127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1066 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1066  GGDEF  100 
 
 
271 aa  563  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  26.23 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  26.14 
 
 
310 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  25.96 
 
 
311 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  25.25 
 
 
310 aa  103  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  25.58 
 
 
310 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  24.25 
 
 
310 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  25.25 
 
 
310 aa  99.4  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  24.26 
 
 
310 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  24.26 
 
 
310 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  24.26 
 
 
310 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  22.59 
 
 
309 aa  97.1  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  23.93 
 
 
310 aa  95.9  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  24.17 
 
 
310 aa  92  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  24.17 
 
 
310 aa  92  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  24.17 
 
 
310 aa  92  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  24.17 
 
 
310 aa  92  9e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  23.92 
 
 
310 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  25.17 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  25.17 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  25.83 
 
 
316 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  25.83 
 
 
316 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  25.83 
 
 
316 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  25.83 
 
 
316 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  25.83 
 
 
316 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  25.83 
 
 
316 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  25.83 
 
 
316 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  25.83 
 
 
316 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  24.83 
 
 
316 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  22.33 
 
 
309 aa  87.8  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  22.88 
 
 
316 aa  86.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  23.84 
 
 
311 aa  86.7  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  24.83 
 
 
320 aa  85.5  9e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  24.83 
 
 
315 aa  82.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  23.15 
 
 
307 aa  82.8  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  24.83 
 
 
315 aa  82.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  24.83 
 
 
315 aa  82.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  24.83 
 
 
315 aa  82.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  24.83 
 
 
316 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  23.84 
 
 
319 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  23.59 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  24.83 
 
 
323 aa  81.3  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  25.12 
 
 
314 aa  80.5  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  24.5 
 
 
315 aa  79.3  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  24.5 
 
 
316 aa  79  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  22.92 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  26.17 
 
 
307 aa  76.6  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  25.57 
 
 
271 aa  75.5  0.0000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  22.27 
 
 
293 aa  74.7  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  23.4 
 
 
254 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  21.86 
 
 
297 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  20.21 
 
 
287 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  24.51 
 
 
310 aa  70.1  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  22.74 
 
 
310 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  22.57 
 
 
287 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  23.11 
 
 
291 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  22.71 
 
 
291 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  22.71 
 
 
287 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  22.07 
 
 
287 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  22.71 
 
 
287 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  21.97 
 
 
298 aa  64.3  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  20.27 
 
 
302 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  23.3 
 
 
287 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  27.47 
 
 
320 aa  63.2  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  22.31 
 
 
291 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  24.74 
 
 
320 aa  61.6  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  20 
 
 
296 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  24.15 
 
 
287 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  21.72 
 
 
296 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  23.84 
 
 
311 aa  59.3  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  17.68 
 
 
294 aa  58.9  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  21.38 
 
 
296 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  24.88 
 
 
287 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  24.31 
 
 
296 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  20.53 
 
 
304 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  22.22 
 
 
293 aa  56.2  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2699  UspA domain-containing protein  21.72 
 
 
296 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  21.12 
 
 
289 aa  55.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  26 
 
 
313 aa  54.3  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  21.19 
 
 
304 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  18.92 
 
 
293 aa  53.9  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1649  UspA domain-containing protein  23.13 
 
 
305 aa  53.5  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  25.34 
 
 
296 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3216  hypothetical protein  19.4 
 
 
299 aa  53.1  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  25.43 
 
 
311 aa  52.4  0.000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  18.91 
 
 
294 aa  52  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  24.73 
 
 
318 aa  50.8  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  20.96 
 
 
305 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  24.58 
 
 
323 aa  50.4  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  20.67 
 
 
294 aa  50.4  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0038  universal stress family protein  24.5 
 
 
155 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.98264  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1124  UspA domain-containing protein  21.33 
 
 
282 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  25.4 
 
 
327 aa  48.5  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  22.03 
 
 
298 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0032  universal stress protein  24.5 
 
 
155 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1185  universal stress protein  24.5 
 
 
155 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1465  universal stress protein  24.5 
 
 
155 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0038  universal stress protein  24.5 
 
 
155 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.283622  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  17.39 
 
 
294 aa  48.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  20.35 
 
 
296 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>