More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0179 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0179  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 388 aa  806    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0264145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 378 aa  262  6e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 383 aa  261  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  33.42 
 
 		 385 aa  233  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2885  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 299 aa  62.8  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  20.96 
 
 		 367 aa  61.6  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  27.41 
 
 		 1376 aa  60.5  0.00000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1138  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 276 aa  60.5  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283837  normal  0.0213707 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0827  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000316121  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 331 aa  58.9  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 285 aa  58.9  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 282 aa  58.9  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2888  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0357518  hitchhiker  0.0034345 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 266 aa  58.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0441  transcriptional regulator  42.37 
 
 		 188 aa  57.8  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.586724  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  33.02 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  27.88 
 
 		 1384 aa  56.6  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 492 aa  56.6  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  25.96 
 
 		 1347 aa  56.6  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 556 aa  56.2  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 257 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3526  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 335 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.382139  normal  0.568026 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2248  helix-turn-helix domain-containing protein  35.63 
 
 		 335 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 414 aa  55.8  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  36.14 
 
 		 343 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 257 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 318 aa  55.8  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 275 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4321  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 357 aa  55.8  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2227  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 335 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  29.71 
 
 		 330 aa  55.8  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 336 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 269 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 268 aa  55.5  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 332 aa  55.1  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 270 aa  55.5  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  29.41 
 
 		 318 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 269 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  29.35 
 
 		 333 aa  55.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  31.73 
 
 		 257 aa  54.3  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 318 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 339 aa  54.7  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  31.11 
 
 		 278 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 273 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2402  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 369 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 506 aa  54.3  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 198 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 278 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 332 aa  54.7  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 332 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 332 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 303 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  30.43 
 
 		 350 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 350 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 332 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  30 
 
 		 111 aa  53.9  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 493 aa  54.3  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  54.3  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 330 aa  54.3  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  30.59 
 
 		 278 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 300 aa  54.3  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  30.59 
 
 		 278 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 411 aa  53.9  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  30.59 
 
 		 278 aa  53.9  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  30.59 
 
 		 278 aa  53.9  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  30.59 
 
 		 278 aa  53.9  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 346 aa  53.5  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0907  putative transcriptional regulator  36.45 
 
 		 311 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  23.42 
 
 		 1335 aa  53.5  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2462  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 337 aa  53.5  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 321 aa  53.5  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5609  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 171 aa  53.5  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 766 aa  53.1  0.000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0027  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 412 aa  53.1  0.000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 273 aa  53.1  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 291 aa  53.1  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3252  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 257 aa  53.1  0.000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 291 aa  53.1  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1235  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 282 aa  53.1  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 		 326 aa  53.1  0.000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 290 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 278 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  27.03 
 
 		 278 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  19.88 
 
 		 332 aa  52.4  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  27.03 
 
 		 278 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  28.04 
 
 		 303 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  28.04 
 
 		 303 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 		 343 aa  52.8  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 345 aa  52.4  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  28.04 
 
 		 303 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 308 aa  52.4  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  29.35 
 
 		 278 aa  52.8  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>