138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3451 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_4090  hypothetical protein  72.49 
 
 
816 aa  1043  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0942  radical SAM domain-containing protein  61.98 
 
 
679 aa  870  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02777  hypothetical protein  67.05 
 
 
787 aa  983  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3194  hypothetical protein  99.86 
 
 
739 aa  1538  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3484  hypothetical protein  99.86 
 
 
739 aa  1538  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4218  hypothetical protein  72.82 
 
 
774 aa  1071  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4234  hypothetical protein  83.73 
 
 
721 aa  1268  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.577109 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0279  hypothetical protein  67.33 
 
 
777 aa  1061  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4177  hypothetical protein  67.88 
 
 
807 aa  1047  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4005  radical SAM domain-containing protein  59.11 
 
 
831 aa  934  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143433  normal  0.395979 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4610  radical SAM domain-containing protein  63.5 
 
 
688 aa  845  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0159872 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4928  hypothetical protein  63.54 
 
 
736 aa  948  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  8.95754e-07 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0585  hypothetical protein  82.67 
 
 
787 aa  1283  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1188  Radical SAM domain protein  69.58 
 
 
740 aa  891  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.903904  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0233  hypothetical protein  68.5 
 
 
780 aa  1072  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3424  hypothetical protein  92.9 
 
 
724 aa  1412  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3682  hypothetical protein  69.45 
 
 
790 aa  1070  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0652  hypothetical protein  67.33 
 
 
763 aa  999  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  decreased coverage  2.31874e-06 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1314  hypothetical protein  65.75 
 
 
789 aa  987  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7218  hypothetical protein  62.48 
 
 
674 aa  882  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.466758  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4750  hypothetical protein  63.4 
 
 
766 aa  996  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000182579 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2008  hypothetical protein  58.34 
 
 
817 aa  929  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0530056  normal  0.455739 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1364  radical SAM domain-containing protein  60.27 
 
 
755 aa  931  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000206829 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5654  hypothetical protein  66.13 
 
 
747 aa  1016  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4059  hypothetical protein  67.88 
 
 
819 aa  1048  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0681  hypothetical protein  99.86 
 
 
739 aa  1538  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3300  hypothetical protein  99.59 
 
 
739 aa  1533  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0672097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4663  hypothetical protein  63.11 
 
 
737 aa  946  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4327  hypothetical protein  99.73 
 
 
739 aa  1534  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1984  Radical SAM domain protein  62.05 
 
 
726 aa  823  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3981  hypothetical protein  68.2 
 
 
812 aa  1046  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5075  Radical SAM domain protein  63.34 
 
 
688 aa  844  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.369209 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1631  Radical SAM domain protein  61.15 
 
 
829 aa  926  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.982619  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07700  hypothetical protein  67.6 
 
 
757 aa  1008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.568115  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2225  Radical SAM domain protein  62.88 
 
 
795 aa  939  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.291322  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02838  hypothetical protein  99.59 
 
 
739 aa  1533  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1663  Radical SAM domain protein  74.93 
 
 
745 aa  1154  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6414  Radical SAM domain protein  64.14 
 
 
766 aa  921  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003066  hypothetical protein  67.72 
 
 
781 aa  979  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0856  hypothetical protein  66.04 
 
 
790 aa  977  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.109884  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3519  hypothetical protein  94.88 
 
 
723 aa  1442  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.115115  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0382  hypothetical protein  68.27 
 
 
763 aa  1077  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6215  radical SAM domain-containing protein  63.05 
 
 
679 aa  855  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.310596 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2133  radical SAM domain-containing protein  62.71 
 
 
810 aa  931  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00433523 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3451  hypothetical protein  100 
 
 
739 aa  1543  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4193  Radical SAM domain protein  63.65 
 
 
678 aa  855  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0746  Radical SAM domain protein  64.04 
 
 
677 aa  881  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3424  hypothetical protein  94.88 
 
 
723 aa  1442  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.518229  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3418  hypothetical protein  94.74 
 
 
723 aa  1441  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3352  hypothetical protein  94.88 
 
 
723 aa  1442  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01783  hypothetical protein  71.08 
 
 
791 aa  1097  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3349  hypothetical protein  94.88 
 
 
723 aa  1442  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1515  Radical SAM domain protein  62.32 
 
