More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal_0988 on replicon NC_009052
Organism: Shewanella baltica OS155



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  58.71 
 
 
561 aa  690  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3017  pseudouridine synthase  58.51 
 
 
572 aa  682  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  62.72 
 
 
593 aa  696  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  61.69 
 
 
566 aa  699  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  9.52399e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  55.54 
 
 
567 aa  641  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1091  pseudouridine synthase  96.34 
 
 
574 aa  1156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  56.6 
 
 
579 aa  655  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0988  pseudouridine synthase  100 
 
 
574 aa  1197  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3301  pseudouridine synthase  96.17 
 
 
574 aa  1137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  55.99 
 
 
559 aa  645  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  59.23 
 
 
578 aa  674  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1000  pseudouridine synthase  92.51 
 
 
574 aa  1093  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1058  pseudouridine synthase  96.86 
 
 
574 aa  1136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  55.1 
 
 
523 aa  592  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  48.12 
 
 
567 aa  545  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  47.96 
 
 
570 aa  542  1e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  46.35 
 
 
561 aa  494  1e-138  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  62.83 
 
 
221 aa  278  1e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  35.77 
 
 
548 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  37.33 
 
 
549 aa  271  3e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  35.59 
 
 
551 aa  271  3e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  35.59 
 
 
551 aa  270  6e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.67 
 
 
543 aa  258  2e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.89 
 
 
219 aa  172  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.19589e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.89 
 
 
219 aa  172  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.57754e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.89 
 
 
219 aa  172  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  1.50238e-08 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.89 
 
 
219 aa  172  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  2.46696e-08  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  44.89 
 
 
219 aa  172  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  44.89 
 
 
219 aa  172  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  44.44 
 
 
219 aa  171  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.65216e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.44 
 
 
219 aa  171  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.89 
 
 
219 aa  170  6e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.37271e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.44 
 
 
217 aa  168  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  8.34833e-05  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.56 
 
 
219 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.56 
 
 
219 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.56 
 
 
219 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  4.72444e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.56 
 
 
219 aa  168  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.56 
 
 
219 aa  168  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.98 
 
 
225 aa  161  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.00067e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.98 
 
 
225 aa  160  6e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.54 
 
 
225 aa  160  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.26 
 
 
218 aa  159  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  42.11 
 
 
225 aa  159  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  43.23 
 
 
238 aa  158  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  44 
 
 
217 aa  157  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  44 
 
 
217 aa  157  5e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  44 
 
 
217 aa  156  9e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.12 
 
 
206 aa  156  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  7.44972e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  43.12 
 
 
206 aa  156  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.12 
 
 
206 aa  156  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.01131e-07  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  42.41 
 
 
218 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  43.56 
 
 
217 aa  155  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  46.83 
 
 
204 aa  154  6e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.12 
 
 
244 aa  152  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  39.56 
 
 
222 aa  152  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.44 
 
 
213 aa  151  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.64 
 
 
223 aa  151  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  39.73 
 
 
223 aa  150  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  40.35 
 
 
225 aa  150  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  41.63 
 
 
241 aa  150  7e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
225 aa  150  9e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
225 aa  149  1e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  42.22 
 
 
216 aa  149  1e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  4.55311e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
225 aa  149  1e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.1 
 
 
211 aa  149  1e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  39.91 
 
 
226 aa  149  1e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.32 
 
 
217 aa  149  1e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  38.6 
 
 
225 aa  149  1e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  42.52 
 
 
211 aa  148  2e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
225 aa  148  2e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  40.53 
 
 
234 aa  148  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0734  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase  58.41 
 
 
266 aa  148  3e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.81 
 
 
214 aa  147  4e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  42.52 
 
 
211 aa  147  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  4.42265e-11 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.24 
 
 
227 aa  147  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40 
 
 
223 aa  145  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.92 
 
 
211 aa  146  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  40.89 
 
 
225 aa  146  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  39.82 
 
 
211 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  40.72 
 
 
211 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  40.72 
 
 
211 aa  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  39.37 
 
 
211 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.32 
 
 
219 aa  144  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  39.45 
 
 
219 aa  143  1e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.82 
 
 
211 aa  141  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  42.67 
 
 
256 aa  140  4e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.92 
 
 
217 aa  140  6e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.47 
 
 
250 aa  140  8e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  42.45 
 
 
217 aa  140  9e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.91 
 
 
221 aa  139  1e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  40.18 
 
 
225 aa  139  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  40.43 
 
 
232 aa  138  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  38.96 
 
 
226 aa  139  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  38.2 
 
 
238 aa  139  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  42.2 
 
 
215 aa  139  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  41.04 
 
 
225 aa  139  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.28 
 
 
245 aa  138  3e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  38.89 
 
 
233 aa  138  3e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  39.27 
 
 
211 aa  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  39.82 
 
 
225 aa  137  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>