119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0102 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0102  hypothetical protein  100 
 
 
418 aa  812  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.139814  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0557  NnrS  39.17 
 
 
402 aa  211  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.042435  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3145  NnrS family protein  37.19 
 
 
394 aa  206  9e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0163982  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1410  NnrS-like protein  37.78 
 
 
399 aa  198  1e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.124987  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3859  NnrS family protein  38.99 
 
 
391 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0648  NnrS  38.46 
 
 
393 aa  188  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.86713  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0227  NnrS family protein  37.31 
 
 
390 aa  186  9e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4230  NnrS family protein  37.37 
 
 
404 aa  184  2e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0259  hypothetical protein  35.77 
 
 
413 aa  184  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0283  hypothetical protein  35.77 
 
 
413 aa  183  5e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6821  putative membrane protein, NnrS-like protein  37.4 
 
 
403 aa  183  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2805  hypothetical protein  34.48 
 
 
390 aa  180  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3182  NnrS family protein  32.53 
 
 
396 aa  178  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0827588  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1006  NnrS family protein  39.64 
 
 
389 aa  179  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0347076  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0630  Heme/copper membrane protein of NnrS family protein  33.61 
 
 
394 aa  178  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2901  NnrS family protein  34.16 
 
 
414 aa  177  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.81186  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6279  NnrS family protein  36.78 
 
 
403 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.534482  normal  0.20499 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1673  NnrS family protein  37.66 
 
 
408 aa  176  1e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496066  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2587  NnrS family protein  34.38 
 
 
390 aa  172  9e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.16699  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2322  NnrS family protein  32.61 
 
 
390 aa  169  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.40024e-07  normal  0.965133 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1665  NnrS family protein  35.75 
 
 
390 aa  169  9e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0410131  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1680  NnrS family protein  34.54 
 
 
390 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2677  NnrS family protein  35.75 
 
 
390 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0244063 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0720  putative heme-Cu membrane protein (NnrS)  33.33 
 
 
393 aa  167  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4283  hypothetical protein  34.33 
 
 
401 aa  167  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002671  NnrS protein  31.6 
 
 
394 aa  166  1e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2849  NnrS family protein  32.2 
 
 
393 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2876  NnrS family protein  31.43 
 
 
406 aa  162  9e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  hitchhiker  2.07371e-09 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1409  hypothetical protein  33.65 
 
 
424 aa  162  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.922088  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2303  hypothetical protein  35.61 
 
 
432 aa  162  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1702  NnrS family protein  33.57 
 
 
390 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.591488  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0307  NnrS family protein  36.02 
 
 
390 aa  160  3e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.799454  normal  0.0277833 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03874  Heme/copper membrane protein  30.99 
 
 
400 aa  160  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1711  hypothetical protein  35.04 
 
 
398 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.129457  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0614  hypothetical protein  35.04 
 
 
406 aa  159  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2398  hypothetical protein  35.04 
 
 
398 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2891  hypothetical protein  35.04 
 
 
398 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00927369  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3791  NnrS  36.27 
 
 
409 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.527545  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2607  NnrS family protein  33 
 
 
395 aa  157  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2425  NnrS family protein  34.78 
 
 
390 aa  156  5e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.194019  normal  0.204544 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2495  NnrS family protein  34.78 
 
 
390 aa  156  5e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal  0.0503888 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1235  NnrS  35.91 
 
 
403 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00575591  unclonable  3.01222e-08 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2840  NnrS family protein  31.78 
 
 
393 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.250907  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0967  NnrS family protein  34.73 
 
 
397 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4727  NnrS  35.02 
 
 
398 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1910  hypothetical protein  30.1 
 
 
414 aa  153  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1119  NnrS  38.83 
 
 
396 aa  152  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3970  NnrS family protein  33.9 
 
 
398 aa  152  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0693479 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03317  hypothetical protein  30.12 
 
 
406 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2759  hypothetical protein  35.28 
 