 
758 aa  955  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0572332  hitchhiker  0.00245581 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0689  radical SAM family protein  62.26 
 
 
671 aa  863  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0540  hypothetical protein  63.84 
 
 
767 aa  977  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.212733  normal  0.530642 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1996  radical SAM family protein  66.37 
 
 
740 aa  943  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.578599  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0324  hypothetical protein  56.12 
 
 
815 aa  905  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.366005 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3670  hypothetical protein  68.6 
 
 
781 aa  1053  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0587  hypothetical protein  63.89 
 
 
769 aa  974  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.282021  normal  0.175321 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0396  hypothetical protein  66.4 
 
 
773 aa  1041  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65080  hypothetical protein  68.07 
 
 
747 aa  1016  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00809643  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4928  radical SAM domain protein  67.34 
 
 
771 aa  967  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3431  radical SAM-like  69.28 
 
 
784 aa  1082  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0355  hypothetical protein  56.76 
 
 
812 aa  914  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.170887 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2003  radical SAM family protein  58.65 
 
 
707 aa  889  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0275  hypothetical protein  68.69 
 
 
781 aa  1053  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2898  radical SAM family protein  64.1 
 
 
724 aa  933  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.041487 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0939  radical SAM family protein  61.9 
 
 
745 aa  932  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.342945 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1083  radical SAM family protein  61.9 
 
 
745 aa  932  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2995  radical SAM family protein  58.55 
 
 
831 aa  917  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0221356  normal  0.207788 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2734  radical SAM family protein  62.41 
 
 
798 aa  924  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.389809  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3439  hypothetical protein  70.07 
 
 
785 aa  1060  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02888  hypothetical protein  99.59 
 
 
739 aa  1533  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3816  radical SAM domain-containing protein  59.6 
 
 
796 aa  901  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1103  radical SAM domain-containing protein  60.03 
 
 
673 aa  817  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.204136  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2243  radical SAM domain-containing protein  61.15 
 
 
847 aa  926  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.395224  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1897  radical SAM domain-containing protein  60.37 
 
 
794 aa  920  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.752048 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0684  Radical SAM domain protein  99.86 
 
 
739 aa  1538  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4872  hypothetical protein  63.26 
 
 
766 aa  993  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.783093  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2437  radical SAM domain-containing protein  60.62 
 
 
792 aa  937  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.491099  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0666  hypothetical protein  82.67 
 
 
775 aa  1281  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0293  hypothetical protein  63.66 
 
 
710 aa  941  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3203  radical SAM domain-containing protein  69.58 
 
 
752 aa  1026  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.939016  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2271  radical SAM domain-containing protein  67.38 
 
 
770 aa  1066  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3349  hypothetical protein  73.86 
 
 
806 aa  1075  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0311  hypothetical protein  69.7 
 
 
786 aa  1058  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3874  hypothetical protein  68.73 
 
 
781 aa  1055  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0959799 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2153  Elongator protein 3/MiaB/NifB  60.76 
 
 
763 aa  913  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.157967 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3346  Radical SAM domain protein  46.09 
 
 
598 aa  600  1e-170  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0576598 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0915  Radical SAM domain protein  46.56 
 
 
599 aa  599  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0066  radical SAM family protein  44.96 
 
 
648 aa  586  1e-166  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0068  radical SAM domain-containing protein  46.36 
 
 
658 aa  586  1e-166  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.514908  normal  0.0285773 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2873  radical SAM domain-containing protein  47.88 
 
 
605 aa  581  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.344485  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1052  radical SAM domain-containing protein  45.18 
 
 
605 aa  580  1e-164  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.173598  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0609  radical SAM family protein  46.01 
 
 
603 aa  577  1e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00147953  hitchhiker  0.00191958 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1094  hypothetical protein  44.66 
 
 
639 aa  577  1e-163  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0145194  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0072  Radical SAM domain protein  44.87 
 
 
648 aa  578  1e-163  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.290916  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0084  Radical SAM domain protein  44.87 
 
 
648 aa  567  1e-160  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.028481  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3187  Radical SAM domain protein  45.07 
 
 
607 aa  564  1e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00436822  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1858  radical SAM domain-containing protein  45.05 
 
 
600 aa  560  1e-158  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>