116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1378 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01189  predicted transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  545  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.506875  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2433  sirB1 protein  100 
 
 
269 aa  545  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00804318  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01199  hypothetical protein  100 
 
 
269 aa  545  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1319  putative transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  545  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000562395  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1362  putative transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  545  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00721974  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2412  putative transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  545  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.402469  hitchhiker  0.0000254452 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1928  putative transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  545  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0634354  normal  0.0610741 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1378  putative transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  545  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0629002  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1695  putative transcriptional regulator  100 
 
 
269 aa  545  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0244126  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1904  putative transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  normal  0.448983 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1968  putative transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.213248  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1910  putative transcriptional regulator  86.25 
 
 
269 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1366  putative transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0144221  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1550  putative transcriptional regulator  85.87 
 
 
269 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2334  putative transcriptional regulator  79.93 
 
 
269 aa  439  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1858  putative transcriptional regulator  65.43 
 
 
269 aa  370  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.155221  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2075  putative transcriptional regulator  66.17 
 
 
269 aa  373  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2111  putative transcriptional regulator  65.8 
 
 
269 aa  372  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.201208  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2404  putative transcriptional regulator  66.17 
 
 
269 aa  371  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1993  putative transcriptional regulator  60.59 
 
 
269 aa  345  3e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.236117  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2063  putative transcriptional regulator  61.71 
 
 
269 aa  332  3e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000599802  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2457  putative transcriptional regulator  61.71 
 
 
269 aa  332  3e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.507867  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2176  putative transcriptional regulator  61.71 
 
 
269 aa  332  3e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.064164  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004200  protein SirB1  39.41 
 
 
269 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01253  hypothetical protein  39.78 
 
 
269 aa  212  4.9999999999999996e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1753  hypothetical protein  38.89 
 
 
270 aa  187  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302338  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0793  protein SirB1  36.8 
 
 
269 aa  185  7e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.293934  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0947  hypothetical protein  40.28 
 
 
264 aa  159  5e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1610  hypothetical protein  34.15 
 
 
281 aa  129  6e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119985  normal  0.579551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0701  hypothetical protein  33.33 
 
 
262 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3610  hypothetical protein  33.33 
 
 
262 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0588613  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3733  hypothetical protein  33.33 
 
 
262 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3542  hypothetical protein  33.33 
 
 
262 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000309634 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0923  hypothetical protein  31.31 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00500148  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2906  hypothetical protein  34.38 
 
 
282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.938112 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2767  hypothetical protein  33.87 
 
 
282 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0807  hypothetical protein  33.33 
 
 
262 aa  109  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2563  hypothetical protein  30.37 
 
 
262 aa  108  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.610667  normal  0.186741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3165  hypothetical protein  32.11 
 
 
262 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0801  hypothetical protein  32.11 
 
 
262 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.871928  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0773  hypothetical protein  32.11 
 
 
262 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3123  hypothetical protein  34.13 
 
 
262 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.292454  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2558  hypothetical protein  32.02 
 
 
281 aa  106  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.14895  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2559  hypothetical protein  32.6 
 
 
304 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.026679  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0726  hypothetical protein  32.24 
 
 
262 aa  105  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.935088  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3829  hypothetical protein  31.65 
 
 
262 aa  105  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2428  hypothetical protein  30.71 
 
 
281 aa  105  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2834  hypothetical protein  30.71 
 
 
281 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0875238  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1758  hypothetical protein  28.29 
 
 
280 aa  101  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.542914  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3676  hypothetical protein  31.31 
 
 
262 aa  99.8  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113679  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5881  hypothetical protein  28 
 
 
280 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.624652  normal  0.456824 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0761  hypothetical protein  26.44 
 
 
280 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0533  hypothetical protein  28 
 
 
283 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3201  hypothetical protein  26.56 
 
 
280 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0130133  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1078  hypothetical protein  29.72 
 
 
280 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107032  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0922  hypothetical protein  29.72 
 
 
280 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.425881  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0925  hypothetical protein  29.72 
 
 
280 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.872313  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0737  hypothetical protein  29.25 
 
 
280 aa  96.3  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2598  hypothetical protein  29.44 
 
 
280 aa  95.9  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0679  transcriptional regulator  29.9 
 
 
280 aa  95.9  7e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2514  hypothetical protein  29.9 
 
 
280 aa  95.9  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0128  hypothetical protein  29.9 
 
 
280 aa  95.9  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1937  hypothetical protein  29.44 
 
 
280 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0658551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2549  hypothetical protein  29.44 
 
 
280 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.934561  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2573  hypothetical protein  29.44 
 
 
280 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.590374 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2906  hypothetical protein  31.19 
 
 
262 aa  94  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.849831 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2468  hypothetical protein  28.5 
 
 
284 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00867567 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0834  hypothetical protein  25.36 
 
 
281 aa  92.8  5e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0747  hypothetical protein  28.91 
 
 
280 aa  92.4  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.583133  normal  0.492979 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3549  hypothetical protein  29.79 
 
 
273 aa  91.7  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0745  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
281 aa  91.7  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3452  hypothetical protein  32.24 
 
 
262 aa  90.5  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3285  hypothetical protein  27.1 
 
 
281 aa  84.3  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.646924  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02386  tetratricopeptide repeat domain protein  25.91 
 
 
293 aa  83.6  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2894  hypothetical protein  26.72 
 
 
266 aa  83.2  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3024  hypothetical protein  29.65 
 
 
289 aa  79.7  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2624  hypothetical protein  28.33 
 
 
271 aa  79.3  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000153014  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2183  hypothetical protein  26.58 
 
 
281 aa  74.7  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3003  hypothetical protein  25.86 
 
 
283 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3568  hypothetical protein  24.52 
 
 
282 aa  72.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.747718 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1775  hypothetical protein  24.89 
 
 
283 aa  72.8  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1456  transglutaminase domain protein  24.9 
 
 
283 aa  72  0.000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4192  hypothetical protein  26.47 
 
 
278 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00269295 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1473  hypothetical protein  28.11 
 
 
218 aa  70.1  0.00000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.797183 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1339  hypothetical protein  22.12 
 
 
284 aa  69.3  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3249  hypothetical protein  31.17 
 
 
267 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2475  hypothetical protein  27.39 
 
 
265 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0503  hypothetical protein  23.53 
 
 
274 aa  66.6  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.794885  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3633  hypothetical protein  26.97 
 
 
265 aa  66.2  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4602  hypothetical protein  26.51 
 
 
268 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795214  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4618  hypothetical protein  27.65 
 
 
268 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4478  hypothetical protein  27.06 
 
 
268 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.242324  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1169  hypothetical protein  24.48 
 
 
283 aa  62.8  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.617808  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0042  hypothetical protein  25.56 
 
 
294 aa  62.8  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00533467  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0671  hypothetical protein  26.37 
 
 
290 aa  62.4  0.000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2998  hypothetical protein  26.81 
 
 
282 aa  61.6  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.398739  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0820  hypothetical protein  26.05 
 
 
268 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2425  hypothetical protein  26.81 
 
 
282 aa  62  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2526  hypothetical protein  25.11 
 
 
283 aa  60.8  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.846479  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19860  hypothetical protein  29.53 
 
 
270 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0730355  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>