More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0722 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0722  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 800 aa  1653    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7275  PKD domain containing protein  43.65 
 
 		 1138 aa  612  9.999999999999999e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000186518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4398  PKD domain containing protein  43.69 
 
 		 1142 aa  590  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0061097  normal  0.588694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  42.59 
 
 		 1151 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  43.53 
 
 		 1182 aa  575  1.0000000000000001e-162  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  42.3 
 
 		 1135 aa  570  1e-161  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3440  PKD domain containing protein  42.59 
 
 		 1143 aa  560  1e-158  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11080  glucose/sorbosone dehydrogenase  42.01 
 
 		 1505 aa  523  1e-147  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.120578  normal  0.319442 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  40.08 
 
 		 1444 aa  499  1e-140  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12340  glucose/sorbosone dehydrogenase  38.95 
 
 		 1200 aa  466  1e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.217847 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2208  PKD domain containing protein  41.76 
 
 		 908 aa  362  2e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0778173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1903  Carbohydrate binding family 6  41.79 
 
 		 918 aa  361  3e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.602156  normal  0.263579 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4672  PKD domain containing protein  40.73 
 
 		 941 aa  357  5e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5332  PKD domain containing protein  40.39 
 
 		 909 aa  349  9e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0649636  normal  0.493539 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1484  PKD domain containing protein  39.22 
 
 		 918 aa  331  3e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.287223 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0335  PKD domain containing protein  38.51 
 
 		 984 aa  330  7e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.16291  normal  0.953666 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21190  protein of Unknown Function (DUF1080)  30.71 
 
 		 1194 aa  322  9.999999999999999e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.900923  normal  0.894931 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3787  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  37.05 
 
 		 945 aa  262  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7912  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  37.05 
 
 		 953 aa  252  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.241269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7276  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 272 aa  224  4.9999999999999996e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.127431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1732  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 232 aa  221  3e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.901856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0731  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 245 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7911  hypothetical protein  52.05 
 
 		 392 aa  207  7e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1220  sigma-70 factor  42.47 
 
 		 260 aa  199  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0178676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1372  sigma-70 factor  46.02 
 
 		 247 aa  191  5e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10102  normal  0.203538 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4526  sigma-70 factor  43.29 
 
 		 255 aa  189  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2016  hypothetical protein  44.35 
 
 		 275 aa  187  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1804  hypothetical protein  46.19 
 
 		 276 aa  186  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.261769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4674  hypothetical protein  42.15 
 
 		 279 aa  180  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.929518  normal  0.751673 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0837  FG-GAP repeat protein  43.58 
 
 		 895 aa  171  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4304  protein of unknown function DUF1037  39.66 
 
 		 285 aa  154  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.456922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0069  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 277 aa  147  8.000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2320  hypothetical protein  35.8 
 
 		 375 aa  131  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02570  glycosyl-hydrolase, putative  33.2 
 
 		 346 aa  121  3.9999999999999996e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1803  hypothetical protein  34.4 
 
 		 292 aa  120  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.156563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1010  PKD domain-containing protein  26.39 
 
 		 342 aa  115  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.740866  normal  0.234047 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1791  hypothetical protein  27.53 
 
 		 411 aa  113  1.0000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00386684 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5245  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  25.1 
 
 		 585 aa  110  7.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2965  PKD domain-containing protein  26.2 
 
 		 1029 aa  107  7e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.651624  normal  0.0385802 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1221  glucose/sorbosone dehydrogenase-related  25.63 
 
 		 1657 aa  107  9e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.141757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2521  glucose sorbosone dehydrogenase  25.11 
 
 		 395 aa  104  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.21854  normal  0.577738 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1160  glucose sorbosone dehydrogenase  26.78 
 
 		 377 aa  104  8e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3593  glucose sorbosone dehydrogenase  25.68 
 
 		 395 aa  103  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3156  glucose sorbosone dehydrogenase  26.87 
 
 		 376 aa  102  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0474  glucose/sorbosone dehydrogenase  29.96 
 
 		 369 aa  98.2  5e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1715  hypothetical protein  29.96 
 
 		 394 aa  98.2  6e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.296099  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0344  cytochrome c, class I  48.39 
 
 		 102 aa  95.5  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0270928  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2602  glucose sorbosone dehydrogenase  25.85 
 
 		 418 aa  94.7  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.436161  normal  0.21704 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2196  cytochrome c, class I  46.07 
 
 		 106 aa  94.7  6e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.252301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0465  glucose sorbosone dehydrogenase  25.24 
 
