More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0181 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  97.69 
 
 
432 aa  825  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  99.54 
 
 
432 aa  866  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  96.51 
 
 
431 aa  815  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  76.63 
 
 
430 aa  653  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  76.39 
 
 
430 aa  652  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  76.44 
 
 
430 aa  655  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  99.54 
 
 
432 aa  866  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  76.68 
 
 
430 aa  655  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  76.44 
 
 
430 aa  653  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
432 aa  869  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  97.69 
 
 
432 aa  825  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  96.99 
 
 
432 aa  821  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  97.45 
 
 
432 aa  826  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  99.54 
 
 
432 aa  866  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  65.65 
 
 
426 aa  542  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.65 
 
 
460 aa  440  1e-122  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.42 
 
 
451 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.55 
 
 
460 aa  437  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.52 
 
 
442 aa  422  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.18 
 
 
448 aa  416  1e-115  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.48 
 
 
425 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.81 
 
 
436 aa  405  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  3.00868e-06  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.72 
 
 
439 aa  388  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.49 
 
 
486 aa  379  1e-104  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.43 
 
 
440 aa  322  7e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  40.95 
 
 
443 aa  318  2e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.88 
 
 
436 aa  316  6e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  43.47 
 
 
448 aa  313  3e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  42.16 
 
 
427 aa  305  7e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  40.09 
 
 
476 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38 
 
 
496 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.75 
 
 
491 aa  289  6e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.87 
 
 
474 aa  288  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.48 
 
 
491 aa  287  3e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.85 
 
 
494 aa  281  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.44 
 
 
488 aa  281  2e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.41 
 
 
449 aa  276  6e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  37.41 
 
 
449 aa  274  2e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.14 
 
 
465 aa  273  3e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  4.85637e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.71 
 
 
470 aa  272  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.69 
 
 
465 aa  271  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.5 
 
 
469 aa  268  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.95 
 
 
465 aa  265  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.68 
 
 
465 aa  265  1e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.7 
 
 
460 aa  263  5e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  37.07 
 
 
464 aa  261  2e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  38.76 
 
 
429 aa  260  4e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  41.44 
 
 
442 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 
464 aa  257  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.35 
 
 
462 aa  257  3e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  36.22 
 
 
476 aa  252  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  35.16 
 
 
431 aa  251  2e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  35.16 
 
 
431 aa  250  3e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  40.55 
 
 
445 aa  246  7e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  36.34 
 
 
497 aa  245  1e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40 
 
 
439 aa  243  5e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.72 
 
 
440 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.47 
 
 
427 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.81 
 
 
419 aa  238  1e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  39.16 
 
 
442 aa  237  3e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  41.18 
 
 
455 aa  236  7e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.71 
 
 
426 aa  235  1e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.1 
 
 
427 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  40.15 
 
 
442 aa  233  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.15 
 
 
427 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  41.48 
 
 
439 aa  229  8e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  40.2 
 
 
434 aa  228  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.86 
 
 
430 aa  220  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.77 
 
 
476 aa  219  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  34.24 
 
 
441 aa  218  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1601  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.69 
 
 
435 aa  219  1e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78438  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1653  cell cycle protein  41.25 
 
 
435 aa  215  1e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.335836  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.35 
 
 
425 aa  214  2e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.4 
 
 
435 aa  209  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.58 
 
 
436 aa  204  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.41 
 
 
445 aa  201  2e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  34.22 
 
 
472 aa  199  9e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.1 
 
 
440 aa  199  1e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  36.72 
 
 
445 aa  194  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.73 
 
 
473 aa  190  3e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.73 
 
 
468 aa  190  5e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.8 
 
 
445 aa  186  8e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.7 
 
 
472 aa  185  2e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  37.7 
 
 
462 aa  184  2e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.84 
 
 
438 aa  183  6e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.69 
 
 
442 aa  182  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.1 
 
 
489 aa  181  3e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.1 
 
 
489 aa  181  3e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  35.1 
 
 
489 aa  181  3e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.1 
 
 
489 aa  181  3e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.88 
 
 
489 aa  179  6e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.03 
 
 
472 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37 
 
 
473 aa  173  6e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238854  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6002  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37 
 
 
473 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37 
 
 
473 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.76 
 
 
494 aa  172  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.87 
 
 
492 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  39.87 
 
 
492 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.81 
 
 
319 aa  169  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5381  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.4 
 
 
473 aa  167  3e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0261986  normal  0.928843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>