More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1024 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01868  fused L-arabinose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  99.4 
 
 
504 aa  1025    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.97097  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1024  L-arabinose transporter ATP-binding protein  100 
 
 
504 aa  1032    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1743  ABC transporter related protein  99.4 
 
 
504 aa  1025    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.50451  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2030  L-arabinose transporter ATP-binding protein  77.71 
 
 
507 aa  808    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.288148  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1735  L-arabinose transporter ATP-binding protein  99.4 
 
 
504 aa  1025    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1996  L-arabinose transporter ATP-binding protein  99.4 
 
 
504 aa  1025    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00548515  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2148  L-arabinose transporter ATP-binding protein  81 
 
 
507 aa  839    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01857  hypothetical protein  99.4 
 
 
504 aa  1025    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.974378  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1884  L-arabinose transporter ATP-binding protein  79.47 
 
 
523 aa  806    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.326668  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1998  L-arabinose transporter ATP-binding protein  79.47 
 
 
523 aa  806    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1911  L-arabinose transporter ATP-binding protein  79.68 
 
 
506 aa  818    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.389706  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2262  L-arabinose transporter ATP-binding protein  79.47 
 
 
523 aa  807    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1286  L-arabinose transporter ATP-binding protein  99.6 
 
 
504 aa  1026    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00939133  hitchhiker  0.000000120675 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2246  L-arabinose transporter ATP-binding protein  78.83 
 
 
511 aa  812    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000548441 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2636  L-arabinose transporter ATP-binding protein  99.4 
 
 
504 aa  1025    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000458478 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2475  L-arabinose transporter ATP-binding protein  88.89 
 
 
504 aa  931    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.74587  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2131  L-arabinose transporter ATP-binding protein  99.6 
 
 
504 aa  1026    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00340592  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2330  L-arabinose transporter ATP-binding protein  78.3 
 
 
507 aa  810    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2639  L-arabinose ABC transporter, ATP-binding protein  61.18 
 
 
507 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0558785  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2372  L-arabinose transporter ATP-binding protein  60.16 
 
 
507 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179136  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4140  L-arabinose transporter ATP-binding protein  59.67 
 
 
514 aa  585  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4920  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.4 
 
 
519 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.671617  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5475  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.44 
 
 
520 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0511877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2996  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.58 
 
 
511 aa  547  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.519724  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2586  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.97 
 
 
511 aa  541  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3704  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.26 
 
 
503 aa  535  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0046  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.16 
 
 
522 aa  536  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.54995  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3207  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.03 
 
 
515 aa  535  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0870889 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2614  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.25 
 
 
504 aa  532  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.383886  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0547  L-arabinose transporter ATP-binding protein  53.72 
 
 
516 aa  532  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0429295  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0547  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.22 
 
 
503 aa  532  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0138907  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4589  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.16 
 
 
515 aa  534  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173683 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1627  L-arabinose transporter ATP-binding protein  53.97 
 
 
525 aa  530  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1180  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.28 
 
 
503 aa  530  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0139  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.86 
 
 
503 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5219  L-arabinose transporter ATP-binding protein  53.96 
 
 
515 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0590  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.86 
 
 
503 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.164103  normal  0.0495673 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0622  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.86 
 
 
503 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0518663  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5640  L-arabinose transporter ATP-binding protein  53.96 
 
 
515 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.273168  normal  0.0496803 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2757  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.15 
 
 
511 aa  527  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  0.593741 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3483  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.82 
 
 
503 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3410  L-arabinose transporter ATP-binding protein  53.32 
 
 
512 aa  526  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0659281  normal  0.140224 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2763  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.66 
 
 
520 aa  528  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.691602  normal  0.315971 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3447  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.82 
 
 
503 aa  527  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3485  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.82 
 
 
503 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2485  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.62 
 
 
503 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0405  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.62 
 
 
503 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.582822  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3776  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.74 
 
 
514 aa  524  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.947339  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1265  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.62 
 
 
503 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3300  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.62 
 
