More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0585 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  100 
 
 		 277 aa  556  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  55.56 
 
 		 274 aa  311  9e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  53.85 
 
 		 275 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  53.85 
 
 		 275 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  53.85 
 
 		 275 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  52.94 
 
 		 275 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  54.41 
 
 		 274 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  52.96 
 
 		 275 aa  299  4e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  53.31 
 
 		 274 aa  298  7e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  51.29 
 
 		 275 aa  297  1e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  52.96 
 
 		 275 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  52.96 
 
 		 275 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  52.59 
 
 		 275 aa  297  2e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  54.17 
 
 		 277 aa  296  2e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  52.21 
 
 		 275 aa  296  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  52.22 
 
 		 275 aa  295  5e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  52.78 
 
 		 270 aa  287  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  51.1 
 
 		 274 aa  286  2e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  50.19 
 
 		 269 aa  280  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  50.55 
 
 		 275 aa  280  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  53.97 
 
 		 288 aa  277  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  53.57 
 
 		 288 aa  274  1.0000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  51.17 
 
 		 280 aa  269  4e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  52.36 
 
 		 286 aa  264  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  47.74 
 
 		 270 aa  261  8.999999999999999e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  50.79 
 
 		 287 aa  259  4e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  49.19 
 
 		 276 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  47.13 
 
 		 276 aa  252  5.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  51.08 
 
 		 288 aa  251  7e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  45.56 
 
 		 286 aa  249  4e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  45.56 
 
 		 286 aa  249  4e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  45.56 
 
 		 286 aa  249  4e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  45.56 
 
 		 286 aa  249  4e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  45.56 
 
 		 286 aa  249  4e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  45.56 
 
 		 286 aa  249  4e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  45.56 
 
 		 286 aa  249  4e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  45.69 
 
 		 291 aa  248  6e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  45.19 
 
 		 286 aa  247  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  43.85 
 
 		 285 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  43.85 
 
 		 285 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  43.85 
 
 		 285 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  43.08 
 
 		 285 aa  242  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  44.79 
 
 		 289 aa  238  6.999999999999999e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  44.79 
 
 		 289 aa  238  6.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  44.79 
 
 		 289 aa  238  6.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  42.96 
 
 		 268 aa  236  2e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  45.05 
 
 		 275 aa  233  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  42.86 
 
 		 273 aa  233  3e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  43.18 
 
 		 293 aa  232  5e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  43.01 
 
 		 283 aa  232  6e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  43.36 
 
 		 292 aa  231  1e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3896  MscS Mechanosensitive ion channel  43.38 
 
 		 283 aa  230  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  45.57 
 
 		 284 aa  230  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  45.76 
 
 		 286 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  45.76 
 
 		 286 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  50.61 
 
 		 279 aa  229  4e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  45.76 
 
 		 286 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  45.76 
 
 		 286 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  45.76 
 
 		 286 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  43.48 
 
 		 278 aa  227  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  42.38 
 
 		 275 aa  228  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  39.41 
 
 		 271 aa  221  9e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  44.05 
 
 		 274 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  39.41 
 
 		 271 aa  219  3e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  43.17 
 
 		 283 aa  218  7.999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  41.13 
 
 		 280 aa  218  1e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  41.11 
 
 		 275 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  39.55 
 
 		 279 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  39.68 
 
 		 274 aa  213  3.9999999999999995e-54  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  42.04 
 
 		 291 aa  212  4.9999999999999996e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  42.45 
 
 		 279 aa  211  7e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  40.75 
 
 		 277 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  45.42 
 
 		 279 aa  206  3e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  43.2 
 
 		 276 aa  206  3e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  39.85 
 
 		 270 aa  204  1e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  40.3 
 
 		 277 aa  202  5e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  37.05 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  43.22 
 
 		 276 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02189  hypothetical protein  38.21 
 
 		 249 aa  193  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  36.12 
 
 		 268 aa  186  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  36.53 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  39.92 
 
 		 283 aa  185  8e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  36.54 
 
 		 532 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  38.98 
 
 		 266 aa  181  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  34.6 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  36.05 
 
 		 563 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  37.69 
 
 		 531 aa  179  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  36 
 
 		 294 aa  178  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  35.98 
 
 		 533 aa  177  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  35.25 
 
 		 273 aa  178  1e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  36.7 
 
 		 538 aa  176  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  42.35 
 
 		 292 aa  176  5e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 561 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  37.35 
 
 		 288 aa  175  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  34.44 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1199  mechanosensitive ion channel component  37.35 
 
 		 281 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00000786613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  35.63 
 
 		 302 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4420  MscS mechanosensitive ion channel  40.31 
 
 		 279 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0689552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  38.43 
 
 		 281 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  36.36 
 
 		 534 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>