222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1014 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1014  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  100 
 
 
472 aa  958    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000194163  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2732  glycoside hydrolase family 43  49.49 
 
 
315 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3750  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  47.39 
 
 
319 aa  239  5.999999999999999e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407758  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2813  glycoside hydrolase family 43  45.36 
 
 
331 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0257715  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1995  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  42.09 
 
 
355 aa  220  5e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000026265  hitchhiker  0.0000968585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1980  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  42.09 
 
 
355 aa  219  7e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000532018  hitchhiker  0.000349844 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2082  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  42.09 
 
 
356 aa  219  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000230744  hitchhiker  0.000000189943 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2051  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  41.22 
 
 
357 aa  218  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2156  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  41.22 
 
 
352 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000116592  hitchhiker  0.00999646 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2201  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  42.07 
 
 
343 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1390  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  38.85 
 
 
341 aa  211  3e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.287204  normal  0.664348 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4284  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  41.31 
 
 
327 aa  207  3e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0989  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  44.6 
 
 
334 aa  204  3e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0127699  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0786  arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  39.19 
 
 
346 aa  196  9e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000141301  normal  0.447167 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0179  cellulose-binding family II  37 
 
 
598 aa  181  2e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00318302 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04520  beta-xylosidase  38.26 
 
 
491 aa  178  2e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.130696  normal  0.0670778 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0516  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  35.08 
 
 
366 aa  174  2.9999999999999996e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000112186  decreased coverage  0.000226611 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2809  ATPase  51.53 
 
 
789 aa  169  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.153749  decreased coverage  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0078  Arabinan endo-1,5-alpha-L-arabinosidase  36.86 
 
 
379 aa  154  5e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144884  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1729  glycoside hydrolase family 43  33.83 
 
 
472 aa  139  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.101805  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02534  endoarabinanase (Eurofung)  36.88 
 
 
380 aa  126  7e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2449  glycoside hydrolase family 43  34.4 
 
 
537 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.114761  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03044  Endo-arabinanase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q1HFU2]  32.3 
 
 
386 aa  117  3.9999999999999997e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0376  Endo-1,4-beta-xylanase  40.43 
 
 
495 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1703  hypothetical protein  33.33 
 
 
392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.595343 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4440  Ricin B lectin  43.66 
 
 
566 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0151299  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08007  Endo-alpha-1,5-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AUM3]  31.51 
 
 
320 aa  108  1e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.766445 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4966  Alpha-N-arabinofuranosidase  38.69 
 
 
507 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.451245  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2450  Ricin B lectin  42.96 
 
 
582 aa  107  4e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0349225  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4504  glycoside hydrolase family 43  34.44 
 
 
510 aa  107  4e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2848  Alpha-N-arabinofuranosidase  37.96 
 
 
520 aa  107  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.724859  decreased coverage  0.0053695 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4703  glycoside hydrolase family 43  30.86 
 
 
341 aa  107  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.184013  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06352  Endo-alpha-1,5-L-arabinanasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5AZC8]  29.82 
 
 
400 aa  107  6e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.605603  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4084  Ricin B lectin  37.18 
 
 
1413 aa  106  8e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1428  Ricin B lectin  39.86 
 
 
1139 aa  103  8e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.737248  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2423  glycoside hydrolase family 43  32.45 
 
 
699 aa  103  9e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1962  Endo-1,4-beta-xylanase  41.84 
 
 
411 aa  102  1e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.634854  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2125  Ricin B lectin  41.55 
 
 
491 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1905  glucan endo-1,6-beta-glucosidase  39.72 
 
 
695 aa  101  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2942  Alpha-N-arabinofuranosidase  32.21 
 
 
474 aa  99.4  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0858983  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0383  Ricin B lectin  38.69 
 
 
401 aa  98.6  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4496  glycoside hydrolase family 43  33.11 
 
 
503 aa  96.7  8e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0241272  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3403  glycoside hydrolase family 43  32.92 
 
 
357 aa  96.7  8e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000194853  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2530  Ricin B lectin  40.15 
 
 
412 aa  96.7  9e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00551776  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0637  glycoside hydrolase family protein  30.68 
 
 
471 aa  96.3  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622549  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3927  Ricin B lectin  37.93 
 
 
436 aa  95.5  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0661  Ricin B lectin  35.77 
 
 
571 aa  95.5  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4855  Ricin B lectin  36.69 
 
 
503 aa  94  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0410154  normal  0.0144537 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0662  glycoside hydrolase family protein  31.94 
 
 
471 aa  93.2  9e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000191922  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1643  parallel beta-helix repeat-containing ricin B lectin  33.13 
 
 
563 aa  92.4  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0664  glycoside hydrolase family protein  29.82 
 
 
476 aa  90.1  7e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6081  glycoside hydrolase family 43  33.7 
 
