More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3667 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  100 
 
 
205 aa  419  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.51499e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  100 
 
 
205 aa  419  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.09494e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  99.02 
 
 
205 aa  414  1e-115  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.39267e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  99.47 
 
 
190 aa  387  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  98.95 
 
 
190 aa  385  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  98.42 
 
 
190 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  98.42 
 
 
190 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  98.42 
 
 
190 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  98.42 
 
 
190 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.49236e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  85.79 
 
 
190 aa  333  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  85.26 
 
 
190 aa  333  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  85.26 
 
 
190 aa  333  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.92621e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  85.26 
 
 
190 aa  333  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  84.74 
 
 
190 aa  331  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  80.5 
 
 
200 aa  327  1e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  69.15 
 
 
190 aa  272  2e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  72.99 
 
 
189 aa  269  3e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  67.88 
 
 
190 aa  267  8e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.21724e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  67.88 
 
 
190 aa  267  8e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.35377e-07  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  67.88 
 
 
190 aa  267  8e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  72.41 
 
 
189 aa  264  5e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  71.19 
 
 
189 aa  263  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  64.89 
 
 
189 aa  257  8e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  58.7 
 
 
185 aa  229  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  58.99 
 
 
185 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  59.12 
 
 
198 aa  222  3e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  58.1 
 
 
188 aa  220  1e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  52.55 
 
 
201 aa  207  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  58.43 
 
 
185 aa  200  1e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.3 
 
 
185 aa  194  8e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.51 
 
 
185 aa  191  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  52.38 
 
 
187 aa  189  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.54 
 
 
188 aa  189  3e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.54 
 
 
188 aa  187  6e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.54 
 
 
188 aa  187  6e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.7729e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.54 
 
 
188 aa  187  6e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.67 
 
 
188 aa  187  7e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  53.41 
 
 
190 aa  186  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  45.96 
 
 
192 aa  186  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.54 
 
 
188 aa  186  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.14 
 
 
185 aa  185  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  51.98 
 
 
188 aa  182  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  51.98 
 
 
188 aa  182  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  49.15 
 
 
187 aa  182  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  53.53 
 
 
188 aa  181  9e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  4.48294e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  50.28 
 
 
187 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  47.87 
 
 
188 aa  175  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  50.28 
 
 
185 aa  174  8e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  8.09913e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  47.19 
 
 
196 aa  173  1e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  49.43 
 
 
188 aa  173  1e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  51.19 
 
 
183 aa  172  3e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  56.8 
 
 
190 aa  171  5e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  45.81 
 
 
191 aa  166  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  48.35 
 
 
185 aa  165  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.72 
 
 
191 aa  163  2e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  44.44 
 
 
209 aa  163  2e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  51.41 
 
 
185 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  50.89 
 
 
190 aa  160  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  43.89 
 
 
209 aa  160  1e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  51.69 
 
 
185 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  47.7 
 
 
180 aa  159  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.57 
 
 
186 aa  157  1e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50 
 
 
197 aa  156  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.2 
 
 
186 aa  156  2e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  50 
 
 
185 aa  155  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  52.38 
 
 
185 aa  154  6e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  46.02 
 
 
190 aa  152  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  51.18 
 
 
185 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  7.33254e-14 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.59 
 
 
185 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  7.66437e-06 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.86 
 
 
186 aa  148  5e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  49.41 
 
 
185 aa  147  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  50 
 
 
185 aa  147  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  48.82 
 
 
185 aa  145  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  41.18 
 
 
191 aa  145  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  48.82 
 
 
185 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  5.10467e-06 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  45.35 
 
 
188 aa  144  7e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  43.41 
 
 
186 aa  143  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  49.4 
 
 
185 aa  142  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.04623e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  47.43 
 
 
185 aa  140  2e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  42.29 
 
 
185 aa  138  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  41.42 
 
 
186 aa  129  2e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  41.42 
 
 
186 aa  129  2e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  37.98 
 
 
214 aa  129  2e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2134  hypothetical protein  36.06 
 
 
214 aa  124  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.437121 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17950  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.62 
 
 
364 aa  99.4  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0108517  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  43.18 
 
 
211 aa  95.5  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1773  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.52 
 
 
344 aa  92.8  3e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1813  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.1 
 
 
366 aa  93.2  3e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00420003  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  35.53 
 
 
364 aa  91.7  8e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4181  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.1 
 
 
343 aa  91.3  9e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  8.33844e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.24 
 
 
335 aa  91.3  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138931  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2757  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.72 
 
 
225 aa  89.4  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  30.06 
 
 
325 aa  89.7  3e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0067  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.1 
 
 
338 aa  89.7  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0048533  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0134  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.73 
 
 
193 aa  88.2  8e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.17546 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_739  translation factor SUA5  30.25 
 
 
213 aa  87.4  1e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  6.52312e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1596  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.29 
 
 
203 aa  87.4  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1234  translation factor SUA5  33.13 
 
 
198 aa  87  2e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.559123  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0436  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.87 
 
 
191 aa  86.7  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.175853  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.33 
 
 
335 aa  86.7  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>