More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0550 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  100 
 
 
229 aa  470  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  55.9 
 
 
238 aa  259  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  52.86 
 
 
238 aa  233  1e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  8.15382e-05  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  52.42 
 
 
238 aa  232  4e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  49.14 
 
 
232 aa  231  8e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  52.42 
 
 
238 aa  230  1e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  49.56 
 
 
237 aa  228  6e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
237 aa  228  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
237 aa  228  6e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.24706e-06  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
237 aa  228  6e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.26315e-06  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
237 aa  228  7e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.99702e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
237 aa  227  9e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
237 aa  227  9e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  6.76378e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
237 aa  227  9e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.71824e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.56 
 
 
237 aa  227  9e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  2.00523e-05  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
239 aa  226  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  51.53 
 
 
236 aa  225  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.74992e-07  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  48.67 
 
 
237 aa  225  6e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.89871e-08  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  51.97 
 
 
236 aa  224  8e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 
237 aa  223  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  5.42446e-07  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 
237 aa  223  1e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 
237 aa  224  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  49.14 
 
 
244 aa  223  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 
232 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
232 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.22 
 
 
234 aa  216  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
232 aa  216  3e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0154  response regulator receiver protein  46.98 
 
 
237 aa  215  5e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.13097  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 
239 aa  215  6e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  48.03 
 
 
235 aa  214  7e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  46.46 
 
 
236 aa  214  1e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  47.6 
 
 
235 aa  214  1e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 
240 aa  213  2e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 
232 aa  212  4e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  47.08 
 
 
248 aa  210  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.9 
 
 
247 aa  209  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  48.71 
 
 
243 aa  206  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 
244 aa  206  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  47.35 
 
 
235 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  46.81 
 
 
235 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  48.46 
 
 
247 aa  204  8e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  46.38 
 
 
235 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  48.47 
 
 
240 aa  202  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  48.03 
 
 
240 aa  201  8e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  43.67 
 
 
236 aa  201  8e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  5.82863e-05 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  48.03 
 
 
240 aa  201  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  48.03 
 
 
288 aa  201  9e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 
249 aa  200  2e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  45.13 
 
 
237 aa  198  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  42.98 
 
 
247 aa  198  7e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  47.62 
 
 
233 aa  197  1e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0096  DNA-binding response regulator  47.6 
 
 
240 aa  196  2e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0972666  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1144  DNA-binding response regulator  47.6 
 
 
240 aa  196  2e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.64 
 
 
234 aa  196  2e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  42.39 
 
 
248 aa  197  2e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1517  DNA-binding response regulator  47.6 
 
 
240 aa  196  2e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.184346  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0675  two component transcriptional regulator  44.87 
 
 
245 aa  196  4e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.920274  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  44.2 
 
 
234 aa  195  4e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  45.69 
 
 
236 aa  194  8e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  45.69 
 
 
236 aa  194  8e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  45.69 
 
 
245 aa  194  8e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  45.69 
 
 
236 aa  194  8e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  45.69 
 
 
236 aa  194  8e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  45.69 
 
 
236 aa  194  8e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 
236 aa  194  9e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  46.32 
 
 
252 aa  194  9e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 
262 aa  194  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 
236 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 
242 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  1.73858e-05 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 
236 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  45.02 
 
 
242 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 
236 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  4.59632e-07 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0473  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.14 
 
 
229 aa  192  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586818  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  46.35 
 
 
233 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  44.2 
 
 
234 aa  191  5e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.99191e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 
233 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  43.81 
 
 
237 aa  192  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 
234 aa  191  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 
238 aa  191  7e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1826  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.26 
 
 
248 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.494249  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1937  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.26 
 
 
248 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2300  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.26 
 
 
248 aa  191  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.475192 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  45.92 
 
 
233 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 
231 aa  189  3e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  45.92 
 
 
279 aa  188  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.75 
 
 
234 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2734  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 
237 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.750395  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 
234 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 
234 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 
234 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2590  DNA-binding transcriptional regulator RstA  43.51 
 
 
253 aa  185  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 
236 aa  184  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  41.81 
 
 
241 aa  184  8e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1261  two component transcriptional regulator  49.13 
 
 
241 aa  184  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.817763 
 
 
-
 
NC_003296  RS01694  two component response regulator transcription regulator protein  47.35 
 
 
259 aa  184  9e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1236  two component transcriptional regulator  49.13 
 
 
241 aa  184  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178062  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0681  DNA-binding response regulator  43.53 
 
 
246 aa  184  1e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.63003  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  41.38 
 
 
241 aa  183  2e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3142  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.02 
 
 
245 aa  182  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.237256  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0804  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 
234 aa  182  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0162077  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>