More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0066 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0066  putative ribonuclease HI  100 
 
 		 252 aa  520  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0792726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1491  putative ribonuclease HI  61.26 
 
 		 251 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0175251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1682  ribonuclease H  52.49 
 
 		 254 aa  287  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.240069  unclonable  0.00000212508 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3175  ribonuclease H  51.33 
 
 		 262 aa  280  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983549  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2757  ribonuclease H  54.47 
 
 		 254 aa  278  8e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.107855  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3186  ribonuclease H  54.15 
 
 		 251 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0758  ribonuclease H  49.81 
 
 		 263 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1701  ribonuclease HI  44.49 
 
 		 272 aa  228  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5812  ribonuclease H  37.86 
 
 		 223 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5247  ribonuclease H  37.86 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.021715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0872  ribonuclease H  37.32 
 
 		 225 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  29.87 
 
 		 236 aa  95.9  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0936  ribonuclease H  35.92 
 
 		 228 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0897  ribonuclease H  35.92 
 
 		 228 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.681394 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  37.93 
 
 		 148 aa  86.3  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  37.93 
 
 		 148 aa  86.7  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0483  ribonuclease H  37.41 
 
 		 143 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6005  ribonuclease H  33.58 
 
 		 220 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.266469  normal  0.0613425 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  37.41 
 
 		 148 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  37.41 
 
 		 148 aa  84  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  37.41 
 
 		 148 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03470  ribonuclease H, putative  28.09 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.330018  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2183  RNase HI  36.55 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  35.37 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  35.37 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  35.37 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  36.17 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  34.62 
 
 		 150 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2151  ribonuclease HI  36.88 
 
 		 247 aa  81.6  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  34.69 
 
 		 150 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0563  Ribonuclease H  35.04 
 
 		 158 aa  80.1  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  38.89 
 
 		 164 aa  80.5  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0399  ribonuclease HI  35.04 
 
 		 158 aa  80.1  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1199  ribonuclease HI  37.32 
 
 		 145 aa  79.7  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0115399  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27831  ribonuclease HI  36.88 
 
 		 257 aa  79.3  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  33.33 
 
 		 159 aa  79  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  34.75 
 
 		 155 aa  78.6  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1954  ribonuclease H-related protein  32.74 
 
 		 211 aa  78.2  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2466  RNase HI  35.25 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26323 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0160  ribonuclease H  36.17 
 
 		 191 aa  78.2  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.47083  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05188  ribonuclease H, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07180)  25.44 
 
 		 463 aa  77.8  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.484152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3313  Ribonuclease H  38.46 
 
 		 157 aa  77  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4350  ribonuclease H  36.43 
 
 		 154 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.665268  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  34.87 
 
 		 150 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4436  ribonuclease H  36.43 
 
 		 154 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285244  normal  0.136537 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  35.97 
 
 		 149 aa  76.6  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4730  ribonuclease H  36.43 
 
 		 154 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  34.97 
 
 		 155 aa  76.3  0.0000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  36.11 
 
 		 185 aa  76.3  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  34.25 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  31.29 
 
 		 161 aa  75.9  0.0000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 		 527 aa  75.5  0.0000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09420  RNase HI  37.31 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.226214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  32.19 
 
 		 149 aa  75.1  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.64 
 
 		 532 aa  74.7  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  35.97 
 
 		 142 aa  73.9  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  34.69 
 
 		 148 aa  73.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  33.09 
 
 		 148 aa  73.9  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1836  ribonuclease H  32.64 
 
 		 151 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  35.42 
 
 		 160 aa  73.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  34.78 
 
 		 154 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4905  ribonuclease H  31.54 
 
 		 154 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2527  RNase HI  35.14 
 
 		 150 aa  73.6  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1567  ribonuclease HI  35.46 
 
 		 161 aa  72.8  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84962  predicted protein  29.84 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.536372  normal  0.854998 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0617  ribonuclease H-related protein  32.3 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0129838 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  35.25 
 
 		 160 aa  73.2  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  35.21 
 
 		 146 aa  72.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02761  ribonuclease HI  35.46 
 
 		 161 aa  72.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.175549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2435  Ribonuclease H  34.75 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000684172  hitchhiker  0.00771463 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  33.33 
 
 		 153 aa  72.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  35.46 
 
 		 152 aa  72.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  30.77 
 
 		 141 aa  72.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  35.17 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  34.59 
 
 		 154 aa  72.4  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  35.17 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  35.17 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  35.17 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  35.17 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  35.17 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  34.93 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  36 
 
 		 158 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  35.17 
 
 		 146 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  35.92 
 
 		 143 aa  72.4  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1436  RNAse H family protein  28.87 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  37.41 
 
 		 149 aa  72  0.000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  35.17 
 
 		 147 aa  72  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  34.39 
 
 		 156 aa  72  0.000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  33.1 
 
 		 145 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  32.45 
 
 		 155 aa  71.6  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  35.42 
 
 		 154 aa  71.6  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  33.78 
 
 		 154 aa  71.6  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1751  ribonuclease HI  38.83 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08950  Ribonuclease H  31.33 
 
 		 269 aa  70.5  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02181  ribonuclease HI  34.53 
 
 		 163 aa  70.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.959518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  33.79 
 
 		 147 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  35.21 
 
 		 151 aa  70.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  32.89 
 
 		 185 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0096  RNase H  28.05 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000638062 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  33.79 
 
 		 147 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>