195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_0362 on replicon NC_011663
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_0354  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
92 aa  179  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.345047  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
92 aa  179  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0362  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
92 aa  179  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  5.90702e-09 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0359  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
92 aa  179  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3631  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  98.91 
 
 
92 aa  177  3e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0529446  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  98.91 
 
 
92 aa  177  3e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3434  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  93.48 
 
 
92 aa  147  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.684285  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3811  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  97.83 
 
 
92 aa  145  1e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.370537  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3614  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  97.83 
 
 
92 aa  145  1e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0329  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  97.83 
 
 
92 aa  145  1e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.389208  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0265  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  93.48 
 
 
92 aa  135  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4582  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  95.83 
 
 
94 aa  135  3e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  unclonable  2.2392e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3498  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  94.44 
 
 
93 aa  133  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3878  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  94.44 
 
 
94 aa  133  1e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0335  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  94.44 
 
 
94 aa  133  1e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.383189 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0364  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  89.13 
 
 
92 aa  131  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0211  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.44 
 
 
90 aa  115  1e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.44 
 
 
90 aa  113  1e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  108  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4493  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  108  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.89 
 
 
95 aa  108  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4146  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  74.44 
 
 
91 aa  107  4e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3949  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500871 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4067  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.912387  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3958  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4128  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1456  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.18 
 
 
90 aa  105  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0062  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204868 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3984  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03506  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4100  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4152  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0056  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03458  hypothetical protein  72.22 
 
 
91 aa  105  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4868  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70 
 
 
91 aa  103  8e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00471726 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3949  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.11 
 
 
91 aa  102  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0044  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70 
 
 
91 aa  102  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0090  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  70 
 
 
91 aa  101  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3624  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  63.74 
 
 
91 aa  100  8e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4177  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.11 
 
 
91 aa  98.2  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00539722  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.11 
 
 
91 aa  98.2  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001863  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  67.78 
 
 
90 aa  97.1  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0111  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.69 
 
 
65 aa  96.3  1e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.849529  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2281  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.89 
 
 
90 aa  95.5  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0348  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.14 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  64.18 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  64.18 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.94 
 
 
90 aa  89.4  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  64.29 
 
 
91 aa  84  7e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.41 
 
 
87 aa  82  3e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60.94 
 
 
70 aa  80.1  9e-15  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.67 
 
 
87 aa  79.7  1e-14  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.94 
 
 
87 aa  78.2  3e-14  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.94 
 
 
87 aa  78.2  4e-14  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0051  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.5 
 
 
68 aa  77.8  4e-14  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0139624  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.94 
 
 
87 aa  78.2  4e-14  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.94 
 
 
87 aa  78.2  4e-14  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
88 aa  78.2  4e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
88 aa  78.2  4e-14  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4389  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.67 
 
 
87 aa  77  8e-14  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.100298 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0074  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  55 
 
 
87 aa  76.3  1e-13  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.43 
 
 
86 aa  75.1  3e-13  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.33 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.94 
 
 
123 aa  74.3  5e-13  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00629  DNA-directed RNA polymerase subunit kappa/omega  70.21 
 
 
59 aa  73.6  9e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  58.46 
 
 
87 aa  73.2  1e-12  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4385  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.17 
 
 
74 aa  73.2  1e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.57 
 
 
86 aa  71.6  3e-12  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.57 
 
 
86 aa  71.6  3e-12  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0842  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  45.05 
 
 
98 aa  71.6  4e-12  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0408  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.9 
 
 
97 aa  69.7  1e-11  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.103072  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
91 aa  69.7  1e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
91 aa  69.7  1e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  9.20527e-07 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1779  DNA-directed RNA polymerase omega chain  56.9 
 
 
97 aa  69.7  1e-11  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00826217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.81 
 
 
67 aa  69.7  1e-11  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378919  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3234  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50.77 
 
 
83 aa  69.3  2e-11  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.665488  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0755  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.25 
 
 
111 aa  68.9  2e-11  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  55.38 
 
 
107 aa  68.2  4e-11  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  48.05 
 
 
86 aa  67.8  5e-11  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3048  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67.4  7e-11  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.377963  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67.4  7e-11  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.380973  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2095  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67.4  7e-11  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3014  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67.4  7e-11  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2948  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67.4  7e-11  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2649  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67.4  7e-11  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.670297  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0816  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67.4  7e-11  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.979254  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0521  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67  8e-11  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0906  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67  8e-11  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381114  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67  8e-11  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3084  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67  8e-11  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.590238  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1587  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67  8e-11  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00788426  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0670  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67  8e-11  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.503801 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0872  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67  8e-11  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4108  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67  8e-11  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00419927  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0960  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  67  8e-11  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0844309  normal  0.542066 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2400  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
67 aa  66.6  1e-10  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.772935 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.73 
 
 
70 aa  65.9  2e-10  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>