173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal_0823 on replicon NC_009052
Organism: Shewanella baltica OS155



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  97.47 
 
 
367 aa  719    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  94.1 
 
 
367 aa  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
367 aa  755    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  48.14 
 
 
355 aa  328  7e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  48.59 
 
 
359 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  43.66 
 
 
342 aa  251  1e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  41.29 
 
 
352 aa  233  3e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  42.22 
 
 
349 aa  219  5e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  38.55 
 
 
347 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  33.7 
 
 
356 aa  187  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  36.49 
 
 
347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  36.49 
 
 
393 aa  156  7e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  31.36 
 
 
347 aa  145  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  30.03 
 
 
399 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  29.38 
 
 
363 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  30.55 
 
 
366 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  29.02 
 
 
372 aa  124  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  30.64 
 
 
346 aa  123  4e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  28.42 
 
 
355 aa  123  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  30.84 
 
 
372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  27.25 
 
 
348 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  27.5 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  29.36 
 
 
360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  28.57 
 
 
376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  30.56 
 
 
356 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  26.14 
 
 
395 aa  111  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  27.76 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  28.9 
 
 
350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  29.86 
 
 
404 aa  109  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  29.43 
 
 
401 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  26.89 
 
 
359 aa  103  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  27.79 
 
 
357 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  29.11 
 
 
400 aa  102  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  30.17 
 
 
370 aa  100  5e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  27.39 
 
 
354 aa  99.8  8e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  26.79 
 
 
394 aa  99.4  9e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  27.14 
 
 
365 aa  95.5  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  27.45 
 
 
352 aa  93.2  6e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  27.37 
 
 
355 aa  93.2  7e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  25.39 
 
 
355 aa  90.9  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  27.75 
 
 
370 aa  90.1  6e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  25.5 
 
 
362 aa  88.2  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  30.72 
 
 
372 aa  85.1  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  26.63 
 
 
383 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  27.62 
 
 
351 aa  84  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  25.62 
 
 
391 aa  82.8  0.000000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  25.62 
 
 
391 aa  82.8  0.000000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  26.59 
 
 
370 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  23.89 
 
 
378 aa  77.8  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  24.73 
 
 
386 aa  75.9  0.0000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  27.55 
 
 
410 aa  66.6  0.0000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  24.5 
 
 
375 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  21.9 
 
 
387 aa  63.5  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  27.33 
 
 
251 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  22.17 
 
 
273 aa  61.2  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6169  protein of unknown function DUF955  24.52 
 
 
392 aa  58.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1309  hypothetical protein  28.81 
 
 
284 aa  57.8  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.584713  normal  0.697402 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  26.2 
 
 
393 aa  57  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3552  hypothetical protein  23.43 
 
 
385 aa  55.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  25.51 
 
 
383 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  24.26 
 
 
349 aa  55.1  0.000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  23.94 
 
 
396 aa  55.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  28.67 
 
 
174 aa  55.5  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0309  hypothetical protein  24.68 
 
 
392 aa  54.7  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2466  protein of unknown function DUF955  27.22 
 
 
257 aa  53.9  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000413379  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  24.35 
 
 
416 aa  53.9  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  30.81 
 
 
169 aa  53.5  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  23.12 
 
 
399 aa  53.1  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0275  DNA-binding protein  24.18 
 
 
377 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  29.51 
 
 
182 aa  52  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0537  hypothetical protein  23.84 
 
 
419 aa  51.6  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  24.52 
 
 
382 aa  50.8  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  23.2 
 
 
400 aa  50.4  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  23.12 
 
 
410 aa  50.4  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  21.28 
 
 
377 aa  50.4  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000203877  decreased coverage  0.0000849316 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  36.27 
 
 
390 aa  50.1  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1505  hypothetical protein  27.06 
 
 
383 aa  50.1  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2671  protein of unknown function DUF955  27.38 
 
 
255 aa  49.7  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3868  protein of unknown function DUF955  28.29 
 
 
173 aa  49.7  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00178055  normal  0.0152146 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 
140 aa  49.7  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  25.78 
 
 
359 aa  48.9  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2482  protein of unknown function DUF955  27.22 
 
 
383 aa  48.9  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  23.14 
 
 
382 aa  48.9  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1409  protein of unknown function DUF955  24.64 
 
 
383 aa  48.9  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  23.79 
 
 
386 aa  48.5  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1373  hypothetical protein  26.49 
 
 
269 aa  48.1  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0476075  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37310  hypothetical protein  35.37 
 
 
302 aa  47.8  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  38.33 
 
 
188 aa  47.8  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 
180 aa  47.8  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
180 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
180 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
180 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  24.44 
 
 
283 aa  47.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  26.34 
 
 
414 aa  47.4  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  26.34 
 
 
414 aa  47.4  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  26.34 
 
 
414 aa  47.4  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 
120 aa  47.4  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 
180 aa  47  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  20.72 
 
 
388 aa  47  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 
180 aa  47  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0489002 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>