More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3180 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3633  alanyl-tRNA synthetase  50.8 
 
 
875 aa  830  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.511669  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2824  alanyl-tRNA synthetase  61.77 
 
 
874 aa  1104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0756598 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3180  alanyl-tRNA synthetase  100 
 
 
876 aa  1805  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.08446e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1613  alanyl-tRNA synthetase  62.8 
 
 
874 aa  1112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894889  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2405  alanyl-tRNA synthetase  51.06 
 
 
901 aa  862  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.665825  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0087  alanyl-tRNA synthetase  56.51 
 
 
884 aa  952  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000138455  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1324  alanyl-tRNA synthetase  62.63 
 
 
874 aa  1110  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1437  alanyl-tRNA synthetase  58.57 
 
 
874 aa  1007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.738644 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2001  alanyl-tRNA synthetase  59.93 
 
 
875 aa  984  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.79189e-06 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0101  alanyl-tRNA synthetase  56.58 
 
 
884 aa  952  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5834  alanyl-tRNA synthetase  52.29 
 
 
886 aa  855  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.227807 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1387  alanyl-tRNA synthetase  62.57 
 
 
874 aa  1111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.371658 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3339  alanyl-tRNA synthetase  67.31 
 
 
874 aa  1236  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0101035  hitchhiker  6.88194e-07 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5607  alanyl-tRNA synthetase  51.63 
 
 
892 aa  844  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.346592  normal  0.706144 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3763  alanyl-tRNA synthetase  65.42 
 
 
897 aa  1161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.469111  normal  0.276016 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2820  alanyl-tRNA synthetase  99.66 
 
 
876 aa  1800  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  7.29274e-05  hitchhiker  2.729e-05 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1433  alanyl-tRNA synthetase  43.96 
 
 
863 aa  701  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0744  alanyl-tRNA synthetase  60.11 
 
 
888 aa  1055  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.453512  normal  0.711122 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00147  alanyl-tRNA synthetase  59.06 
 
 
882 aa  1035  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.328967  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1780  alanyl-tRNA synthetase  42.7 
 
 
878 aa  710  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3839  alanyl-tRNA synthetase  48.18 
 
 
905 aa  814  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.538554  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02846  alanyl-tRNA synthetase  63.09 
 
 
865 aa  1130  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.12148  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1536  alanyl-tRNA synthetase  42.92 
 
 
856 aa  727  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  2.7092e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2978  alanyl-tRNA synthetase  95.32 
 
 
876 aa  1720  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.471212  decreased coverage  0.000181445 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3013  alanyl-tRNA synthetase  95.32 
 
 
876 aa  1722  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.627309  decreased coverage  1.32365e-06 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3029  alanyl-tRNA synthetase  95.32 
 
 
876 aa  1722  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0315037  decreased coverage  3.67228e-05 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1478  alanyl-tRNA synthetase  60.55 
 
 
882 aa  1021  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.734898  normal  0.362746 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2668  alanyl-tRNA synthetase  45.02 
 
 
888 aa  705  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0302  alanyl-tRNA synthetase  44.43 
 
 
885 aa  701  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.125416 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4372  alanyl-tRNA synthetase  52.28 
 
 
889 aa  868  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0330  alanyl-tRNA synthetase  45.64 
 
 
886 aa  735  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.43097  normal  0.0181617 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0578  alanyl-tRNA synthetase  42.94 
 
 
879 aa  657  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3154  alanyl-tRNA synthetase  51.2 
 
 
876 aa  869  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0206  alanyl-tRNA synthetase  44.42 
 
 
888 aa  695  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0146  alanyl-tRNA synthetase  46.49 
 
 
876 aa  771  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0010822  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2626  alanyl-tRNA synthetase  52.34 
 
 
891 aa  855  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.643973  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1015  alanyl-tRNA synthetase  99.43 
 
 
876 aa  1796  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00108503  hitchhiker  0.000252417 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3373  alanyl-tRNA synthetase  82.51 
 
 
875 aa  1484  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0247326  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0912  alanyl-tRNA synthetase  42.87 
 
 
880 aa  686  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00106674  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2980  alanyl-tRNA synthetase  99.89 
 
 
876 aa  1803  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.68314e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2833  alanyl-tRNA synthetase  99.77 
 
 
876 aa  1801  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.53011e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03511  alanyl-tRNA synthetase  67.42 
 
 
865 aa  1233  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3711  alanyl-tRNA synthetase  45.69 
 
 
905 aa  743  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.296443  hitchhiker  6.4855e-05 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0990  alanyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 
865 aa  996  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4081  alanyl-tRNA synthetase  52.12 
 
 
884 aa  792  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2579  alanyl-tRNA synthetase  54.11 
 
 
913 aa  906  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.159446  normal  0.328441 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1499  alanyl-tRNA synthetase  45.14 
 
 
867 aa  712  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0686  alanyl-tRNA synthetase  47.95 
 
 
852 aa  752  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00144447  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0986  alanyl-tRNA synthetase  46.72 
 
