More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3642 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03117  ribosomal protein L11 methyltransferase  100 
 
 
293 aa  596  1e-169  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.491501  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  100 
 
 
293 aa  596  1e-169  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00106973  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03068  hypothetical protein  100 
 
 
293 aa  596  1e-169  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3743  ribosomal protein L11 methyltransferase  100 
 
 
293 aa  596  1e-169  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000451998  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3642  ribosomal protein L11 methyltransferase  100 
 
 
293 aa  596  1e-169  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000842217  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3554  ribosomal protein L11 methyltransferase  99.66 
 
 
293 aa  594  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000257294  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  100 
 
 
293 aa  596  1e-169  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0137973  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4576  ribosomal protein L11 methyltransferase  100 
 
 
293 aa  596  1e-169  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000190936  normal  0.106325 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3451  ribosomal protein L11 methyltransferase  100 
 
 
293 aa  596  1e-169  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000753069  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3681  ribosomal protein L11 methyltransferase  95.22 
 
 
293 aa  528  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.463059  normal  0.132587 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3575  ribosomal protein L11 methyltransferase  95.56 
 
 
293 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.12838  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3743  ribosomal protein L11 methyltransferase  94.88 
 
 
293 aa  528  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.324261  normal  0.113519 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3646  ribosomal protein L11 methyltransferase  95.22 
 
 
293 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.135295  decreased coverage  0.000138763 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3574  ribosomal protein L11 methyltransferase  95.56 
 
 
293 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00265065  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  86.35 
 
 
295 aa  524  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4421  ribosomal protein L11 methyltransferase  84.98 
 
 
293 aa  522  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00260494  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0388  ribosomal protein L11 methyltransferase  84.98 
 
 
293 aa  517  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000022526  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0454  ribosomal protein L11 methyltransferase  84.98 
 
 
293 aa  517  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1210  ribosomal protein L11 methyltransferase  84.98 
 
 
306 aa  518  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000191055  normal  0.886421 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3687  ribosomal protein L11 methyltransferase  84.64 
 
 
295 aa  520  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.768619  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3697  ribosomal protein L11 methyltransferase  92.83 
 
 
293 aa  515  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0239  ribosomal protein L11 methyltransferase  82.59 
 
 
295 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0243  ribosomal protein L11 methyltransferase  81.57 
 
 
295 aa  508  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  70.99 
 
 
296 aa  451  1.0000000000000001e-126  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  72.7 
 
 
295 aa  445  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  70.07 
 
 
295 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  69.39 
 
 
295 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  68.03 
 
 
294 aa  431  1e-120  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3214  methyltransferase of 50S ribosomal subunit protein L11  68.6 
 
 
311 aa  425  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3886  ribosomal protein L11 methyltransferase  65.53 
 
 
293 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.393855  hitchhiker  0.00000257617 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3938  ribosomal protein L11 methyltransferase  65.87 
 
 
293 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000797733  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3442  ribosomal protein L11 methyltransferase  65.53 
 
 
293 aa  408  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116345  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0401  ribosomal protein L11 methyltransferase  65.53 
 
 
293 aa  407  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0130632  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3624  ribosomal protein L11 methyltransferase  65.53 
 
 
293 aa  407  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000162524  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3963  ribosomal protein L11 methyltransferase  65.87 
 
 
293 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00574631  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0400  ribosomal protein L11 methyltransferase  65.53 
 
 
293 aa  407  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0151894  normal  0.0533338 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0395  ribosomal protein L11 methyltransferase  65.53 
 
 
293 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4079  ribosomal protein L11 methyltransferase  65.19 
 
 
293 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0139274  normal  0.0416888 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  65.19 
 
 
293 aa  395  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0446  ribosomal protein L11 methyltransferase  64.85 
 
 
293 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4117  ribosomal protein L11 methyltransferase  63.82 
 
 
293 aa  392  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0350894  hitchhiker  0.000425949 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0455  ribosomal protein L11 methyltransferase  63.48 
 
