More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0996 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  100 
 
 		 175 aa  357  5e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  64.57 
 
 		 160 aa  203  1e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  57.56 
 
 		 159 aa  202  3e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  57.56 
 
 		 159 aa  201  6e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  56.82 
 
 		 158 aa  199  1.9999999999999998e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  57.06 
 
 		 158 aa  197  7.999999999999999e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  59.88 
 
 		 154 aa  195  3e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  60.57 
 
 		 163 aa  194  4.0000000000000005e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  57.39 
 
 		 167 aa  190  9e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  62.86 
 
 		 165 aa  188  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  62.86 
 
 		 165 aa  188  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  57.54 
 
 		 171 aa  187  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  64.83 
 
 		 238 aa  186  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  55.8 
 
 		 182 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  62.84 
 
 		 234 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  62.84 
 
 		 236 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  55.74 
 
 		 180 aa  183  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  62.84 
 
 		 234 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  62.84 
 
 		 234 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  51.72 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  51.72 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  62.84 
 
 		 236 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  51.72 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  51.72 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  51.72 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  51.72 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  51.72 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  51.72 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  57.54 
 
 		 176 aa  182  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  53.19 
 
 		 177 aa  181  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2690  single-strand binding protein  54.05 
 
 		 172 aa  181  7e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0960941  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  55.56 
 
 		 154 aa  180  8.000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  55.68 
 
 		 182 aa  179  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  58.01 
 
 		 176 aa  180  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  53.33 
 
 		 168 aa  179  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  51.37 
 
 		 165 aa  180  1e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  56.28 
 
 		 180 aa  180  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  58.47 
 
 		 176 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  58.47 
 
 		 176 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  58.47 
 
 		 176 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  58.47 
 
 		 176 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  58.47 
 
 		 176 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  56.59 
 
 		 181 aa  178  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1992  single-strand binding protein  74.07 
 
 		 230 aa  178  4e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000347052  decreased coverage  0.0000711736 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  55.74 
 
 		 182 aa  177  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  55.74 
 
 		 182 aa  177  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  55.74 
 
 		 182 aa  177  4.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  65.19 
 
 		 231 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  52.25 
 
 		 175 aa  177  5.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1958  single-strand binding protein  48.4 
 
 		 219 aa  177  9e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000182579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  51.58 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  53.53 
 
 		 152 aa  176  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  51.74 
 
 		 151 aa  176  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  52.46 
 
 		 190 aa  176  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  51.46 
 
 		 149 aa  175  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  63.64 
 
 		 188 aa  175  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  52.69 
 
 		 167 aa  174  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  53.85 
 
 		 181 aa  174  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  53.3 
 
 		 188 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  55.81 
 
 		 155 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  68.07 
 
 		 222 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  69.09 
 
 		 200 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0748  single-strand binding protein  57.69 
 
 		 174 aa  172  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.810085  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3710  single-strand binding protein  69.17 
 
 		 242 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000568362  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  71.68 
 
 		 234 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0640  single-strand binding protein  71.93 
 
 		 225 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000164603  unclonable  0.0000000189971 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4025  single-strand binding protein  72.81 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000941126  unclonable  0.000000000110243 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1683  putative single-strand binding protein  47.2 
 
 		 213 aa  171  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  51.61 
 
 		 175 aa  171  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0535  single-strand binding protein  71.05 
 
 		 220 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  58.5 
 
 		 196 aa  170  7.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  62.04 
 
 		 236 aa  170  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  43.97 
 
 		 233 aa  170  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  56.71 
 
 		 235 aa  170  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  54.97 
 
 		 156 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  64.34 
 
 		 151 aa  169  2e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  54.97 
 
 		 156 aa  169  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  56.71 
 
 		 236 aa  169  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  52.83 
 
 		 222 aa  169  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  65.81 
 
 		 183 aa  168  3e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  50.82 
 
 		 173 aa  168  4e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  51.96 
 
 		 178 aa  167  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0327  single-strand binding protein  50.75 
 
 		 201 aa  167  7e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00747942  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  51.38 
 
 		 184 aa  167  9e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0108  single-strand DNA-binding protein  50.86 
 
 		 175 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.127981 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  56.57 
 
 		 162 aa  165  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  65.79 
 
 		 178 aa  165  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0315  single-stranded DNA-binding protein  69.52 
 
 		 181 aa  165  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  50.81 
 
 		 175 aa  164  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0555  single-strand binding protein  69.52 
 
 		 183 aa  164  6.9999999999999995e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4247  single-strand binding protein  60.8 
 
 		 246 aa  163  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.301307  hitchhiker  0.0000000000394233 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0351  single-stranded DNA-binding protein  68.57 
 
 		 169 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0967385  normal  0.582722 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  61.34 
 
 		 161 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  51.46 
 
 		 161 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  61.34 
 
 		 161 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4136  single-strand binding protein  53.98 
 
 		 165 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00257705  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4323  single-strand binding protein  48.42 
 
 		 214 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4185  single-strand binding protein  51.4 
 
 		 170 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0369  single-stranded DNA-binding protein  67.62 
 
 		 181 aa  161  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3728  single-strand binding protein  51.16 
 
 		 167 aa  161  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0825596  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>