More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0036 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0036  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 
378 aa  785    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  56.63 
 
 
366 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0142  cytochrome c oxidase, subunit II  57.38 
 
 
374 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  56.63 
 
 
374 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  57.34 
 
 
524 aa  437  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  54.81 
 
 
405 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  56.13 
 
 
375 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  53.66 
 
 
375 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  57.18 
 
 
528 aa  430  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0103  cytochrome c oxidase, subunit II  54.13 
 
 
375 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  54.13 
 
 
375 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0119  cytochrome c oxidase, subunit II  54.42 
 
 
375 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  57.38 
 
 
513 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01020  cytochrome c oxidase, subunit II  57.1 
 
 
385 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  57.82 
 
 
520 aa  422  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  55.46 
 
 
512 aa  422  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  56.28 
 
 
513 aa  423  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  56.56 
 
 
513 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  55.74 
 
 
513 aa  419  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  57.47 
 
 
356 aa  419  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0062  cytochrome c oxidase, subunit II  53.33 
 
 
374 aa  421  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0885746  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  56.83 
 
 
518 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  56.1 
 
 
513 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  55.92 
 
 
524 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  56.83 
 
 
511 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  56.01 
 
 
518 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  51.48 
 
 
373 aa  413  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  55.74 
 
 
518 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  56.28 
 
 
518 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  53.6 
 
 
521 aa  408  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  54.34 
 
 
387 aa  405  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0236  cytochrome c oxidase, subunit II  53.55 
 
 
519 aa  403  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  52.54 
 
 
377 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  52.82 
 
 
377 aa  398  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4246  cytochrome c oxidase, subunit II  49.74 
 
 
384 aa  397  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  52.97 
 
 
523 aa  394  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  46.86 
 
 
401 aa  386  1e-106  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  46.86 
 
 
401 aa  386  1e-106  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  50.97 
 
 
388 aa  370  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  46.72 
 
 
382 aa  361  1e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  43.58 
 
 
421 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  45.3 
 
 
418 aa  346  5e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  45.3 
 
 
418 aa  345  6e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  45.58 
 
 
390 aa  345  1e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0276  cytochrome c oxidase, subunit II  41.78 
 
 
557 aa  340  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  41.78 
 
 
532 aa  339  4e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  41.78 
 
 
525 aa  338  7e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  42.32 
 
 
544 aa  338  9e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  42.32 
 
 
538 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  41.51 
 
 
531 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  43.87 
 
 
385 aa  334  1e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0261  cytochrome c oxidase subunit II  42.56 
 
 
422 aa  334  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.814908 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  46.85 
 
 
401 aa  333  4e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  40.7 
 
 
532 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  40.7 
 
 
532 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  40.7 
 
 
532 aa  332  9e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  42.17 
 
 
525 aa  330  3e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  42.17 
 
 
525 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  42.17 
 
 
525 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2764  cytochrome c oxidase, subunit II  41.51 
 
 
535 aa  329  4e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.802533  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  42.17 
 
 
525 aa  329  4e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2902  cytochrome c oxidase, subunit II  41.51 
 
 
535 aa  330  4e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  42.17 
 
 
517 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  42.17 
 
 
517 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  42.17 
 
 
517 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  42.45 
 
 
385 aa  324  2e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  44.5 
 
 
377 aa  315  8e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  41.91 
 
 
388 aa  304  1.0000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  42.94 
 
 
380 aa  303  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  42.41 
 
 
389 aa  303  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3047  cytochrome c oxidase, subunit II  51.97 
 
 
281 aa  299  4e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000013174  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  40.26 
 
 
389 aa  295  1e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  41.04 
 
 
389 aa  294  2e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  40.1 
 
 
402 aa  294  2e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  42.21 
 
 
392 aa  288  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  39.68 
 
 
398 aa  287  2e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3011  Cytochrome-c oxidase  40.26 
 
 
380 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.913445  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  43.14 
 
 
390 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0310  cytochrome c oxidase, subunit II  51.21 
 
 
320 aa  280  4e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0572725 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0293  cytochrome c oxidase, subunit II  52.51 
 
 
311 aa  278  8e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.142345  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04019  cytochrome c oxidase, subunit II  51.26 
 
 
308 aa  273  4.0000000000000004e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  41.88 
 
 
400 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  41.29 
 
 
401 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0621  cytochrome c oxidase, subunit II  36.88 
 
 
255 aa  178  2e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345466  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0581  cytochrome c oxidase subunit II  38.36 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00300077  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0467  cytochrome c oxidase, subunit II  35.32 
 
 
284 aa  171  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.870117  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0814  cytochrome-c oxidase  34.47 
 
 
284 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.278116  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2349  cytochrome c oxidase, subunit II  36.51 
 
 
285 aa  166  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.911923 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0260  cytochrome c oxidase, subunit II  36.03 
 
 
288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.150091  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0518  cytochrome c oxidase subunit II  35.18 
 
 
294 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0300  cytochrome c oxidase, subunit II  34.98 
 
 
254 aa  162  9e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0033  cytochrome c oxidase, subunit II  32 
 
 
279 aa  161  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.511366 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1039  cytochrome c oxidase subunit II  34.31 
 
 
312 aa  160  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.866528  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4588  cytochrome-c oxidase  35.74 
 
 
284 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0669  cytochrome c oxidase subunit II  33.47 
 
 
279 aa  158  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12333  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2336  cytochrome c oxidase, subunit II  31.29 
 
 
304 aa  155  8e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.273176  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0741  cytochrome c oxidase, subunit II  32.68 
 
 
287 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3587  cytochrome c oxidase, subunit II  32.95 
 
 
279 aa  153  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.677515  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3459  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 
279 aa  153  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.927042  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3263  cytochrome c oxidase, subunit II  32.95 
 
 
279 aa  153  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.571759  normal  0.256995 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>