278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2377 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.11 
 
 		 840 aa  657    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  53.73 
 
 		 888 aa  899    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  45.19 
 
 		 869 aa  754    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  47.93 
 
 		 870 aa  786    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  98.27 
 
 		 866 aa  1760    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  97.46 
 
 		 866 aa  1726    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  44.64 
 
 		 842 aa  720    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  48.89 
 
 		 878 aa  821    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  98.5 
 
 		 866 aa  1766    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  44.76 
 
 		 842 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.06 
 
 		 867 aa  749    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  48.89 
 
 		 878 aa  822    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  98.27 
 
 		 866 aa  1760    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  45.07 
 
 		 869 aa  753    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  47.82 
 
 		 870 aa  785    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  45.19 
 
 		 869 aa  754    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  43.17 
 
 		 851 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  45.31 
 
 		 869 aa  756    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  53.85 
 
 		 888 aa  900    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  49.36 
 
 		 863 aa  827    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  53.61 
 
 		 873 aa  898    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  48.89 
 
 		 876 aa  822    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  98.15 
 
 		 866 aa  1756    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  47.7 
 
 		 870 aa  782    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  44.52 
 
 		 842 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  99.65 
 
 		 866 aa  1780    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  47.54 
 
 		 870 aa  783    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  47.82 
 
 		 870 aa  783    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  100 
 
 		 866 aa  1785    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  44.84 
 
 		 869 aa  748    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.47 
 
 		 837 aa  661    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.19 
 
 		 869 aa  753    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  48.89 
 
 		 878 aa  821    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  44.07 
 
 		 871 aa  716    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  48.77 
 
 		 856 aa  813    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2118  fimbrial usher family protein  45.92 
 
 		 740 aa  652    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.167309 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  47.7 
 
 		 833 aa  783    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  55.09 
 
 		 877 aa  921    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  53.37 
 
 		 888 aa  894    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  48.89 
 
 		 878 aa  821    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  53.61 
 
 		 888 aa  898    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  39.72 
 
 		 839 aa  616  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  39.17 
 
 		 840 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  38.2 
 
 		 844 aa  594  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  39.28 
 
 		 848 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  39.17 
 
 		 848 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  39.17 
 
 		 848 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.11 
 
 		 851 aa  580  1e-164  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  39.06 
 
 		 848 aa  581  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  39.77 
 
 		 848 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  37.72 
 
 		 809 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  37.72 
 
 		 809 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  37.6 
 
 		 809 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  37.72 
 
 		 809 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  37.72 
 
 		 809 aa  559  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  38.74 
 
 		 838 aa  557  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  38.74 
 
 		 863 aa  555  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  38.74 
 
 		 838 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.74 
 
 		 838 aa  554  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  38.74 
 
 		 838 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.62 
 
 		 838 aa  554  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  38.62 
 
 		 838 aa  552  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.16 
 
 		 859 aa  538  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.67 
 
 		 871 aa  516  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.84 
 
 		 901 aa  486  1e-136  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  34.84 
 
 		 836 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.15 
 
 		 880 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  36.84 
 
 		 901 aa  484  1e-135  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  35.47 
 
 		 833 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  35.67 
 
 		 850 aa  481  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  35.55 
 
 		 833 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  35.67 
 
 		 833 aa  482  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  34.61 
 
 		 836 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  35.49 
 
 		 836 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2757  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.2 
 
 		 823 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  34.88 
 
 		 836 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.73 
 
 		 886 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1531  outer membrane usher protein PsaC precursor  35.47 
 
 		 823 aa  459  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00459102  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.18 
 
 		 866 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0084  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.19 
 
 		 818 aa  457  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2676  fimbrial usher protein  35.47 
 
 		 823 aa  459  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.529958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.79 
 
 		 828 aa  456  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.63 
 
 		 852 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.08 
 
 		 867 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.8 
 
 		 861 aa  452  1e-125  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.22 
 
 		 930 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.21 
 
 		 872 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.15 
 
 		 850 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.52 
 
 		 884 aa  444  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.76 
 
 		 844 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.63 
 
 		 870 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.91 
 
 		 851 aa  442  9.999999999999999e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  34.37 
 
 		 839 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  34.63 
 
 		 870 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.25 
 
 		 1040 aa  437  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  33.69 
 
 		 839 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.84 
 
 		 851 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.14 
 
 		 875 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.14 
 
 		 875 aa  434  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.77 
 
 		 856 aa  432  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>