More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0960 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
214 aa  429  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  6.7151e-11  hitchhiker  1.66028e-07 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  75.96 
 
 
209 aa  334  6e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.9924e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  75.48 
 
 
209 aa  333  1e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.45621e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  75 
 
 
209 aa  331  5e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  75.24 
 
 
209 aa  328  4e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  75.48 
 
 
209 aa  327  9e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  74.41 
 
 
211 aa  323  9e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  74.41 
 
 
211 aa  323  9e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  2.09689e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  74.41 
 
 
211 aa  323  9e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  8.38631e-08  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  74.41 
 
 
211 aa  322  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  73.58 
 
 
212 aa  323  2e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  1.5584e-06  hitchhiker  7.58128e-06 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  72.99 
 
 
211 aa  322  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.74535e-10  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  73.46 
 
 
211 aa  319  2e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  74.53 
 
 
212 aa  319  2e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.8687e-07  unclonable  4.91767e-12 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  72.51 
 
 
211 aa  319  2e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  1.65351e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  73.46 
 
 
211 aa  319  2e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.30335e-05  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  73.71 
 
 
214 aa  317  8e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  6.58885e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  72.04 
 
 
211 aa  317  8e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0719  ribosomal protein L3  72.17 
 
 
212 aa  310  8e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  5.25785e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  70.19 
 
 
209 aa  308  6e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.56273e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  70.19 
 
 
209 aa  308  6e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.83333e-10  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  70.19 
 
 
209 aa  308  6e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  70.28 
 
 
212 aa  307  8e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06250  50S ribosomal protein L3  73.5 
 
 
200 aa  306  1e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00608659  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  69.71 
 
 
209 aa  306  2e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  3.54089e-10  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  70.19 
 
 
209 aa  306  2e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  70.67 
 
 
209 aa  305  4e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.63503e-07  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  69.71 
 
 
209 aa  305  4e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  9.94751e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  69.91 
 
 
218 aa  304  5e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  69.23 
 
 
209 aa  304  6e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.33554e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  69.81 
 
 
212 aa  304  6e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.06645e-07  decreased coverage  4.70561e-05 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  69.71 
 
 
209 aa  304  7e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.14725e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  69.71 
 
 
209 aa  304  7e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  3.09233e-06  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0231  50S ribosomal protein L3  70.75 
 
 
212 aa  304  7e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  69.71 
 
 
209 aa  304  7e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  6.66979e-07  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  69.71 
 
 
209 aa  304  7e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  69.71 
 
 
209 aa  304  7e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.0519e-10  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  69.71 
 
 
209 aa  304  7e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  69.71 
 
 
209 aa  304  7e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.38592e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0199  50S ribosomal protein L3  70.75 
 
 
212 aa  304  7e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.0724e-08  hitchhiker  1.9855e-09 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  69.71 
 
 
209 aa  304  7e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.56822e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0194  50S ribosomal protein L3  70.75 
 
 
212 aa  304  7e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000648086  decreased coverage  0.00032055 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0199  50S ribosomal protein L3  70.75 
 
 
212 aa  304  7e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  6.36858e-07  unclonable  1.96513e-11 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  69.71 
 
 
209 aa  304  7e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.24545e-06  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3759  50S ribosomal protein L3  70.28 
 
 
212 aa  302  3e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.58076e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0200  50S ribosomal protein L3  69.81 
 
 
212 aa  301  4e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.46138e-08  unclonable  9.36811e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0196  50S ribosomal protein L3  69.81 
 
 
212 aa  301  4e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.33275e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  70.28 
 
 
212 aa  301  4e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4056  50S ribosomal protein L3  69.81 
 
 
212 aa  301  4e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.39517e-08  hitchhiker  1.8898e-10 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4170  50S ribosomal protein L3  69.81 
 
 
212 aa  301  4e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.00962e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  68.75 
 
 
209 aa  301  6e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  2.22247e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  69.34 
 
 
212 aa  301  6e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  7.26152e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3807  50S ribosomal protein L3  69.23 
 
 
209 aa  300  8e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  1.42393e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3636  50S ribosomal protein L3  69.23 
 
 
209 aa  300  8e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.45749e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3744  50S ribosomal protein L3  69.23 
 
 
209 aa  300  8e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00311101  normal  0.0177476 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3636  50S ribosomal protein L3  69.23 
 
 
209 aa  300  8e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  3.30914e-05  normal  0.241535 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  69.23 
 