 
398 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2847  NnrS family protein  32.76 
 
 
401 aa  149  7e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2336  NnrS family protein  32.76 
 
 
401 aa  149  7e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00114269  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2701  heme/copper membrane protein  35.28 
 
 
398 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2105  NnrS family protein  33 
 
 
392 aa  149  8e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0196977  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2821  Heme/copper membrane protein  35.28 
 
 
398 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3582  NnrS family protein  34.6 
 
 
391 aa  146  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.936992  normal  0.528809 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1288  hypothetical protein  34.6 
 
 
389 aa  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0467877  normal  0.017488 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4037  NnrS  35.91 
 
 
408 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4275  NnrS  35.66 
 
 
401 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2940  NnrS family protein  30.88 
 
 
393 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1884  NnrS  33.25 
 
 
401 aa  142  1e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0526931  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1475  NnrS family protein  35.83 
 
 
399 aa  140  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0760953 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0504  NnrS family protein  30.79 
 
 
403 aa  138  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5672  NnrS family protein  35.18 
 
 
392 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1810  hypothetical protein  34.28 
 
 
407 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.427105  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1798  hypothetical protein  33.66 
 
 
406 aa  132  1e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.425687  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0687  NnrS family protein  32.13 
 
 
403 aa  131  2e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5307  putative heme/copper membrane protein  29.62 
 
 
401 aa  131  2e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0853882  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3037  NnrS family protein  30.17 
 
 
403 aa  130  5e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.226927  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0765  NnrS family protein  29.31 
 
 
409 aa  129  7e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.960663  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3473  NnrS  32.09 
 
 
422 aa  128  1e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1524  NnrS family protein  34.09 
 
 
394 aa  129  1e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2741  hypothetical protein  34.31 
 
 
442 aa  126  8e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.300362  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0630  hypothetical protein  34.31 
 
 
407 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0446034  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2807  Heme/copper membrane protein  34.31 
 
 
407 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.817552  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2683  hypothetical protein  34.31 
 
 
407 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2537  hypothetical protein  33.74 
 
 
388 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0111068  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2905  hypothetical protein  34.31 
 
 
407 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2382  hypothetical protein  34.31 
 
 
407 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.863987  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2574  NnrS family protein  35.1 
 
 
392 aa  124  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00111099  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4999  NnrS  32.04 
 
 
405 aa  122  1e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.441301  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1973  NnrS family protein  33.89 
 
 
397 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2168  NnrS  31.67 
 
 
384 aa  120  4e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2362  NnrS family protein  32.6 
 
 
403 aa  120  4e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.03097e-08  decreased coverage  2.73343e-05 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29660  hypothetical protein  33.5 
 
 
397 aa  120  5e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3603  NnrS family protein  31.63 
 
 
403 aa  119  1e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.147714  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2560  NnrS family protein  30.5 
 
 
397 aa  119  1e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.12013  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1227  NnrS family protein  32.05 
 
 
403 aa  118  2e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.25611  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0328  hypothetical protein  32.03 
 
 
397 aa  112  1e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2322  NnrS family protein  30.58 
 
 
400 aa  110  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138032  normal  0.897473 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2181  NnrS  28.19 
 
 
385 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2837  NnrS  27.76 
 
 
403 aa  102  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0722604  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4289  NnrS  27.56 
 
 
388 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0849  putative ATP synthase F0, A subunit  29.52 
 
 
428 aa  100  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3399  hypothetical protein  33.5 
 
 
403 aa  97.4  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0928  NnrS family protein  28.33 
 
 
397 aa  94.4  4e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0391816  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2159  NnrS family protein  31.53 
 
 
398 aa  90.5  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0400909  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0686  NnrS family protein  29.41 
 
 
431 aa  90.5  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1348  hypothetical protein  25.71 
 
 
417 aa  89  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2874  NnrS  27.56 
 
 
386 aa  88.6  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>