More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2342 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  99.83 
 
 
597 aa  1241    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  62.94 
 
 
596 aa  789    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  99.83 
 
 
597 aa  1241    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  99.83 
 
 
597 aa  1241    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  65.05 
 
 
597 aa  822    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  64.38 
 
 
598 aa  812    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  66.17 
 
 
600 aa  849    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  90.62 
 
 
597 aa  1160    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  99.5 
 
 
597 aa  1239    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  51.83 
 
 
596 aa  635    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  66.22 
 
 
596 aa  858    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  62.94 
 
 
596 aa  789    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  55.57 
 
 
572 aa  664    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  66.17 
 
 
600 aa  849    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  66.17 
 
 
600 aa  849    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  99.83 
 
 
597 aa  1241    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  63.73 
 
 
596 aa  809    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  66.17 
 
 
600 aa  849    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  90.95 
 
 
597 aa  1163    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.57 
 
 
605 aa  712    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  62.77 
 
 
596 aa  793    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  90.79 
 
 
597 aa  1162    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  63.71 
 
 
597 aa  820    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  90.79 
 
 
597 aa  1162    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  63.71 
 
 
597 aa  821    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.77 
 
 
619 aa  723    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.43 
 
 
572 aa  672    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.78 
 
 
572 aa  672    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.47 
 
 
570 aa  651    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  64.33 
 
 
604 aa  828    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  100 
 
 
597 aa  1245    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  63.88 
 
 
595 aa  809    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  58.4 
 
 
604 aa  722    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  99.83 
 
 
597 aa  1241    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  62.88 
 
 
596 aa  808    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.36 
 
 
572 aa  673    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.94 
 
 
572 aa  664    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  59.4 
 
 
602 aa  728    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  62.77 
 
 
597 aa  787    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  99.83 
 
 
597 aa  1241    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  61.81 
 
 
597 aa  804    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  66.17 
 
 
600 aa  849    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  64.05 
 
 
598 aa  804    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  90.79 
 
 
597 aa  1161    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.15 
 
 
572 aa  660    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.39 
 
 
618 aa  749    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  60.13 
 
 
618 aa  745    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  52.69 
 
 
585 aa  634  1e-180  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  52.69 
 
 
585 aa  634  1e-180  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.74 
 
 
578 aa  628  1e-179  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  52.3 
 
 
583 aa  630  1e-179  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  51.21 
 
 
570 aa  614  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  49.13 
 
 
625 aa  608  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0053  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.09 
 
 
633 aa  585  1e-166  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000725575  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.26 
 
 
570 aa  580  1e-164  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.91 
 
 
566 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.83 
 
 
570 aa  572  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.22 
 
 
564 aa  567  1e-160  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.14 
 
 
566 aa  565  1.0000000000000001e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.19 
 
 
569 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.02 
 
 
566 aa  561  1e-158  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.43 
 
 
573 aa  550  1e-155  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.66 
 
 
571 aa  542  1e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2129  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.72 
 
 
585 aa  533  1e-150  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.85862  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.8 
 
 
571 aa  527  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.05 
 
 
546 aa  514  1e-144  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.35 
 
 
560 aa  508  1e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.69 
 
 
559 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  44.52 
 
 
559 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.42 
 
 
560 aa  503  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.64 
 
 
559 aa  488  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  42.81 
 
 
567 aa  479  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  42.64 
 
 
567 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.64 
 
 
567 aa  476  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  42.64 
 
 
567 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  42.64 
 
 
567 aa  476  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  42.64 
 
 
567 aa  476  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  42.64 
 
 
567 aa  476  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  42.64 
 
 
567 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  42.64 
 
 
567 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  42.3 
 
 
567 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  42.3 
 
 
567 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  42.3 
 
 
567 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  42.3 
 
 
567 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.94 
 
 
567 aa  473  1e-132  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  42.3 
 
 
567 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  42.61 
 
 
563 aa  471  1.0000000000000001e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.15 
 
 
570 aa  465  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.28 
 
 
567 aa  467  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.92 
 
 
566 aa  467  9.999999999999999e-131  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.32 
 
 
568 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  43.58 
 
 
568 aa  462  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  43.72 
 
 
568 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.74 
 
 
578 aa  453  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  42.93 
 
 
568 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.51 
 
 
569 aa  451  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  39.37 
 
 
573 aa  449  1e-125  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.44 
 
 
577 aa  445  1e-123  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0939  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  40.65 
 
 
573 aa  440  9.999999999999999e-123  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0992433  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.14 
 
 
584 aa  441  9.999999999999999e-123  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>