase  36.41 
 
 		 301 aa  121  3e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  32.48 
 
 		 305 aa  121  3e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0772  spermine synthase / spermidine synthase  31.28 
 
 		 289 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1086  spermidine synthase  31.25 
 
 		 280 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18761  spermidine synthase  33.49 
 
 		 283 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.443872  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18951  spermidine synthase  31.51 
 
 		 283 aa  117  5e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.454611  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0185  spermidine synthase  31.69 
 
 		 286 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.506874 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0182  spermidine synthase  31.69 
 
 		 286 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0181  spermidine synthase  31.69 
 
 		 286 aa  116  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1778  spermidine synthase  32.74 
 
 		 283 aa  116  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.251916  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0198  spermidine synthase  31.69 
 
 		 286 aa  116  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0190  spermidine synthase  31.69 
 
 		 286 aa  116  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.241142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1825  spermidine synthase  31.25 
 
 		 280 aa  116  8.999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0114  spermidine synthase  32.14 
 
 		 288 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000001847  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0284  spermine synthase  33.95 
 
 		 289 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.774661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0886  spermidine synthase  32.59 
 
 		 310 aa  115  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.176516 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1580  spermidine synthase  31.37 
 
 		 277 aa  114  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1460  Spermine synthase  33.19 
 
 		 304 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2836  spermidine synthase  30.96 
 
 		 287 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0831  spermidine synthase  30.47 
 
 		 280 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0669  spermidine synthase  31.12 
 
 		 289 aa  114  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000146027  normal  0.395519 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00120  spermidine synthase  31.7 
 
 		 288 aa  114  6e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387054  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3481  spermidine synthase  31.7 
 
 		 288 aa  114  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00013489  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00119  hypothetical protein  31.7 
 
 		 288 aa  114  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00179737  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3538  spermidine synthase  31.7 
 
 		 288 aa  114  6e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00580941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0131  spermidine synthase  31.7 
 
 		 288 aa  114  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.316229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0125  spermidine synthase  31.7 
 
 		 288 aa  114  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567912  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0123  spermidine synthase  31.7 
 
 		 288 aa  114  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.705101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>