 
293 aa  389  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000781607  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0540  ribosomal protein L11 methyltransferase  64.63 
 
 
293 aa  384  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0331  ribosomal protein L11 methyltransferase  66.21 
 
 
293 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0092  ribosomal protein L11 methyltransferase  61.09 
 
 
292 aa  384  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3224  ribosomal protein L11 methyltransferase  65.19 
 
 
295 aa  378  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.105508  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0391  ribosomal protein L11 methyltransferase  62.8 
 
 
293 aa  371  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000998179  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03936  ribosomal protein L11 methyltransferase  60.75 
 
 
292 aa  363  2e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.165718  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2983  ribosomal protein L11 methyltransferase  57.77 
 
 
296 aa  350  2e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.599101  normal  0.251528 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4693  ribosomal protein L11 methyltransferase  59.66 
 
 
292 aa  322  3e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4818  ribosomal protein L11 methyltransferase  59.66 
 
 
292 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.983059  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4608  ribosomal protein L11 methyltransferase  59.66 
 
 
292 aa  322  5e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.393114  normal  0.0610739 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4871  ribosomal protein L11 methyltransferase  59.66 
 
 
292 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5570  ribosomal protein L11 methyltransferase  59.18 
 
 
294 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.626004  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0712  ribosomal protein L11 methyltransferase  59.12 
 
 
292 aa  318  5e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64140  ribosomal protein L11 methyltransferase  57.97 
 
 
294 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.258424  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4862  ribosomal protein L11 methyltransferase  57.63 
 
 
292 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.656873  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4402  ribosomal protein L11 methyltransferase  57.63 
 
 
292 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  56.33 
 
 
299 aa  308  6.999999999999999e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0617  ribosomal protein L11 methyltransferase  56.95 
 
 
292 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00809563  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06940  ribosomal protein L11 methyltransferase  56.8 
 
 
292 aa  304  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.174775  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3446  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.86 
 
 
298 aa  293  3e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0367  ribosomal protein L11 methyltransferase  51.55 
 
 
290 aa  285  5.999999999999999e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1050  ribosomal protein L11 methyltransferase  48.29 
 
 
292 aa  283  2.0000000000000002e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00582001  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0810  ribosomal protein L11 methyltransferase  48.14 
 
 
292 aa  278  9e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  51.02 
 
 
294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1470  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.21 
 
 
308 aa  258  7e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.456616  unclonable  0.00000118267 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1648  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.89 
 
 
308 aa  257  2e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.411566  hitchhiker  0.000715669 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1047  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.99 
 
 
293 aa  247  2e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1622  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.79 
 
 
307 aa  246  4e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174777  unclonable  0.000000000413669 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1372  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.58 
 
 
303 aa  245  4.9999999999999997e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.71577  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2751  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.75 
 
 
304 aa  245  8e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.03 
 
 
296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.5 
 
 
304 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3447  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.33 
 
 
300 aa  226  4e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.801921  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0527  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.38 
 
 
289 aa  224  1e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0503  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.38 
 
 
289 aa  224  1e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0608  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  43.62 
 
 
294 aa  223  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217984  hitchhiker  0.0000000198415 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.14 
 
 
298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.14 
 
 
298 aa  222  6e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.29 
 
 
296 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.8 
 
 
297 aa  219  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.2 
 
 
300 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0023  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  42.81 
 
 
295 aa  218  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.53 
 
 
300 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03000  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.05 
 
 
301 aa  218  1e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.67 
 
 
302 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3686  ribosomal protein L11 methyltransferase  41 
 
 
300 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2781  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.2 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.81 
 
 
298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  42 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3467  ribosomal protein L11 methyltransferase  42 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0120  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.86 
 
 
300 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0603  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.86 
 
 
300 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2503  ribosomal protein L11 methyltransferase  42 
 
 
300 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  42 
 
 
300 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  42 
 
 
300 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  42 
 
 
300 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3428  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.86 
 
 
300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.244966  normal  0.0610073 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1161  ribosomal protein L11 methyltransferase  42 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.879401  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>