 		 366 aa  94.7  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2489  hypothetical protein  30.45 
 
 		 371 aa  92.8  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.234547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1830  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  27.31 
 
 		 442 aa  93.2  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.922433  normal  0.747295 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1100  glucose sorbosone dehydrogenase  24.22 
 
 		 383 aa  92.8  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0760  glucose sorbosone dehydrogenase  26.65 
 
 		 387 aa  93.2  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0733756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4458  glucose sorbosone dehydrogenase  25.18 
 
 		 430 aa  93.2  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5339  glucose sorbosone dehydrogenase  30.47 
 
 		 413 aa  92.4  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.384177  normal  0.194322 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  25.37 
 
 		 399 aa  92  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6303  glucose sorbosone dehydrogenase  24.58 
 
 		 377 aa  91.3  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3844  glucose sorbosone dehydrogenase  28.99 
 
 		 407 aa  90.1  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0959  hypothetical protein  30.8 
 
 		 419 aa  89.4  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4181  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  28.84 
 
 		 570 aa  90.1  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.100139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2262  glucose sorbosone dehydrogenase  26.42 
 
 		 386 aa  89.4  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561856  normal  0.0609661 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4259  soluble aldose sugar dehydrogenase YliI (Asd)  25.68 
 
 		 383 aa  89  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1511  glucose sorbosone dehydrogenase  29.62 
 
 		 374 aa  88.6  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1315  glucose sorbosone dehydrogenase  29.62 
 
 		 374 aa  89  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3426  glucose sorbosone dehydrogenase  27.24 
 
 		 382 aa  88.2  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1142  glucose sorbosone dehydrogenase  28.42 
 
 		 382 aa  87.8  6e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.320436  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3256  cytochrome c, class I  49.37 
 
 		 108 aa  87.8  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3539  glucose sorbosone dehydrogenase  27.15 
 
 		 381 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1822  glucose sorbosone dehydrogenase  26.84 
 
 		 383 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221224  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2198  glucose sorbosone dehydrogenase  27.15 
 
 		 381 aa  87.4  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3369  glucose sorbosone dehydrogenase  29.7 
 
 		 370 aa  86.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1130  hypothetical protein  32.39 
 
 		 400 aa  86.3  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1249  PKD domain-containing protein  25.31 
 
 		 712 aa  86.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.8229  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2753  glucose/sorbosone dehydrogenase  25.8 
 
 		 391 aa  86.3  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2870  hypothetical protein  28.46 
 
 		 408 aa  85.5  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.93 
 
 		 809 aa  85.5  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0825  glucose sorbosone dehydrogenase  30.26 
 
 		 405 aa  85.5  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0363  glucose sorbosone dehydrogenase  29.59 
 
 		 422 aa  85.1  0.000000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.510495  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0205  cytochrome c, class I  46.84 
 
 		 119 aa  85.5  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2528  cytochrome c class I  49.44 
 
 		 101 aa  85.1  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1783  cytochrome c, class I  51.28 
 
 		 106 aa  84.7  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434687  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16890  hypothetical protein  26.03 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12748  hypothetical protein  29.35 
 
 		 461 aa  84.3  0.000000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.895209  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0219  cytochrome c class I  45.57 
 
 		 119 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518209 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3394  cytochrome c, class I  44.83 
 
 		 120 aa  84  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0158  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  26.33 
 
 		 450 aa  83.6  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2813  cytochrome c, class I  44.94 
 
 		 117 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.250545  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1224  glucose sorbosone dehydrogenase  25.28 
 
 		 465 aa  84  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.414589 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0274  cytochrome c class I  44.94 
 
 		 117 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544484 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50010  putative dehydrogenase  26.38 
 
 		 382 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0339518 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0293  cytochrome c, class I  44.94 
 
 		 117 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0371  glucose sorbosone dehydrogenase  29 
 
 		 410 aa  84  0.00000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0037  cytochrome c, class I  50 
 
 		 117 aa  83.2  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000534033  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3424  cytochrome c, class I  48.72 
 
 		 108 aa  82.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0985  cytochrome c class I  44.44 
 
 		 101 aa  83.2  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0619  cytochrome c-551 precursor  51.85 
 
 		 104 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1069  cytochrome c, class I  44.44 
 
 		 101 aa  83.2  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3728  cytochrome c class I  46.25 
 
 		 102 aa  82.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3928  glucose sorbosone dehydrogenase  23.9 
 
 		 387 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>