More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0471 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0471  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 
335 aa  694    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.421006  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0455  ArsR family transcriptional regulator  51.44 
 
 
334 aa  306  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0384  transcriptional regulator, ArsR family  49.84 
 
 
331 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4793  regulatory protein, ArsR  49.19 
 
 
331 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0119403 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05540  ArsR family regulatory protein  48.06 
 
 
336 aa  302  7.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0650  putative transcriptional regulator  48.39 
 
 
329 aa  295  7e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07110  ArsR family transcriptional regulator  48.06 
 
 
333 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5268  ArsR family transcriptional regulator  48.23 
 
 
331 aa  293  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.149036  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4966  ArsR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
330 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4839  ArsR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
330 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0500  ArsR family transcriptional regulator  47.19 
 
 
330 aa  291  7e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3041  methyltransferase type 11  44.41 
 
 
333 aa  291  1e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5015  ArsR family transcriptional regulator  47.78 
 
 
330 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.1667 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1925  SAM-dependent methyltransferase  32.03 
 
 
306 aa  147  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000216904  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0357  transcriptional regulator, ArsR family  30.42 
 
 
310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366158  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2302  transcriptional regulator, ArsR family  28.85 
 
 
309 aa  145  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3006  methyltransferase type 11  28.77 
 
 
305 aa  142  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2939  transcriptional regulator, ArsR family  30.14 
 
 
307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1345  transcriptional regulator, ArsR family  29.79 
 
 
305 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.773476  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0039  ArsR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3135  ArsR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
348 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2579  transcriptional regulator, ArsR family  28.82 
 
 
312 aa  119  9e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2348  methyltransferase type 11  27.92 
 
 
307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0100199  normal  0.0140968 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2125  ArsR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
339 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.458145 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4920  transcriptional regulator, ArsR family  29.83 
 
 
328 aa  112  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4364  ArsR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0368446  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1067  transcriptional regulator, ArsR family  26.15 
 
 
305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.420275 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2029  ArsR family transcriptional regulator  27.15 
 
 
337 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308683  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0356  ArsR family transcriptional regulator  24.91 
 
 
304 aa  105  9e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.208931  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2305  transcriptional regulator, ArsR family  27.96 
 
 
311 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1599  methyltransferase type 11  26.35 
 
 
349 aa  103  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.318356  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2619  transcriptional regulator, ArsR family  26.32 
 
 
341 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38929  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1640  transcriptional regulator, ArsR family  26.1 
 
 
342 aa  103  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2879  transcriptional regulator, ArsR family  26.32 
 
 
341 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22791  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3410  ArsR family transcriptional regulator  25.48 
 
 
329 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0187563  normal  0.0416707 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0040  transcriptional regulator, ArsR family  26.67 
 
 
307 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.516661  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1880  transcriptional regulator, ArsR family  25.78 
 
 
354 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.265795 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2926  transcriptional regulator ArsR family  26.22 
 
 
341 aa  97.4  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276584  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1722  methyltransferase type 11  24.23 
 
 
341 aa  96.7  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1407  ArsR family transcriptional regulator  26.1 
 
 
341 aa  94.7  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.440659  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1451  ArsR family transcriptional regulator  26.1 
 
 
341 aa  95.1  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166117  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4035  ArsR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
312 aa  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1529  ArsR family transcriptional regulator  25.68 
 
 
337 aa  90.5  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01234  transcriptional regulator  29.72 
 
 
331 aa  89.7  7e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250381  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3209  ArsR family transcriptional regulator  25.26 
 
 
341 aa  87.8  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3543  transcriptional regulator, ArsR family  26.26 
 
 
335 aa  88.2  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.304877 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0160  methyltransferase type 11  28.57 
 
 
322 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0747842 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1121  ArsR family transcriptional regulator  25.09 
 
 
340 aa  86.7  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.488187 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2830  methyltransferase type 11  24.91 
 
 
349 aa  86.7  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.157878 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2400  methyltransferase type 11  27 
 
 
330 aa  85.5  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00744372 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0808  transcriptional regulator, ArsR family  25.86 
 
 
324 aa  85.1  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.203378 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0034  ArsR family transcriptional regulator  24.16 
 
