30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0886 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0886  transcription antitermination protein NusG  100 
 
 
212 aa  422  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  hitchhiker  0.00000687026 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2966  hypothetical protein  42.8 
 
 
236 aa  164  8e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.280918  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3039  hypothetical protein  41.25 
 
 
204 aa  118  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0576  hypothetical protein  43.59 
 
 
197 aa  115  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1384  hypothetical protein  42.95 
 
 
197 aa  114  7.999999999999999e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1852  hypothetical protein  46.36 
 
 
166 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2934  membrane-like protein  47.68 
 
 
188 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.391683 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1372  hypothetical protein  44.17 
 
 
174 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3105  hypothetical protein  43.95 
 
 
204 aa  105  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.27509  normal  0.295178 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1897  hypothetical protein  41.45 
 
 
202 aa  105  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.169609  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2734  hypothetical protein  44.3 
 
 
190 aa  100  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.101284  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1398  hypothetical protein  40.12 
 
 
190 aa  95.5  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0259428  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4342  hypothetical protein  28.98 
 
 
253 aa  78.2  0.00000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.121402 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2838  membrane protein  33.54 
 
 
166 aa  71.2  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768899  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1391  hypothetical protein  28.57 
 
 
438 aa  50.4  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.196967  normal  0.0829452 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0835  protein of unknown function DUF989  34.94 
 
 
398 aa  46.2  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.510797  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3670  hypothetical protein  43.06 
 
 
421 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.753123  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1805  hypothetical protein  43.28 
 
 
430 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.916296  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1781  protein of unknown function DUF989  26.67 
 
 
438 aa  45.1  0.0007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.201182 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4873  hypothetical protein  34.09 
 
 
401 aa  44.3  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3822  hypothetical protein  34.62 
 
 
423 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115673  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1579  hypothetical protein  36.62 
 
 
442 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3853  hypothetical protein  36.62 
 
 
442 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0186652  normal  0.587321 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1151  hypothetical protein  32.67 
 
 
399 aa  43.5  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782988  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44880  hypothetical protein  34.62 
 
 
425 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.798821  normal  0.217943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1702  hypothetical protein  37.23 
 
 
437 aa  43.5  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.317159  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4289  hypothetical protein  37.88 
 
 
446 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2761  hypothetical protein  37.88 
 
 
430 aa  43.1  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654808  normal  0.643822 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21090  hypothetical protein  28.57 
 
 
389 aa  43.1  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0855882  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3615  hypothetical protein  35.21 
 
 
442 aa  42.4  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.130992  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>