 
845 aa  717  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3238  alanyl-tRNA synthetase  82.4 
 
 
875 aa  1483  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.22674e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1429  alanyl-tRNA synthetase  47.13 
 
 
842 aa  723  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3904  alanyl-tRNA synthetase  48.75 
 
 
904 aa  823  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.639044  normal  0.0112827 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3101  alanyl-tRNA synthetase  45.17 
 
 
880 aa  726  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.438368  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1987  alanyl-tRNA synthetase  53.49 
 
 
885 aa  894  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.363624  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3124  alanyl-tRNA synthetase  69.26 
 
 
874 aa  1249  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.600607  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0051  alanyl-tRNA synthetase  49.31 
 
 
852 aa  733  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1318  alanyl-tRNA synthetase  67.2 
 
 
874 aa  1243  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0106685  hitchhiker  0.00151314 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0843  alanyl-tRNA synthetase  83.43 
 
 
892 aa  1531  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.00247e-06  unclonable  3.09197e-08 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1394  alanyl-tRNA synthetase  51.13 
 
 
883 aa  848  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3979  alanyl-tRNA synthetase  65.65 
 
 
897 aa  1164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.567891  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1489  alanyl-tRNA synthetase  43.67 
 
 
877 aa  716  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  1.63922e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4235  alanyl-tRNA synthetase  44.32 
 
 
880 aa  711  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.688921  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2598  alanyl-tRNA synthetase  52.57 
 
 
891 aa  856  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695693  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0898  alanyl-tRNA synthetase  82.4 
 
 
875 aa  1483  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.0723e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0883  alanyl-tRNA synthetase  55.56 
 
 
865 aa  994  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  8.18492e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1906  alanyl-tRNA synthetase  62.97 
 
 
874 aa  1113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.206627 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0620  alanyl-tRNA synthetase  41.86 
 
 
876 aa  695  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4054  alanyl-tRNA synthetase  59.68 
 
 
874 aa  1056  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100715  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2617  alanyl-tRNA synthetase  45.19 
 
 
879 aa  721  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00109675  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3267  alanyl-tRNA synthetase  69.26 
 
 
874 aa  1248  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.235906  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3635  alanyl-tRNA synthetase  44.77 
 
 
889 aa  704  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.988674  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1642  alanyl-tRNA synthetase  55.64 
 
 
887 aa  922  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.338529  hitchhiker  2.32232e-10 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1268  alanyl-tRNA synthetase  48.34 
 
 
876 aa  769  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1196  alanyl-tRNA synthetase  67.92 
 
 
875 aa  1223  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00838926  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4612  alanyl-tRNA synthetase  65.94 
 
 
874 aa  1181  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3088  alanyl-tRNA synthetase  43.24 
 
 
880 aa  690  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.150623  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2026  alanyl-tRNA synthetase  48.13 
 
 
879 aa  754  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0668165  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2555  alanyl-tRNA synthetase  45.26 
 
 
878 aa  681  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0457  alanyl-tRNA synthetase  46.18 
 
 
881 aa  736  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3181  alanyl-tRNA synthetase  48.65 
 
 
879 aa  823  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0936  alanyl-tRNA synthetase  41.62 
 
 
870 aa  674  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05100  alanyl-tRNA synthetase  42.99 
 
 
878 aa  660  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.637109  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07800  alanyl-tRNA synthetase  42.73 
 
 
889 aa  670  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0367295 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0127  alanyl-tRNA synthetase  44.64 
 
 
877 aa  688  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0445567  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1452  alanyl-tRNA synthetase  44.92 
 
 
879 aa  717  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0446  alanyl-tRNA synthetase  43.47 
 
 
871 aa  647  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0951  alanyl-tRNA synthetase  43.82 
 
 
854 aa  656  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.197115  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2535  alanyl-tRNA synthetase  41.59 
 
 
900 aa  649  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5667  alanyl-tRNA synthetase  42.56 
 
 
886 aa  672  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3738  alanyl-tRNA synthetase  50.91 
 
 
875 aa  831  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3211  alanyl-tRNA synthetase  80.34 
 
 
875 aa  1449  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.277669  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0983  alanyl-tRNA synthetase  80.8 
 
 
875 aa  1473  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0820082  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2268  alanyl-tRNA synthetase  45.71 
 
 
878 aa  757  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  1.49569e-05 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0311  alanyl-tRNA synthetase  49.61 
 
 
880 aa  829  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1440  alanyl-tRNA synthetase  44.09 
 
 
874 aa  679  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000329754  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04755  alanyl-tRNA synthetase  42.92 
 
 
870 aa  642  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.604916  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0223  alanyl-tRNA synthetase  43.2 
 
 
894 aa  654  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0181746 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2551  alanyl-tRNA synthetase  42.19 
 
 
870 aa  646  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.549069  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1614  alanyl-tRNA synthetase  59.93 
 
 
869 aa  1029  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_50  alanyl-tRNA synthetase  44.23 
 
 
876 aa  703  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000334801  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>