More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0816 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
642 aa  1313    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.86 
 
 
645 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  31.39 
 
 
650 aa  300  6e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  31.7 
 
 
650 aa  299  9e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.01 
 
 
648 aa  298  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.53 
 
 
648 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.09 
 
 
663 aa  294  4e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  30.7 
 
 
639 aa  288  2e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.94 
 
 
649 aa  288  2.9999999999999996e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  30.56 
 
 
639 aa  285  2.0000000000000002e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  32.93 
 
 
648 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.13 
 
 
648 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  31.24 
 
 
650 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.98 
 
 
648 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.67 
 
 
663 aa  277  5e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.35 
 
 
650 aa  276  9e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.1 
 
 
637 aa  269  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
637 aa  267  4e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  30.99 
 
 
650 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  27.15 
 
 
639 aa  261  3e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.79 
 
 
639 aa  259  9e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.79 
 
 
639 aa  259  9e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.08 
 
 
637 aa  254  3e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.51 
 
 
639 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.51 
 
 
639 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.59 
 
 
640 aa  251  3e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  26.95 
 
 
639 aa  250  5e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  26.51 
 
 
639 aa  250  5e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.51 
 
 
639 aa  250  6e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.85 
 
 
640 aa  249  8e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.78 
 
 
639 aa  249  8e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  26.65 
 
 
640 aa  248  4e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.38 
 
 
639 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 
639 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.92 
 
 
645 aa  241  2.9999999999999997e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.89 
 
 
640 aa  238  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.04 
 
 
640 aa  237  6e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  26.91 
 
 
654 aa  236  9e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.61 
 
 
696 aa  228  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  29.35 
 
 
635 aa  223  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.1 
 
 
632 aa  216  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  27.06 
 
 
649 aa  213  7e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  24.88 
 
 
641 aa  213  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  26.49 
 
 
640 aa  204  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  26.22 
 
 
649 aa  203  9.999999999999999e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.64 
 
 
638 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  24.96 
 
 
640 aa  198  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  25.12 
 
 
627 aa  191  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  23.99 
 
 
636 aa  180  7e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  26.64 
 
 
634 aa  179  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.04 
 
 
640 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.26 
 
 
703 aa  170  6e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  27 
 
 
635 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.13 
 
 
644 aa  155  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27 
 
 
634 aa  154  7e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.39 
 
 
634 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  26.16 
 
 
634 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  26.64 
 
 
643 aa  152  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.9 
 
 
623 aa  150  5e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  26.86 
 
 
635 aa  150  6e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.37 
 
 
632 aa  150  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.11 
 
 
634 aa  150  8e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.94 
 
 
634 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.72 
 
 
634 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.53 
 
 
634 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  26.23 
 
 
673 aa  147  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  26.61 
 
 
645 aa  147  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001950  sensory box/GGDEF family protein  29.67 
 
 
1041 aa  147  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.72 
 
 
634 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25.72 
 
 
634 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.32 
 
 
632 aa  147  9e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.88 
 
 
634 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.53 
 
 
634 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  27.11 
 
 
645 aa  145  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  25.77 
 
 
634 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  23.18 
 
 
676 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  24.09 
 
 
669 aa  141  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  26.13 
 
 
631 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.13 
 
 
918 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161625  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.78 
 
 
642 aa  139  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  26.97 
 
 
646 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  29.56 
 
 
734 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.14 
 
 
638 aa  139  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  23.92 
 
 
637 aa  139  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  23.92 
 
 
638 aa  139  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  23.92 
 
 
638 aa  139  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4412  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.34 
 
 
726 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  25.73 
 
 
640 aa  137  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  26.41 
 
 
636 aa  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  25.27 
 
 
647 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.34 
 
 
726 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  27.21 
 
 
631 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.31 
 
 
673 aa  136  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  25.59 
 
 
647 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  25.38 
 
 
647 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  24.73 
 
 
636 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.36 
 
 
749 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  25.59 
 
 
647 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  23.72 
 
 
646 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  24.51 
 
 
636 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>