More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2555 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  99.78 
 
 
454 aa  915    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  99.78 
 
 
454 aa  915    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  79.55 
 
 
451 aa  690    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  77.23 
 
 
476 aa  678    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  88.99 
 
 
453 aa  782    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  78.03 
 
 
477 aa  679    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  97.74 
 
 
455 aa  830    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  89.24 
 
 
453 aa  776    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  86.03 
 
 
456 aa  693    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  89.46 
 
 
453 aa  776    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  89.46 
 
 
453 aa  776    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  99.56 
 
 
454 aa  913    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  89.46 
 
 
453 aa  776    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  99.56 
 
 
454 aa  912    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  76.97 
 
 
455 aa  700    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  87.26 
 
 
462 aa  772    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  79.55 
 
 
451 aa  690    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  99.78 
 
 
454 aa  915    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  100 
 
 
454 aa  917    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  99.78 
 
 
454 aa  915    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  79.52 
 
 
452 aa  698    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  99.56 
 
 
454 aa  912    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  69.55 
 
 
540 aa  568  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.88 
 
 
479 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.75 
 
 
480 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  64.38 
 
 
540 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  71.83 
 
 
522 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  70.28 
 
 
485 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  70.28 
 
 
485 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  70.28 
 
 
485 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  64.64 
 
 
515 aa  558  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  71.39 
 
 
486 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  70.28 
 
 
485 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  71.39 
 
 
484 aa  558  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  71.39 
 
 
480 aa  559  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  70.28 
 
 
485 aa  560  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  71.39 
 
 
486 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  71.39 
 
 
486 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  68.56 
 
 
506 aa  557  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  69.75 
 
 
488 aa  555  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  65.42 
 
 
543 aa  556  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  68.43 
 
 
565 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  70.18 
 
 
482 aa  554  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  68.18 
 
 
560 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.03 
 
 
479 aa  546  1e-154  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  70.65 
 
 
473 aa  547  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.1 
 
 
443 aa  537  1e-151  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.84 
 
 
471 aa  531  1e-149  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  65.11 
 
 
420 aa  529  1e-149  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  65.11 
 
 
411 aa  528  1e-149  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  62.38 
 
 
398 aa  530  1e-149  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.17 
 
 
492 aa  527  1e-148  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.73 
 
 
426 aa  525  1e-148  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  63.87 
 
 
452 aa  521  1e-147  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  63.11 
 
 
435 aa  519  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  63.96 
 
 
453 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.73 
 
 
513 aa  514  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  60.82 
 
 
535 aa  510  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.25 
 
 
494 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  62.26 
 
 
426 aa  508  1e-143  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2891  helicase domain-containing protein  77.37 
 
 
334 aa  509  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.76 
 
 
491 aa  509  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  66.14 
 
 
445 aa  509  1e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.67 
 
 
578 aa  510  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  65.09 
 
 
516 aa  509  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.14 
 
 
549 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.11 
 
 
463 aa  504  9.999999999999999e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  65.8 
 
 
495 aa  505  9.999999999999999e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.99 
 
 
511 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  59.6 
 
 
533 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.66 
 
 
571 aa  507  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.14 
 
 
549 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.47 
 
 
599 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.67 
 
 
550 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1851  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.42 
 
 
417 aa  504  1e-141  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  65.97 
 
 
429 aa  503  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  61.9 
 
 
579 aa  503  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1613  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.44 
 
 
427 aa  503  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.779051  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  65.34 
 
 
477 aa  499  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.16 
 
 
578 aa  500  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.16 
 
 
577 aa  500  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  60.69 
 
 
466 aa  497  1e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.62 
 
 
525 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.62 
 
 
526 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.95 
 
 
601 aa  498  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  60.32 
 
 
515 aa  496  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  60.32 
 
 
515 aa  496  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.62 
 
 
525 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.45 
 
 
581 aa  498  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.62 
 
 
515 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.65 
 
 
598 aa  490  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.74 
 
 
626 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1362  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.12 
 
 
469 aa  491  1e-137  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  57.21 
 
 
496 aa  490  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  56.11 
 
 
626 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  58.03 
 
 
425 aa  487  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  59 
 
 
574 aa  485  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.97 
 
 
418 aa  486  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  55.96 
 
 
635 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.47 
 
 
477 aa  486  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>