290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0889 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  100 
 
 		 992 aa  2043    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 901 aa  281  5e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 945 aa  264  4.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 943 aa  259  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  25.84 
 
 		 972 aa  257  9e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 944 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 942 aa  253  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 941 aa  253  1e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 836 aa  249  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 917 aa  239  2e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 853 aa  238  4e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  26.07 
 
 		 838 aa  229  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 936 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 842 aa  215  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 938 aa  187  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  24.2 
 
 		 1109 aa  182  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 1097 aa  180  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 919 aa  177  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 946 aa  176  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 894 aa  171  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 880 aa  167  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 958 aa  160  8e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 943 aa  156  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 		 961 aa  155  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 908 aa  155  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  23.26 
 
 		 908 aa  154  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 958 aa  152  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 		 908 aa  152  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  23.17 
 
 		 908 aa  150  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  22.98 
 
 		 943 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 1017 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  21.8 
 
 		 919 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  23.99 
 
 		 908 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  21.86 
 
 		 875 aa  148  6e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 906 aa  148  6e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  23.23 
 
 		 900 aa  142  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 845 aa  138  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  23 
 
 		 964 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 746 aa  132  3e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  31.31 
 
 		 986 aa  130  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  23.25 
 
 		 1035 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  22.35 
 
 		 940 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  31 
 
 		 935 aa  127  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  22.52 
 
 		 959 aa  126  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  34.04 
 
 		 914 aa  126  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  22.5 
 
 		 961 aa  125  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  30.93 
 
 		 1210 aa  123  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 943 aa  123  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 994 aa  121  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 939 aa  120  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 994 aa  120  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 939 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 904 aa  120  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  21.02 
 
 		 938 aa  118  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  21.36 
 
 		 967 aa  117  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  22.71 
 
 		 941 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  32.46 
 
 		 906 aa  114  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 967 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  23.08 
 
 		 836 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 		 986 aa  113  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  39.57 
 
 		 962 aa  113  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  31.96 
 
 		 990 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  31.05 
 
 		 978 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 		 1008 aa  110  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  30.91 
 
 		 1011 aa  110  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 972 aa  110  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  22.38 
 
 		 1001 aa  109  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  32.42 
 
 		 987 aa  109  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 964 aa  108  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 924 aa  108  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  31.47 
 
 		 945 aa  108  7e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  22.42 
 
 		 960 aa  107  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 1013 aa  107  9e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  31.89 
 
 		 945 aa  107  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 982 aa  106  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 982 aa  106  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 934 aa  105  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  29.68 
 
 		 998 aa  105  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2142  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 1034 aa  105  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.0000142845  normal  0.0159239 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  29.68 
 
 		 998 aa  105  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  29.68 
 
 		 998 aa  105  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  28.04 
 
 		 998 aa  104  7e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  29.68 
 
 		 921 aa  104  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  29.68 
 
 		 998 aa  103  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 993 aa  103  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 931 aa  102  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 1074 aa  103  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0809  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 		 1218 aa  102  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00325409  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  26.32 
 
 		 942 aa  101  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  31.4 
 
 		 874 aa  102  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 940 aa  102  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 927 aa  101  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 885 aa  101  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  32.99 
 
 		 918 aa  101  6e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  26.13 
 
 		 878 aa  101  7e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  33 
 
 		 923 aa  100  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  26.13 
 
 		 878 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  26.13 
 
 		 878 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 1240 aa  100  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  26.13 
 
 		 878 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>