More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0355 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  100 
 
 
134 aa  264  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.8 
 
 
135 aa  146  8e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  55.56 
 
 
135 aa  145  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  53.54 
 
 
136 aa  140  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  48.51 
 
 
134 aa  135  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.56 
 
 
136 aa  134  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  48.85 
 
 
134 aa  130  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  46.56 
 
 
134 aa  127  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  47.33 
 
 
133 aa  126  9.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  47.37 
 
 
134 aa  124  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.24 
 
 
134 aa  124  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  45.74 
 
 
132 aa  123  8.000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  42.54 
 
 
135 aa  121  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.11 
 
 
136 aa  121  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.62 
 
 
133 aa  120  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.54 
 
 
136 aa  112  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  36.84 
 
 
136 aa  111  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  39.5 
 
 
143 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.75 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.11 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  42.42 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.28 
 
 
133 aa  108  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.98 
 
 
134 aa  107  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.22 
 
 
134 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.61 
 
 
116 aa  106  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.85 
 
 
134 aa  106  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.22 
 
 
134 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.5 
 
 
142 aa  104  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.22 
 
 
134 aa  103  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.46 
 
 
134 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.46 
 
 
134 aa  102  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.46 
 
 
134 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.69 
 
 
134 aa  102  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.69 
 
 
134 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.69 
 
 
134 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  38.93 
 
 
134 aa  102  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.69 
 
 
134 aa  102  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.93 
 
 
134 aa  101  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.75 
 
 
135 aa  100  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  37.88 
 
 
137 aa  97.4  5e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  40.6 
 
 
141 aa  90.1  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  42.24 
 
 
137 aa  87  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.91 
 
 
139 aa  87  8e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.9 
 
 
133 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  34.96 
 
 
135 aa  77.4  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.23 
 
 
140 aa  76.3  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.45 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 
134 aa  72  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  29.13 
 
 
136 aa  68.2  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.38 
 
 
134 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  30.08 
 
 
134 aa  66.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
134 aa  66.2  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.47 
 
 
140 aa  66.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 
133 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
250 aa  65.5  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
148 aa  64.7  0.0000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
139 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
144 aa  64.7  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.33 
 
 
137 aa  64.7  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
140 aa  63.5  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  33.6 
 
 
152 aa  63.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.1 
 
 
141 aa  62.8  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.22 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
136 aa  62.4  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.22 
 
 
141 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.23 
 
 
140 aa  62  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  31.2 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 
137 aa  62  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.47 
 
 
141 aa  61.6  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
131 aa  61.6  0.000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2012  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.27 
 
 
219 aa  61.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.23 
 
 
133 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0010  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.9 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041719 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  26.36 
 
 
148 aa  61.2  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
144 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  28.46 
 
 
138 aa  60.8  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.88 
 
 
137 aa  60.5  0.000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.19 
 
 
166 aa  60.5  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.81 
 
 
137 aa  60.1  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  28.15 
 
 
143 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  27.82 
 
 
143 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 
149 aa  59.7  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03474  biopolymer transport ExbD1 protein  27.64 
 
 
129 aa  60.1  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.58 
 
 
140 aa  60.1  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  27.82 
 
 
143 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  27.82 
 
 
143 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  29.27 
 
 
139 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  28.68 
 
 
143 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
143 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
140 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.62 
 
 
133 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  28.36 
 
 
143 aa  58.2  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4449  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
207 aa  58.2  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
154 aa  57.8  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
135 aa  57.8  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0840  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
137 aa  57.8  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0352738 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.36 
 
 
137 aa  57.4  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>