98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4591 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A4529  cytochrome c552  90.17 
 
 
478 aa  897    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.895576 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4315  cytochrome c552  99.58 
 
 
478 aa  1000    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4626  cytochrome c552  100 
 
 
478 aa  1004    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03942  nitrite reductase, formate-dependent, cytochrome  100 
 
 
478 aa  1004    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3957  cytochrome c552  100 
 
 
478 aa  1004    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4532  cytochrome c552  100 
 
 
478 aa  1004    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4591  cytochrome c552  100 
 
 
478 aa  1004    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4622  cytochrome c552  89.96 
 
 
478 aa  893    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4620  cytochrome c552  89.96 
 
 
478 aa  893    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.597684  normal  0.388303 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4536  cytochrome c552  89.96 
 
 
478 aa  895    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.490866  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4671  cytochrome c552  90.17 
 
 
478 aa  895    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2735  cytochrome c552  75.85 
 
 
472 aa  790    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3922  formate-dependent cytochrome c nitrite reductase, c552 subunit  100 
 
 
478 aa  1004    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5575  cytochrome c552  99.79 
 
 
478 aa  1001    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2432  cytochrome c552  76.1 
 
 
477 aa  802    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03902  hypothetical protein  100 
 
 
478 aa  1004    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1997  cytochrome c552  63.43 
 
 
478 aa  621  1e-177  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0658  cytochrome c552  64.16 
 
 
473 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.034848  normal  0.165673 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0659  cytochrome c552  63.93 
 
 
473 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000892238  normal  0.264438 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3363  cytochrome c552  63.93 
 
 
473 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.328864  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0685  cytochrome c552  63.01 
 
 
467 aa  608  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000162376  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3980  cytochrome c552  63.7 
 
 
467 aa  610  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02727  cytochrome c552  63.51 
 
 
469 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003114  cytochrome c552 precursor  64.43 
 
 
475 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3652  cytochrome c552  64.38 
 
 
467 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00563536  hitchhiker  0.0000468517 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0972  cytochrome c552  59.96 
 
 
466 aa  600  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0794  cytochrome c552  64.38 
 
 
467 aa  601  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00711776  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0844  cytochrome c552  62.79 
 
 
466 aa  598  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000415815  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3834  cytochrome c552  64.38 
 
 
467 aa  601  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  normal  0.0322806 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3711  cytochrome c552  64.16 
 
 
467 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000131094  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0622  cytochrome c552  63.01 
 
 
463 aa  595  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000137875  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0648  cytochrome c552  61.33 
 
 
467 aa  586  1e-166  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0169797  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0931  cytochrome c552  61.19 
 
 
466 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000109321  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0831  cytochrome c552  62.1 
 
 
467 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.01441  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2812  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  58.24 
 
 
466 aa  541  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0707  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  44.16 
 
 
515 aa  404  1e-111  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000210974  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1820  cytochrome c552  44.3 
 
 
498 aa  402  9.999999999999999e-111  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1101  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  43.5 
 
 
488 aa  396  1e-109  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2363  cytochrome c552  46 
 
 
477 aa  379  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000178461  hitchhiker  0.000909202 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3604  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  42.83 
 
 
469 aa  375  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.357303  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0688  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  42.83 
 
 
464 aa  373  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3036  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  45.77 
 
 
469 aa  371  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306753  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1228  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  40.84 
 
 
469 aa  367  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0609624  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0505  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  43.36 
 
 
452 aa  368  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3653  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  37.53 
 
 
517 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3744  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  36.47 
 
 
573 aa  300  3e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3631  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  33.89 
 
 
480 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000140973  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1521  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.42 
 
 
416 aa  217  2.9999999999999998e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1980  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  34.55 
 
 
476 aa  211  3e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.439301 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1490  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.79 
 
 
529 aa  206  8e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2333  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.96 
 
 
524 aa  206  9e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114103 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4234  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.49 
 
 
434 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0910  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  33.99 
 
 
490 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0701  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.39 
 
 
427 aa  203  5e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0955  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.72 
 
 
489 aa  202  9e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0964  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.76 
 
 
515 aa  202  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.142807  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0963  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  33.14 
 
 
490 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0960  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  33.14 
 
 
490 aa  202  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.230878  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4608  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.57 
 
 
492 aa  196  9e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0529  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.88 
 
 
401 aa  196  9e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2385  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.89 
 
 
524 aa  194  3e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0081  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.55 
 
 
527 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.304883  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2097  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.94 
 
 
520 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.397309  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2866  cytochrome c nitrite reductase  31.38 
 
 
478 aa  180  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1024  cytochrome c nitrite reductase, catalytic subunit NrfA  28.7 
 
 
605 aa  174  3.9999999999999995e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.140418  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1359  cytochrome c552  30.11 
 
 
610 aa  169  7e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1546  cytochrome c552  29.89 
 
 
610 aa  168  2e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.421407  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0341  cytochrome c552  29.74 
 
 
610 aa  168  2e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0605023  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1374  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.08 
 
 
536 aa  168  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.661481  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2902  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  29.84 
 
 
556 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0151335  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1244  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.52 
 
 
607 aa  164  4.0000000000000004e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2987  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.61 
 
 
557 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.1283  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3092  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.38 
 
 
557 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0129  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.78 
 
 
557 aa  156  1e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2586  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.28 
 
 
445 aa  148  2.0000000000000003e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00414644  normal  0.0377964 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2398  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.81 
 
 
496 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.890073 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2150  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.38 
 
 
492 aa  147  6e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2070  cytochrome c552  29.86 
 
 
492 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1042  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  26.81 
 
 
482 aa  145  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0722076  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0296  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  27.99 
 
 
485 aa  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000171973  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0294  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  28 
 
 
488 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000431436  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0665  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  25.85 
 
 
484 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00225794  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3154  cytochrome c nitrite reductase, catalytic subunit NrfA, putative  29.26 
 
 
490 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1892  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.44 
 
 
469 aa  138  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000066915  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0211  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.16 
 
 
483 aa  136  8e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000324038  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3705  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  26.73 
 
 
513 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1296  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.57 
 
 
483 aa  133  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000757773 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1200  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  26.27 
 
 
487 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.849928  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2929  cytochrome c552  27.38 
 
 
483 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13420  formate-dependent nitrite reductase, periplasmic cytochrome c552 subunit  26.87 
 
 
476 aa  117  6e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08100  formate-dependent nitrite reductase, periplasmic cytochrome c552 subunit  26.26 
 
 
485 aa  114  3e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.158297  hitchhiker  0.0000000773325 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4004  formate-dependent nitrite reductase periplasmic cytochrome c552 subunit-like protein  25.57 
 
 
536 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00066664  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2999  cytochrome c family protein  24.73 
 
 
534 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0002503  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1061  cytochrome c family protein  23.86 
 
 
541 aa  99  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.409799  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0357  cytochrome c family protein  23.13 
 
 
533 aa  97.8  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.412865  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1277  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  24.07 
 
 
538 aa  97.1  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2946  cytochrome c family protein  24.07 
 
 
538 aa  96.3  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00460  hypothetical protein  23.51 
 
 
442 aa  60.1  0.00000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>