More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0782 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  100 
 
 
324 aa  655    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  67.86 
 
 
318 aa  353  2.9999999999999997e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  66.67 
 
 
314 aa  341  9e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  63.3 
 
 
317 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  65.71 
 
 
248 aa  333  3e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  61.34 
 
 
298 aa  303  3.0000000000000004e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  60.34 
 
 
314 aa  302  5.000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  60.5 
 
 
298 aa  296  4e-79  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  60.5 
 
 
248 aa  289  4e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  51.37 
 
 
389 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  48.28 
 
 
340 aa  280  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  55.77 
 
 
385 aa  276  5e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  55 
 
 
384 aa  275  7e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  48.71 
 
 
348 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  60.87 
 
 
240 aa  267  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  55.29 
 
 
272 aa  267  2e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  47.13 
 
 
355 aa  265  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  60.71 
 
 
235 aa  264  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  60.71 
 
 
238 aa  264  2e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  60.71 
 
 
238 aa  264  2e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  60.71 
 
 
238 aa  264  2e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  60.71 
 
 
238 aa  264  2e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  60.71 
 
 
235 aa  264  2e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  60.27 
 
 
235 aa  263  4e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  51.69 
 
 
332 aa  262  6.999999999999999e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  60.27 
 
 
235 aa  262  6.999999999999999e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  60.27 
 
 
238 aa  261  8e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  45.43 
 
 
477 aa  259  4e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  56.49 
 
 
240 aa  258  9e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.97 
 
 
293 aa  258  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  57.27 
 
 
240 aa  257  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  57.92 
 
 
240 aa  257  2e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  57.92 
 
 
240 aa  257  2e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.38 
 
 
235 aa  256  3e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  52.72 
 
 
309 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  53.07 
 
 
229 aa  252  7e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  53.07 
 
 
229 aa  251  1e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  52.19 
 
 
229 aa  249  7e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  47.75 
 
 
290 aa  248  8e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  52.19 
 
 
229 aa  248  8e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  58.18 
 
 
240 aa  248  9e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  52.63 
 
 
229 aa  248  1e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  52.89 
 
 
290 aa  248  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  52.63 
 
 
229 aa  248  1e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  51.79 
 
 
328 aa  248  1e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  51.75 
 
 
229 aa  247  2e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  59.72 
 
 
240 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  47.62 
 
 
332 aa  246  4e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  51.75 
 
 
229 aa  245  8e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  50 
 
 
229 aa  242  7e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  50.44 
 
 
229 aa  241  1e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  50.18 
 
 
290 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  50.18 
 
 
290 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  51.45 
 
 
244 aa  239  2.9999999999999997e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  54.92 
 
 
240 aa  240  2.9999999999999997e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  50.18 
 
 
290 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  49.82 
 
 
290 aa  237  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  49.82 
 
 
290 aa  237  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  49.82 
 
 
290 aa  237  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  49.82 
 
 
290 aa  237  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  49.47 
 
 
290 aa  236  3e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  49.47 
 
 
290 aa  235  7e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  48.28 
 
 
289 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.72 
 
 
289 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  48.28 
 
 
289 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  48.28 
 
 
289 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  48.28 
 
 
289 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.01 
 
 
286 aa  232  8.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  50.41 
 
 
266 aa  229  5e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  50.65 
 
 
229 aa  228  8e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  52.07 
 
 
289 aa  228  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  48.7 
 
 
228 aa  227  2e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  47.83 
 
 
228 aa  224  1e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  42.04 
 
 
261 aa  188  1e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1834  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  40.09 
 
 
281 aa  175  7e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.954651  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  42.04 
 
 
241 aa  163  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  37.55 
 
 
228 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  37.93 
 
 
242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  42.54 
 
 
227 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  37.13 
 
 
242 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  35.15 
 
 
236 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  36.29 
 
 
238 aa  149  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  36.24 
 
 
228 aa  149  8e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  38.24 
 
 
567 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  36.1 
 
 
238 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_10376  predicted protein  36.82 
 
 
238 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0125267  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  38.02 
 
 
274 aa  146  5e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  36.07 
 
 
242 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  35.83 
 
 
236 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  35.56 
 
 
271 aa  145  8.000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  36.75 
 
 
238 aa  145  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  35.48 
 
 
556 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  34.85 
 
 
254 aa  144  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  36.4 
 
 
236 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  35.9 
 
 
236 aa  143  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  34.45 
 
 
236 aa  143  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  33.33 
 
 
247 aa  143  5e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1023  pseudouridine synthase  37.71 
 
 
233 aa  143  5e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  34.75 
 
 
245 aa  142  8e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  34.68 
 
 
624 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>