 
480 aa  90.1  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0015  alpha-L-arabinofuranosidase B  28.29 
 
 
707 aa  89.4  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0639  glycoside hydrolase family protein  29.39 
 
 
475 aa  89  1e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000370471  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3944  Alpha-N-arabinofuranosidase  25.87 
 
 
466 aa  89.7  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1313  Pectate lyase  35.92 
 
 
430 aa  89.4  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0268992  hitchhiker  0.00857009 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5663  Ricin B lectin  38.03 
 
 
1187 aa  88.2  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.765642  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29390  beta-xylosidase  29.6 
 
 
494 aa  87.8  3e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.838648  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1280  glycoside hydrolase family 43  35.04 
 
 
691 aa  87.4  5e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.286369  hitchhiker  0.00183728 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0473  glycoside hydrolase family 43  29.3 
 
 
829 aa  86.3  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.658009  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4176  carbohydrate-binding family 6 protein  33.57 
 
 
884 aa  85.1  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6159  Alpha-N-arabinofuranosidase  34.53 
 
 
507 aa  85.1  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.444689  normal  0.0822461 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3292  glycoside hydrolase family 43  28.47 
 
 
488 aa  85.5  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.223704  hitchhiker  0.00299224 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1393  immunoglobulin I-set domain-containing protein  29.69 
 
 
810 aa  83.6  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3586  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  30.43 
 
 
514 aa  83.6  0.000000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1524  glycoside hydrolase family 43  27.54 
 
 
524 aa  83.2  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4332  Ricin B lectin  32.67 
 
 
615 aa  83.2  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.817761  normal  0.0720026 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1622  glycoside hydrolase family 43  29.2 
 
 
703 aa  83.2  0.00000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.372812  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6252  Ricin B lectin  35.51 
 
 
737 aa  82.8  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.189274 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1623  glycoside hydrolase family 43  29.13 
 
 
804 aa  81.6  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0299424  normal  0.680345 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6290  Ricin B lectin  33.33 
 
 
1259 aa  81.6  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0798248 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4287  Ricin B lectin  36.5 
 
 
647 aa  80.9  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.718232  normal  0.560117 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3803  Ricin B lectin  36.23 
 
 
943 aa  80.5  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.307116  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0976  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  33.99 
 
 
507 aa  80.1  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4174  carbohydrate-binding family 6 protein  28.34 
 
 
957 aa  79.3  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.49527  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0510  glycoside hydrolase family 43  28.4 
 
 
456 aa  79  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0180422  hitchhiker  0.00320544 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2866  glycoside hydrolase family 43  33.1 
 
 
487 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.141314  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4856  Ricin B lectin  33.58 
 
 
569 aa  78.2  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.173308  normal  0.0148414 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2992  helix-turn-helix, AraC type  31.51 
 
 
982 aa  77.8  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0557584  hitchhiker  0.000000421127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6044  glycoside hydrolase family 43  29.2 
 
 
501 aa  77.8  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.845022  normal  0.0554344 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5674  Ricin B lectin  36.62 
 
 
425 aa  77.8  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.510311 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1999  glycoside hydrolase family protein  26.2 
 
 
1121 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000101187  decreased coverage  0.0000000170847 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2047  glycoside hydrolase family protein  26.42 
 
 
1112 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000114958  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1976  glycoside hydrolase family protein  26.65 
 
 
1121 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00565193  hitchhiker  0.00420486 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0740  Arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  32.68 
 
 
507 aa  77.4  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3710  arabinogalactan endo-1,4-beta-galactosidase  34.62 
 
 
476 aa  76.6  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000857688  normal  0.462081 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  32.41 
 
 
863 aa  76.3  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2086  beta-xylosidase-like protein  26.52 
 
 
1121 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00280414  decreased coverage  0.0000000469917 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6977  hypothetical protein  36.84 
 
 
897 aa  75.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449457  normal  0.690746 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4904  Ricin B lectin  33.1 
 
 
494 aa  74.3  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146094  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4574  Ricin B lectin  31.39 
 
 
672 aa  73.9  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4621  Ricin B lectin  32.85 
 
 
497 aa  73.6  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3240  protein of unknown function DUF291  32.37 
 
 
2073 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3360  glycoside hydrolase family 43  25.2 
 
 
522 aa  72.4  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0779432 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1461  Ricin B lectin  29.93 
 
 
560 aa  68.9  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.851115  normal  0.229288 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4436  glucan 1,6-alpha-isomaltosidase  27.45 
 
 
1172 aa  67  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2728  hypothetical protein  39.68 
 
 
848 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0859  Ricin B lectin  27.54 
 
 
483 aa  66.6  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2161  glycoside hydrolase family protein  28.64 
 
 
1143 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000526501  hitchhiker  0.0000457644 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0329  Pectate lyase  46.67 
 
 
445 aa  65.9  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0745769 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>