More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0024 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  100 
 
 
191 aa  396  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  55.08 
 
 
185 aa  215  4e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  53.48 
 
 
185 aa  209  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  55.93 
 
 
185 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  55.93 
 
 
185 aa  201  5e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.84 
 
 
185 aa  194  7e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  0.00000766437 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  49.73 
 
 
185 aa  193  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000304623  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  51.96 
 
 
185 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  0.00000510467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  50.28 
 
 
185 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  50.28 
 
 
185 aa  190  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  0.0000000000000733254 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  48.89 
 
 
185 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  48.33 
 
 
185 aa  187  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  47.49 
 
 
185 aa  178  4e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  51.67 
 
 
190 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.71 
 
 
191 aa  168  6e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  45.3 
 
 
185 aa  166  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  46.41 
 
 
196 aa  164  8e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  44.2 
 
 
185 aa  162  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  43.89 
 
 
185 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  46.89 
 
 
201 aa  159  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  48.63 
 
 
190 aa  158  4e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.16 
 
 
185 aa  157  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  46.41 
 
 
190 aa  157  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  47.22 
 
 
189 aa  157  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  44.86 
 
 
185 aa  156  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000809913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  45.3 
 
 
189 aa  155  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  46.11 
 
 
187 aa  154  9e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  46.86 
 
 
191 aa  154  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  47.78 
 
 
190 aa  152  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  46.02 
 
 
189 aa  152  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  47.78 
 
 
190 aa  152  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000521724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  47.78 
 
 
190 aa  152  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000135377  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  45.9 
 
 
185 aa  152  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  43.16 
 
 
200 aa  151  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  44.44 
 
 
180 aa  150  7e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  43.92 
 
 
190 aa  150  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  43.92 
 
 
190 aa  150  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  43.92 
 
 
190 aa  150  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000392621  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  43.92 
 
 
190 aa  150  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  43.92 
 
 
190 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  44.81 
 
 
188 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  45 
 
 
188 aa  149  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  46.02 
 
 
189 aa  149  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  44.44 
 
 
209 aa  149  2e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  44.83 
 
 
188 aa  148  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  48.52 
 
 
190 aa  148  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  43.23 
 
 
190 aa  148  6e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  43.23 
 
 
190 aa  148  6e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000149236  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  43.23 
 
 
190 aa  148  6e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  43.23 
 
 
190 aa  148  6e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  42.7 
 
 
197 aa  147  6e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.71 
 
 
185 aa  147  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  43.23 
 
 
190 aa  147  8e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  42.86 
 
 
190 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.45 
 
 
186 aa  146  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.45 
 
 
186 aa  147  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  41.53 
 
 
192 aa  145  3e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  43.72 
 
 
205 aa  145  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000439267  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.44 
 
 
185 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  43.33 
 
 
209 aa  144  6e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.62 
 
 
186 aa  144  6e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  43.33 
 
 
205 aa  144  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000551499  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  43.33 
 
 
205 aa  144  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000309494  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  43.6 
 
 
188 aa  144  9e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  46.2 
 
 
190 aa  143  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  44.75 
 
 
198 aa  143  2e-33  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  43.86 
 
 
187 aa  141  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  46.37 
 
 
185 aa  141  7e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  45.09 
 
 
188 aa  140  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  0.00000448294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.93 
 
 
188 aa  140  9e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.93 
 
 
188 aa  140  9e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.93 
 
 
188 aa  140  9e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000077729 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  45.93 
 
 
187 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  45.09 
 
 
188 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  45.09 
 
 
188 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.51 
 
 
188 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.93 
 
 
188 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.35 
 
 
188 aa  139  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  42.61 
 
 
183 aa  138  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  42.61 
 
 
186 aa  131  5e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2134  hypothetical protein  38.31 
 
 
214 aa  124  9e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.437121 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  40.45 
 
 
186 aa  119  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  40.45 
 
 
186 aa  119  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  37.31 
 
 
214 aa  118  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2376  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  35.19 
 
 
262 aa  110  9e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3895  translation factor SUA5  38.24 
 
 
314 aa  100  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  42.54 
 
 
211 aa  99.4  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0598  hypothetical protein  38.78 
 
 
329 aa  95.5  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2902  hypothetical protein  33.54 
 
 
322 aa  94  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.04 
 
 
346 aa  93.2  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3044  hypothetical protein  33.54 
 
 
322 aa  93.6  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.51 
 
 
335 aa  92.8  3e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1722  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.71 
 
 
347 aa  92.4  3e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.231595  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.04 
 
 
346 aa  92.4  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.04 
 
 
346 aa  92.4  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.04 
 
 
346 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.04 
 
 
346 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.04 
 
 
346 aa  92.4  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  37.04 
 
 
346 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  32.72 
 
 
325 aa  92  4e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>