More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0009 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0009  PAS  100 
 
 
479 aa  996    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.304848  normal  0.553923 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4089  PAS  32.51 
 
 
678 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.465781  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 
671 aa  206  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.156465 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4395  sensory box histidine kinase  31.52 
 
 
678 aa  206  8e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.54023  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0558  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 
763 aa  206  8e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.043921  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2249  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.54 
 
 
771 aa  206  1e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2830  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.45 
 
 
631 aa  205  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4969  putative two-component sensor  30.02 
 
 
698 aa  204  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0957  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 
676 aa  203  5e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57170  putative two-component sensor  29.8 
 
 
698 aa  203  5e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 
676 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
676 aa  200  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0906179 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13390  Sensory histidine protein kinase  31.52 
 
 
671 aa  199  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.318892  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0316  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.74 
 
 
764 aa  196  6e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.889284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4423  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.29 
 
 
678 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4499  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 
674 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278807  normal  0.486911 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2233  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.03 
 
 
747 aa  187  5e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 
868 aa  176  7e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.371238 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1728  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 
462 aa  176  8e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.091875  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0239  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.91 
 
 
565 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1088  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.7 
 
 
822 aa  169  9e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.436726 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2727  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.68 
 
 
753 aa  164  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2870  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.85 
 
 
1105 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.719713  normal  0.347802 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2880  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 
576 aa  160  5e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 
1101 aa  159  7e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1165  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.14 
 
 
725 aa  156  7e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2832  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.97 
 
 
745 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.34987  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3038  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.34 
 
 
769 aa  153  8e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2772  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.38 
 
 
812 aa  148  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2941  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.14 
 
 
719 aa  147  5e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0616  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.28 
 
 
908 aa  146  9e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0119428 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1243  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.18 
 
 
734 aa  146  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0172121 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2640  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.35 
 
 
955 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2652  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.75 
 
 
833 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  28.48 
 
 
553 aa  141  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2460  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.68 
 
 
797 aa  140  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.96 
 
 
1080 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0701  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.34 
 
 
540 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.163647 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.87 
 
 
865 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0758  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.23 
 
 
800 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.85 
 
 
802 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43493  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2324  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.2 
 
 
1089 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0714  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.93 
 
 
744 aa  131  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.07 
 
 
710 aa  123  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0991  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.52 
 
 
607 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.964598 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  24.42 
 
 
971 aa  107  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.6 
 
 
819 aa  107  6e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.62 
 
 
852 aa  106  7e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.11 
 
 
526 aa  103  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.44 
 
 
1021 aa  103  9e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0625  sensory box sensor histidine kinase  26.37 
 
 
853 aa  102  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0137493  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1412  sensor histidine kinase/response regulator  25.26 
 
 
737 aa  101  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.281366  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.07 
 
 
861 aa  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01018  histidine kinase  28.11 
 
 
408 aa  101  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185766  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06148  histidine kinase  28.11 
 
 
408 aa  101  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00011043  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  27.41 
 
 
1258 aa  100  6e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  23.87 
 
 
819 aa  100  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0668  histidine kinase  29.32 
 
 
542 aa  100  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.512830000000001e-32 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  28.37 
 
 
695 aa  99.4  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  28.26 
 
 
1850 aa  99.4  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.03 
 
 
804 aa  98.6  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.9 
 
 
524 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_134  sensor histidine kinase  23.88 
 
 
1062 aa  97.8  3e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0655  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 
542 aa  97.8  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000210229  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  23.32 
 
 
1092 aa  96.7  9e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0127  sensory box sensor histidine kinase  24.88 
 
 
1061 aa  96.3  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.05 
 
 
760 aa  95.9  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.52 
 
 
1465 aa  96.3  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.57 
 
 
683 aa  96.3  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2546  Signal transduction histidine kinase-like protein  28.57 
 
 
804 aa  95.5  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0819  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.78 
 
 
393 aa  95.9  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.93 
 
 
699 aa  95.1  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.79 
 
 
713 aa  95.5  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.98 
 
 
494 aa  94.4  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.51 
 
 
439 aa  94.4  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  28.77 
 
 
1187 aa  94  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.35 
 
 
527 aa  94  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.56 
 
 
515 aa  94  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3976  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 
431 aa  94  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0119459  decreased coverage  0.00202838 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3581  histidine kinase  25.52 
 
 
739 aa  94  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.1112  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  28.1 
 
 
611 aa  94  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_566  sensor histidine kinase  26.74 
 
 
852 aa  93.6  6e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0073  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.21 
 
 
505 aa  93.6  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2707  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.93 
 
 
776 aa  93.6  7e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1470  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.23 
 
 
755 aa  93.2  8e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.797654  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1502  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.8 
 
 
952 aa  93.6  8e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3002  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.8 
 
 
1234 aa  92.8  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.131007 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1893  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.12 
 
 
985 aa  92.8  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.426931  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2725  histidine kinase  25.36 
 
 
361 aa  92.8  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.102718  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  26.53 
 
 
688 aa  92.4  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.11 
 
 
500 aa  92.8  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2923  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.8 
 
 
541 aa  92.8  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.252505  hitchhiker  0.00000000439976 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  27.76 
 
 
358 aa  92.8  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 
1123 aa  92.8  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1529  sensory box histidine kinase/response regulator  22.49 
 
 
803 aa  92.4  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.23 
 
 
503 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  23.31 
 
 
512 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62530  two-component sensor CbrA  25.45 
 
 
983 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  23.91 
 
 
724 aa  92.4  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.46 
 
 
494 aa  92.4  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>