More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_0253 on replicon NC_011663
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0251  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  77.83 
 
 
628 aa  1019  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  3.47396e-09 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3434  sigma-54 dependent transcriptional regulator  63.47 
 
 
602 aa  675  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.66609  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2338  sigma-54 factor, interaction region  56.12 
 
 
612 aa  731  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00232257  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0252  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  96.78 
 
 
652 aa  1291  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0250  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  77.88 
 
 
619 aa  1016  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000206516 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0253  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
652 aa  1341  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  2.33378e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3771  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  78.34 
 
 
619 aa  1022  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0270  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  64.91 
 
 
598 aa  837  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773835 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  89.95 
 
 
626 aa  1186  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  99.69 
 
 
652 aa  1337  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0365  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  89.14 
 
 
633 aa  1172  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0633679  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3573  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  63.04 
 
 
591 aa  808  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4479  sigma-54 dependent transcriptional regulator  76.5 
 
 
616 aa  996  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003329  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.58 
 
 
586 aa  558  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02421  hypothetical protein  46.01 
 
 
587 aa  561  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1413  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.1 
 
 
587 aa  558  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1736  helix-turn-helix, Fis-type  37.16 
 
 
617 aa  406  1e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.590224  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3636  sigma54 specific transcriptional regulator  36.75 
 
 
616 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.521213 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.99 
 
 
617 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130884  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2041  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.24 
 
 
611 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.637814 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3175  putative GAF sensor protein  34.37 
 
 
629 aa  385  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.66 
 
 
657 aa  385  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  35.97 
 
 
661 aa  375  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  35.99 
 
 
653 aa  373  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0343  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.01 
 
 
640 aa  375  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00036469  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.51 
 
 
651 aa  374  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.42 
 
 
652 aa  365  1e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.98 
 
 
667 aa  364  3e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1691  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.82 
 
 
667 aa  362  1e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7189  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.46 
 
 
662 aa  360  4e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  3.34896e-05  normal  0.517977 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5158  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.69 
 
 
680 aa  360  6e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.493898 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5123  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.69 
 
 
680 aa  359  7e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0328449  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3245  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.69 
 
 
680 aa  359  7e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.82 
 
 
672 aa  358  1e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0698  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.96 
 
 
637 aa  358  1e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  36.82 
 
 
663 aa  358  2e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1892  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.89 
 
 
582 aa  357  5e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.55 
 
 
647 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.64 
 
 
638 aa  354  3e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.1 
 
 
637 aa  353  4e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219279  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3388  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.1 
 
 
637 aa  353  4e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0381  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.61 
 
 
663 aa  352  1e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24565  normal  0.15807 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1732  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.22 
 
 
585 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0479  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.86 
 
 
712 aa  351  3e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3479  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.61 
 
 
582 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.496385  normal  0.125904 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.73 
 
 
660 aa  347  3e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0285  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.16 
 
 
687 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5308  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.42 
 
 
634 aa  347  6e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0711362 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6164  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.96 
 
 
666 aa  347  6e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5897  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.96 
 
 
669 aa  346  8e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313078 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5649  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.96 
 
 
653 aa  345  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169895 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2259  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.8 
 
 
591 aa  345  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.026618 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4403  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.23 
 
 
628 aa  345  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.235944 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1778  helix-turn-helix, Fis-type  33.92 
 
 
673 aa  344  3e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3641  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.3 
 
 
691 aa  343  4e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.651676  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2736  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.87 
 
 
662 aa  343  5e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.419098 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0899  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.18 
 
 
632 aa  343  7e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.599128  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.18 
 
 
632 aa  343  7e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.917083  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.48 
 
 
657 aa  341  2e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0800  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.76 
 
 
646 aa  342  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.236546  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2160  sigma-54 activated regulatory protein  36.76 
 
 
724 aa  341  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1819  sigma-54 activated regulatory protein  36.84 
 
 
651 aa  341  3e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.92 
 
 
676 aa  340  5e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2813  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 
699 aa  339  1e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.475478  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0890  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.83 
 
 
646 aa  338  2e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245781  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3427  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.09 
 
 
648 aa  337  3e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.535868 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4922  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.96 
 
 
629 aa  337  5e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330349  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.83 
 
 
609 aa  333  5e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5659  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.84 
 
 
663 aa  333  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5954  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.59 
 
 
677 aa  328  1e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0983903 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2870  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.84 
 
 
676 aa  322  1e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360055  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2469  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.43 
 
 
636 aa  321  2e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416044  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.94 
 
 
696 aa  321  3e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7557  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.29 
 
 
627 aa  320  7e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2614  putative transcriptional regulator  32.87 
 
 
682 aa  318  2e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0735  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.15 
 
 
683 aa  316  7e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.431182  normal  0.0765632 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2301  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.1 
 
 
636 aa  316  9e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3467  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.1 
 
 
636 aa  315  2e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2951  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.7 
 
 
639 aa  314  3e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0236757  normal  0.346853 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0591  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.33 
 
 
671 aa  314  3e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.495015  normal  0.162414 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4584  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.65 
 
 
692 aa  312  1e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.821565 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4979  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.36 
 
 
619 aa  310  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.178803 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1088  transcriptional regulator  31.7 
 
 
640 aa  310  6e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0546  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.07 
 
 
725 aa  309  9e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3145  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.3 
 
 
705 aa  309  1e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0585  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.86 
 
 
671 aa  308  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0598  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.49 
 
 
661 aa  305  2e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08020  Sigma54-dependent transcriptional activator  33.28 
 
 
631 aa  305  2e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6490  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  31.81 
 
 
701 aa  304  4e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519588  normal  0.249204 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1734  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  32.01 
 
 
682 aa  302  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0515  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.35 
 
 
623 aa  301  3e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.78347e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5548  helix-turn-helix, Fis-type  31.86 
 
 
658 aa  300  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.541303  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4046  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  33.17 
 
 
668 aa  300  5e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.19569 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11830  transcriptional regulator  33.63 
 
 
643 aa  299  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0962439  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2411  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.88 
 
 
595 aa  298  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4988  sigma54 specific transcriptional regulator  31.28 
 
 
638 aa  298  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0336  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism  30.6 
 
 
684 aa  296  6e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3129  transcription regulator protein  34.73 
 
 
637 aa  296  7e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.869922  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41690  Sigma54-dependent transcriptional activator protein, AcoR  32.44 
 
 
613 aa  296  8e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.15857  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2439  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.81 
 
 
625 aa  296  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.255171 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>