More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3609 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03029  ATP-dependent RNA helicase  100 
 
 		 629 aa  1259    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0543  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 		 629 aa  1259    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  100 
 
 		 629 aa  1259    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419869 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  88.58 
 
 		 625 aa  978    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  97.62 
 
 		 629 aa  1123    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4481  ATP-dependent RNA helicase DeaD  99.84 
 
 		 629 aa  1257    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  85.87 
 
 		 621 aa  1011    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  82.2 
 
 		 664 aa  989    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  83.46 
 
 		 653 aa  1014    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  97.62 
 
 		 629 aa  1123    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3609  ATP-dependent RNA helicase DeaD  100 
 
 		 651 aa  1311    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  82.05 
 
 		 664 aa  987    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3599  ATP-dependent RNA helicase DeaD  81.5 
 
 		 655 aa  1007    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00604869 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02980  hypothetical protein  100 
 
 		 629 aa  1259    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  83.65 
 
 		 632 aa  994    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0626  inducible ATP-independent RNA helicase  68.81 
 
 		 591 aa  835    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3458  ATP-dependent RNA helicase DeaD  100 
 
 		 629 aa  1259    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.438364 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3635  ATP-dependent RNA helicase DeaD  97.46 
 
 		 629 aa  1121    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  97.77 
 
 		 629 aa  1117    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3354  ATP-dependent RNA helicase DeaD  100 
 
 		 651 aa  1311    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3644  ATP-dependent RNA helicase DeaD  100 
 
 		 651 aa  1311    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  62.52 
 
 		 601 aa  719    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  83.61 
 
 		 624 aa  979    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  82.2 
 
 		 664 aa  989    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3573  ATP-dependent RNA helicase DeaD  97.62 
 
 		 629 aa  1123    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3203  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  54.37 
 
 		 581 aa  610  1e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185856  normal  0.0248784 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.32 
 
 		 599 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1118  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  54.24 
 
 		 606 aa  580  1e-164  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.892999  normal  0.51461 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  51.43 
 
 		 589 aa  577  1.0000000000000001e-163  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  50.74 
 
 		 637 aa  568  1e-161  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1927  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.25 
 
 		 594 aa  568  1e-161  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.118281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.76 
 
 		 610 aa  568  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00643169 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  52.87 
 
 		 595 aa  556  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000047314  decreased coverage  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.91 
 
 		 640 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.87 
 
 		 605 aa  554  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0593463 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.91 
 
 		 640 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.91 
 
 		 640 aa  554  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.91 
 
 		 640 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3714  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.03 
 
 		 634 aa  553  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00250632  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3317  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.02 
 
 		 611 aa  551  1e-155  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.289713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.75 
 
 		 640 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1225  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.86 
 
 		 646 aa  547  1e-154  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.115574 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0741  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.05 
 
 		 617 aa  542  1e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000324399  unclonable  0.0000000000803743 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0589  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  51.05 
 
 		 617 aa  542  1e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.159875  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2009  DEAD/DEAH box helicase-like  49.91 
 
 		 574 aa  545  1e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.59 
 
 		 622 aa  543  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.59 
 
 		 622 aa  543  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.11 
 
 		 619 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04825  ATP-dependent RNA helicase  51.4 
 
 		 614 aa  536  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.61 
 
 		 632 aa  538  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.856742  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  47.57 
 
 		 623 aa  532  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0924  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.53 
 
 		 599 aa  532  1e-150  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0418  DEAD/DEAH box helicase-like  49.31 
 
 		 579 aa  531  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0220  ATP-dependent RNA helicase  51.15 
 
 		 609 aa  530  1e-149  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.986223  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0191  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.25 
 
 		 609 aa  530  1e-149  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0097  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.06 
 
 		 602 aa  527  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3048  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.09 
 
 		 747 aa  524  1e-147  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0328  cold-shock inducible ATP-independent RNA helicase  52.14 
 
 		 583 aa  521  1e-146  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011259  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1680  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.51 
 
 		 677 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.139881  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  49.73 
 
 		 590 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.795312  normal  0.95213 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1774  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.64 
 
 		 589 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1116  DEAD/DEAH box helicase-like  46.55 
 
 		 640 aa  514  1e-144  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1854  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.17 
 
 		 610 aa  512  1e-144  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.09 
 
 		 559 aa  510  1e-143  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4041  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.55 
 
 		 557 aa  505  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3981  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.55 
 
 		 557 aa  505  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124844  normal  0.0163927 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3967  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.55 
 
 		 557 aa  505  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2752  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.08 
 
 		 694 aa  507  9.999999999999999e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0117058 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.17 
 
 		 602 aa  503  1e-141  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0722  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.84 
 
 		 607 aa  499  1e-140  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.017054  normal  0.720031 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.18 
 
 		 589 aa  499  1e-140  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1259  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.8 
 
 		 608 aa  498  1e-139  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1726  RNA helicase DeaD  46.79 
 
 		 611 aa  494  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.226291  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1989  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.18 
 
 		 597 aa  495  9.999999999999999e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.805069  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2294  hypothetical protein  43.66 
 
 		 589 aa  486  1e-136  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4470  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.74 
 
 		 564 aa  488  1e-136  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.230893 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0439  cold-shock DEAD box protein A (ATP-independent RNA helicase)  46.58 
 
 		 641 aa  486  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.251569  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2267  hypothetical protein  43.49 
 
 		 589 aa  483  1e-135  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.54 
 
 		 591 aa  484  1e-135  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11279  cold-shock deaD-box protein A deaD (ATP-dependent RNA helicase)  45.5 
 
 		 563 aa  477  1e-133  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09651  putative ATP-dependent RNA helicase  47.23 
 
 		 636 aa  477  1e-133  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1648  DEAD/DEAH box helicase-like  48.41 
 
 		 607 aa  470  1.0000000000000001e-131  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0566  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.34 
 
 		 623 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1574  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.92 
 
 		 499 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1893  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.11 
 
 		 581 aa  466  9.999999999999999e-131  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0980839  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001525  cold-shock DEAD-box protein A  46.22 
 
 		 644 aa  468  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000079582  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17560  DNA/RNA helicase, superfamily II  47.1 
 
 		 731 aa  468  9.999999999999999e-131  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0588083  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0430  ATP-dependent RNA helicase DeaD  45.93 
 
 		 663 aa  464  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0524797  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0647  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  44.52 
 
 		 589 aa  462  1e-129  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.176165  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10851  putative ATP-dependent RNA helicase  44.14 
 
 		 604 aa  462  1e-129  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.638116  normal  0.290308 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14791  putative ATP-dependent RNA helicase  44.07 
 
 		 589 aa  462  9.999999999999999e-129  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.459404  normal  0.230286 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1046  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.21 
 
 		 627 aa  458  1e-127  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.835563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1139  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.74 
 
 		 568 aa  457  1e-127  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1868  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.95 
 
 		 559 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0935982  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1775  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  47.24 
 
 		 562 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1307  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.68 
 
 		 657 aa  452  1.0000000000000001e-126  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.398232  normal  0.396333 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2611  DEAD/DEAH box helicase-like  51.61 
 
 		 500 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000048378  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14060  DNA/RNA helicase, superfamily II  45.77 
 
 		 669 aa  454  1.0000000000000001e-126  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1477  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.03 
 
 		 559 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3847  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.95 
 
 		 559 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.460611  normal  0.310213 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>