More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3970 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  100 
 
 		 70 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  95.71 
 
 		 70 aa  138  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  80 
 
 		 70 aa  120  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2086  cold-shock DNA-binding domain protein  83.58 
 
 		 71 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000534295  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2079  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.58 
 
 		 71 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.301245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1765  cold shock DNA-binding protein  83.58 
 
 		 71 aa  117  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0225255  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.57 
 
 		 70 aa  116  7.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  78.57 
 
 		 70 aa  116  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00992  DNA-binding transcriptional regulator  72.86 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2653  cold-shock DNA-binding domain protein  72.86 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000496106  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1105  cold shock protein CspG  72.86 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000233553  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2607  cold shock protein CspG  72.86 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.286712  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2326  cold shock protein CspG  72.86 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000227415  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1225  cold shock protein CspG  72.86 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000203795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1099  cold shock protein CspG  72.86 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00999  hypothetical protein  72.86 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2135  cold shock protein CspG  72.86 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  77.14 
 
 		 70 aa  115  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0375  cold shock DNA-binding domain-containing protein  77.14 
 
 		 70 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  78.57 
 
 		 70 aa  114  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0201  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.71 
 
 		 70 aa  113  6.9999999999999995e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.766684  hitchhiker  0.00947065 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2061  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.29 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.97163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0374  cold shock DNA-binding domain-containing protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1221  cold shock DNA-binding domain-containing protein  75.71 
 
 		 70 aa  110  5e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0444  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.29 
 
 		 70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1220  cold shock DNA-binding domain-containing protein  74.29 
 
 		 70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0442  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.29 
 
 		 70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0443  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.86 
 
 		 70 aa  108  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0376  cold shock DNA-binding domain-containing protein  72.86 
 
 		 70 aa  108  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3545  cold shock protein  72.86 
 
 		 70 aa  107  6e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000314537  hitchhiker  0.00788202 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1124  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.86 
 
 		 70 aa  107  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000192661  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1070  cold shock protein  72.86 
 
 		 70 aa  107  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00138821  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 70 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  71.43 
 
 		 70 aa  106  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2092  cold-shock DNA-binding domain protein  70 
 
 		 70 aa  104  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1642  cold shock DNA-binding protein  70 
 
 		 71 aa  104  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000478552  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2085  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 		 70 aa  104  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 		 70 aa  104  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  71.64 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  71.64 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  71.64 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  71.64 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  71.64 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  71.64 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  70.15 
 
 		 69 aa  102  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  65.71 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  70.15 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  70.15 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  70.15 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  70.15 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  70.15 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  70.15 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  70.15 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  70.15 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.71 
 
 		 70 aa  101  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  68.66 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  68.66 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  68.66 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  64.29 
 
 		 70 aa  99.8  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  98.6  2e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 67 aa  98.6  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  67.16 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  64.29 
 
 		 70 aa  98.6  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>