 
328 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0164  UbiE/COQ5 family methlytransferase  28.03 
 
 
207 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2610  transcriptional regulator, ArsR family  29.29 
 
 
309 aa  82.4  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.184924 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2116  methyltransferase type 11  26.4 
 
 
340 aa  82  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.126777 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0168  UbiE/COQ5 family methlytransferase  27.27 
 
 
207 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1232  ArsR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
309 aa  80.1  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1265  transcriptional regulator  27.97 
 
 
309 aa  80.1  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2101  ArsR family transcriptional regulator  26.33 
 
 
317 aa  79.3  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0155  ArsR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
326 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602788  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0162  transcriptional regulator, ArsR family  27.02 
 
 
326 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0173  transcriptional regulator, ArsR family  26.57 
 
 
326 aa  70.5  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2402  ArsR family transcriptional regulator  23.13 
 
 
323 aa  67.8  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.12 
 
 
420 aa  67  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1224  methyltransferase type 11  27.03 
 
 
206 aa  63.5  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1148  methyltransferase type 11  30.51 
 
 
215 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1955  methyltransferase type 11  33.04 
 
 
219 aa  61.6  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1198  SAM-dependent methyltransferase  29.85 
 
 
206 aa  61.2  0.00000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5813  Methyltransferase type 11  30.77 
 
 
258 aa  60.5  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.288082  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0953  arsenite S-adenosylmethyltransferase  28.45 
 
 
265 aa  60.1  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000240908  hitchhiker  0.000000043462 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2389  methyltransferase type 11  28.89 
 
 
220 aa  60.1  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3321  transcriptional regulator, ArsR family  34.94 
 
 
350 aa  59.7  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4330  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methyltransferase  30.09 
 
 
236 aa  57.8  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.249898  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2034  methyltransferase  35.71 
 
 
202 aa  57.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00341547  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6211  Methyltransferase type 11  29.36 
 
 
215 aa  57.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2464  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  34.31 
 
 
291 aa  57.4  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1613  regulatory protein ArsR  41.1 
 
 
124 aa  57.4  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1275  regulatory protein, ArsR  41.1 
 
 
124 aa  57.4  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0149892  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3046  Methyltransferase type 11  27.59 
 
 
295 aa  56.6  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2778  methyltransferase  21.62 
 
 
199 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2552  Methyltransferase type 11  26.45 
 
 
263 aa  56.2  0.0000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.318811 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0861  putative methyltransferase  31.19 
 
 
199 aa  56.2  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000766144  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4496  putative transcriptional regulator, ArsR family  38.46 
 
 
113 aa  56.2  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.698258  normal  0.92567 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2515  hypothetical protein  21.62 
 
 
201 aa  56.2  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.04642 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0759  Methyltransferase type 11  28.7 
 
 
267 aa  55.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.333457  normal  0.305002 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1443  UbiE/COQ5 methyltransferase  25.42 
 
 
201 aa  55.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000720373  normal  0.0497361 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0251  arsenite S-adenosylmethyltransferase  29.27 
 
 
272 aa  55.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1203  Methyltransferase type 11  30.77 
 
 
239 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1926  Methyltransferase type 11  30.91 
 
 
281 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1714  arsenite S-adenosylmethyltransferase  28.85 
 
 
248 aa  54.7  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.019439  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1589  Methyltransferase type 11  27.67 
 
 
209 aa  55.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2941  methyltransferase, UbiE/COQ5 family  25.42 
 
 
261 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000113284  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0557  Methyltransferase type 11  33.33 
 
 
206 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1899  Methyltransferase type 11  30.08 
 
 
266 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0163347  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1181  Methyltransferase type 11  26.17 
 
 
397 aa  54.3  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.694662  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4078  methyltransferase type 11  28.21 
 
 
259 aa  54.3  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3423  transcriptional regulator, ArsR family  38.75 
 
 
119 aa  54.3  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0432  ArsR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
124 aa  54.3  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.35069  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1433  trans-aconitate 2-methyltransferase  30.09 
 
 
259 aa  54.3  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0492  phosphatidyl-N-methylethanolamine N-methyltransferase / phosphatidylethanolamine N-methyltransferase  30.1 
 
 
232 aa  54.3  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.578084 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>