 
209 aa  300  8e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  68.4 
 
 
212 aa  299  2e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.66431e-08  unclonable  2.47869e-08 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0213  50S ribosomal protein L3  72.17 
 
 
212 aa  298  3e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.6877e-07  unclonable  7.31174e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  68.4 
 
 
212 aa  298  3e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  7.15109e-07  unclonable  5.79905e-11 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0756  50S ribosomal protein L3  68.25 
 
 
216 aa  298  4e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  3.85888e-10  normal  0.0180173 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0858  ribosomal protein L3  68.98 
 
 
216 aa  297  8e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.451508  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0059  50S ribosomal protein L3  69.23 
 
 
208 aa  297  9e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  1.58228e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  68.08 
 
 
214 aa  295  3e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04521  50S ribosomal protein L3  69.57 
 
 
207 aa  295  5e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  5.54969e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0328  ribosomal protein L3  63.77 
 
 
212 aa  293  1e-78  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0170  50S ribosomal protein L3  67.45 
 
 
212 aa  293  1e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.9478e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0148  50S ribosomal protein L3  66.98 
 
 
212 aa  293  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.84118e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2324  ribosomal protein L3  66.98 
 
 
215 aa  291  6e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000235705  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  66.51 
 
 
212 aa  291  7e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  66.2 
 
 
212 aa  283  2e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  5.09154e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0323  50S ribosomal protein L3  65.88 
 
 
214 aa  282  2e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  3.34047e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1854  50S ribosomal protein L3  64.79 
 
 
217 aa  282  3e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000292484  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0337  50S ribosomal protein L3  64.79 
 
 
217 aa  280  8e-75  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  7.73756e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0295  ribosomal protein L3  66.04 
 
 
212 aa  279  3e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  4.79422e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0489  50S ribosomal protein L3  65.09 
 
 
212 aa  276  2e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  1.09318e-13  normal  0.010086 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  63.98 
 
 
214 aa  275  5e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  3.24929e-11  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2372  ribosomal protein L3  64.29 
 
 
211 aa  275  5e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0494  50S ribosomal protein L3  61.43 
 
 
215 aa  272  2e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  3.68377e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  64.15 
 
 
212 aa  273  2e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  8.08775e-12  hitchhiker  3.19768e-05 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0484  50S ribosomal protein L3  65.09 
 
 
212 aa  273  2e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  1.99127e-06  normal  0.0280354 
 
 
 
NC_010577  XfasM23_0433  50S ribosomal protein L3  61.72 
 
 
210 aa  272  3e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  2.41052e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2950  50S ribosomal protein L3  61.97 
 
 
217 aa  270  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  2.76942e-07  decreased coverage  1.34206e-07 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3297  50S ribosomal protein L3  61.97 
 
 
217 aa  270  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  5.38385e-07  hitchhiker  8.07722e-05 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3447  50S ribosomal protein L3  62.44 
 
 
217 aa  267  7e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  1.08395e-11  normal  0.0130308 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  61.61 
 
 
214 aa  267  9e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  3.338e-09  unclonable  1.02958e-07 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0394  50S ribosomal protein L3  64.65 
 
 
216 aa  267  9e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3317  50S ribosomal protein L3  61.5 
 
 
214 aa  267  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  4.49005e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3179  50S ribosomal protein L3  61.03 
 
 
216 aa  266  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  1.28128e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0327  50S ribosomal protein L3  61.97 
 
 
216 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  9.00525e-05  normal  0.0194513 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2759  50S ribosomal protein L3  61.97 
 
 
217 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  3.32087e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0348  50S ribosomal protein L3  61.97 
 
 
217 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000116037  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0369  50S ribosomal protein L3  64.65 
 
 
216 aa  265  4e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0267  50S ribosomal protein L3  61.5 
 
 
217 aa  265  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  4.16166e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0276  50S ribosomal protein L3  61.5 
 
 
216 aa  265  5e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  7.62346e-07  normal  0.121842 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0391  50S ribosomal protein L3  62.91 
 
 
224 aa  264  6e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  6.98132e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0249  50S ribosomal protein L3  61.97 
 
 
216 aa  264  8e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  1.58016e-10  normal  0.145495 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3804  50S ribosomal protein L3  62.44 
 
 
223 aa  264  9e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000896818  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1924  50S ribosomal protein L3  62.44 
 
 
219 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  1.32844e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3169  50S ribosomal protein L3  62.44 
 
 
219 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  2.63976e-12  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>