 
503 aa  521  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0523  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.94 
 
 
487 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1020  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.53 
 
 
497 aa  514  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537406  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4218  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.64 
 
 
520 aa  510  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.231533  normal  0.845406 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3009  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.03 
 
 
509 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3961  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.21 
 
 
515 aa  499  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2599  L-arabinose transporter ATP-binding protein  51.42 
 
 
509 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3601  L-arabinose transporter ATP-binding protein  50.1 
 
 
508 aa  501  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611963  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3764  L-arabinose transporter ATP-binding protein  48.29 
 
 
501 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.639409  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3476  L-arabinose transporter ATP-binding protein  48.49 
 
 
501 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1962  ABC transporter-related protein  46.03 
 
 
494 aa  436  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1882  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  44.91 
 
 
501 aa  435  1e-121  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.102904  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1601  ribose transport ATP-binding protein rbsA  44.71 
 
 
501 aa  431  1e-119  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0126293  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  44.26 
 
 
496 aa  419  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  42.48 
 
 
497 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1644  ABC transporter related  44.22 
 
 
494 aa  416  9.999999999999999e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000081797  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0946  ABC transporter related  42.17 
 
 
499 aa  412  1e-114  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0298167  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2808  ABC transporter ATP-binding protein  44.15 
 
 
510 aa  412  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03635  fused D-ribose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  43.03 
 
 
501 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.483932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4218  ABC transporter related protein  42.83 
 
 
501 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2687  ABC transporter related  43.5 
 
 
495 aa  412  1e-113  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4215  D-ribose transporter ATP binding protein  43.23 
 
 
516 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.777457 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3540  ABC transporter related protein  43.7 
 
 
504 aa  409  1e-113  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.285144  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4265  D-ribose transporter ATP binding protein  43.03 
 
 
501 aa  411  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0613  ABC transporter related  41.37 
 
 
497 aa  410  1e-113  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0943  ABC transporter related  41.51 
 
 
524 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4010  ABC transporter related protein  42.65 
 
 
500 aa  411  1e-113  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4117  D-ribose transporter ATP binding protein  42.83 
 
 
501 aa  409  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.159229 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1305  ABC transporter related  41.92 
 
 
524 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2929  ABC transporter related  42.91 
 
 
521 aa  409  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.180289 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1425  ABC transporter related  41.51 
 
 
524 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0484861  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03580  hypothetical protein  43.03 
 
 
501 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.550483  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3166  ABC transporter related  45.83 
 
 
500 aa  411  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0061  ABC transporter related  42.33 
 
 
516 aa  411  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4115  D-ribose transporter ATP binding protein  43.43 
 
 
501 aa  410  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684938  normal  0.0182067 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3965  D-ribose transporter ATP binding protein  43.03 
 
 
501 aa  410  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4274  D-ribose transporter ATP binding protein  43.23 
 
 
516 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4245  D-ribose transporter ATP binding protein  42.83 
 
 
501 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0036959 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4094  D-ribose transporter ATP binding protein  43.23 
 
 
516 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1403  ABC transporter related  41.51 
 
 
524 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2172  ABC transporter-like  44.68 
 
 
517 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.327318  normal  0.453102 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4569  ABC sugar transporter, ATPase subunit  41.51 
 
 
527 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1519  ABC transporter related  46.38 
 
 
517 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0747025  normal  0.022294 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1063  ABC transporter related  46.38 
 
 
517 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.627623  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4658  ABC transporter related  42.07 
 
 
497 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1601  ABC transporter related  43.26 
 
 
525 aa  406  1.0000000000000001e-112  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1543  ABC transporter related  46.38 
 
 
517 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0849155  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5185  D-ribose transporter ATP binding protein  42.83 
 
 
501 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0631054  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4165  D-ribose transporter ATP binding protein  43.23 
 
 
501 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.846402  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1344  ABC transporter related  41.72 
 
 
524 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4109  D-ribose transporter ATP binding protein  43.23 
 
 
516 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>