More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0101 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0101  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 
146 aa  300  3.0000000000000004e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.464439  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3071  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  59.86 
 
 
145 aa  177  5.999999999999999e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0569291  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0631  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  57.04 
 
 
147 aa  174  4e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  54.2 
 
 
159 aa  149  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3608  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  54.62 
 
 
159 aa  149  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3397  hypothetical protein  54.2 
 
 
172 aa  148  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  50 
 
 
160 aa  145  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  50 
 
 
157 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.34 
 
 
171 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  50 
 
 
157 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1690  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.13 
 
 
147 aa  144  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968234  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3492  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.26 
 
 
150 aa  144  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2401  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.49 
 
 
152 aa  144  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0854  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.25 
 
 
151 aa  143  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0962468 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1758  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.32 
 
 
172 aa  142  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.106493 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1872  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.32 
 
 
171 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628801  hitchhiker  0.000127972 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6231  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.32 
 
 
171 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1848  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.32 
 
 
171 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1812  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.63 
 
 
166 aa  141  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.502319  normal  0.154118 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1786  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.32 
 
 
172 aa  140  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0937  transcriptional regulator, TrmB  47.97 
 
 
175 aa  140  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3642  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.15 
 
 
163 aa  140  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2653  hypothetical protein  51.49 
 
 
142 aa  139  9e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.87475  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2918  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.66 
 
 
159 aa  139  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.996999  normal  0.248939 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3229  hypothetical protein  48.51 
 
 
144 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3341  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.06 
 
 
145 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4066  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.06 
 
 
145 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0763  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.05 
 
 
175 aa  138  3e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.897031  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0226  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.63 
 
 
162 aa  137  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.76 
 
 
166 aa  137  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.878205  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1866  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.59 
 
 
154 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.86 
 
 
147 aa  137  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1476  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.59 
 
 
165 aa  137  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0550713 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1628  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  45.27 
 
 
147 aa  137  6e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2600  hypothetical protein  49.62 
 
 
143 aa  137  7e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2967  hypothetical protein  49.26 
 
 
153 aa  137  7e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00272013  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3286  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50 
 
 
142 aa  136  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2510  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.76 
 
 
166 aa  136  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0743  hypothetical protein  46.32 
 
 
150 aa  135  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1425  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.89 
 
 
161 aa  135  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0574582  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  45.89 
 
 
141 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2456  hypothetical protein  48.85 
 
 
143 aa  134  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1973  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.95 
 
 
150 aa  134  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  45.89 
 
 
141 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  45.89 
 
 
141 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2014  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50 
 
 
156 aa  133  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  45.89 
 
 
141 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  45.89 
 
 
141 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  45.89 
 
 
141 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5694  transcriptional repressor NsrR  45.89 
 
 
141 aa  133  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  44.52 
 
 
141 aa  132  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2375  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.89 
 
 
166 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0412  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.85 
 
 
163 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3040  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.45 
 
 
149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.323158 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1513  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.45 
 
 
146 aa  132  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.334315 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  44.52 
 
 
141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  45.21 
 
 
141 aa  131  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  45.21 
 
 
141 aa  131  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  45.21 
 
 
141 aa  131  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  45.21 
 
 
162 aa  131  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  45.21 
 
 
162 aa  131  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  45.21 
 
 
141 aa  131  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  45.21 
 
 
141 aa  131  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1447  Rrf2 family protein  44.37 
 
 
143 aa  131  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0973586  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0518  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.57 
 
 
146 aa  131  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0438222 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0693  transcriptional repressor NsrR  43.84 
 
 
154 aa  130  5e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3792  transcriptional repressor NsrR  43.84 
 
 
154 aa  130  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.58 
 
 
156 aa  130  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1327  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.09 
 
 
168 aa  130  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679067  normal  0.833541 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2769  transcriptional repressor NsrR  46.56 
 
 
141 aa  129  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2545  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  47.22 
 
 
147 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1064  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  44.93 
 
 
143 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2865  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50 
 
 
157 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.253756  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4279  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.51 
 
 
153 aa  129  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3603  transcriptional repressor NsrR  43.84 
 
 
141 aa  128  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3446  transcriptional repressor NsrR  43.84 
 
 
141 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2243  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.82 
 
 
140 aa  127  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0766  transcriptional repressor NsrR  43.84 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.61103  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0043  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.67 
 
 
151 aa  124  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0043  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.67 
 
 
151 aa  124  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0465453  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.8 
 
 
151 aa  124  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.370774  hitchhiker  0.00270297 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.67 
 
 
151 aa  124  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.67 
 
 
151 aa  124  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.312159  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1800  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.45 
 
 
150 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0041  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.8 
 
 
151 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0191012  hitchhiker  0.000277794 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0047  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.8 
 
 
151 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000883142 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4881  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.24 
 
 
152 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0045  Rrf2 family protein  43.8 
 
 
151 aa  122  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2689  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.05 
 
 
145 aa  122  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002267  nitrite-sensitive transcriptional repressor NsrR  47.73 
 
 
141 aa  122  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2204  Rrf2 family protein  45.45 
 
 
180 aa  122  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0131831  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4024  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  39.71 
 
 
151 aa  122  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.89096  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3810  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.22 
 
 
150 aa  122  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.209804  normal  0.479131 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0036  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.19 
 
 
151 aa  121  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0528  iron-responsive transcriptional regulator  42.14 
 
 
153 aa  121  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0421  iron-responsive transcriptional regulator  43.48 
 
 
160 aa  121  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531604  hitchhiker  0.00267682 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1868  Rrf2 family protein  45.32 
 
 
165 aa  120  5e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1378  Rrf2 family protein  45.32 
 
 
165 aa  120  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2390  transcriptional regulator  45.32 
 
 
165 aa  120  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4221  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.51 
 
 
149 aa  120  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>