164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_0047 on replicon NC_010657
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  100 
 
 
620 aa  1265    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0092  TaxB  40.17 
 
 
611 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.393332 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  34.22 
 
 
658 aa  299  1e-79  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  35.19 
 
 
598 aa  292  1e-77  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  32.91 
 
 
603 aa  287  2.9999999999999996e-76  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  33.53 
 
 
758 aa  238  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  33.92 
 
 
593 aa  228  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  33.48 
 
 
594 aa  226  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  30.69 
 
 
559 aa  223  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  33.84 
 
 
583 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  32.69 
 
 
576 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  32.17 
 
 
575 aa  211  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  30.63 
 
 
570 aa  205  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  30.41 
 
 
570 aa  204  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  30.47 
 
 
557 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  31.66 
 
 
713 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0023  conjugal transfer protein  29.53 
 
 
673 aa  201  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  30.74 
 
 
670 aa  201  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  28.83 
 
 
648 aa  200  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  29.35 
 
 
592 aa  194  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  26.36 
 
 
651 aa  189  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  29.93 
 
 
601 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0017  conjugal transfer protein TraK  28.07 
 
 
655 aa  182  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  28.42 
 
 
677 aa  179  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  25.51 
 
 
723 aa  173  9e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  25.91 
 
 
714 aa  173  1e-41  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  26.39 
 
 
648 aa  172  2e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  25.47 
 
 
641 aa  162  1e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  25.66 
 
 
678 aa  159  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  27.5 
 
 
699 aa  155  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  24.69 
 
 
633 aa  151  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  27.31 
 
 
695 aa  151  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  26.64 
 
 
699 aa  150  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  24.29 
 
 
633 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  25.9 
 
 
661 aa  148  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6334  TRAG family protein  32.95 
 
 
897 aa  144  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  25.05 
 
 
664 aa  144  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  24.62 
 
 
663 aa  143  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  24.49 
 
 
659 aa  141  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  24.87 
 
 
665 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  27.42 
 
 
809 aa  140  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  23.96 
 
 
661 aa  139  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  27.42 
 
 
828 aa  139  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  24.88 
 
 
661 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  27.22 
 
 
834 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.28 
 
 
663 aa  137  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  23.01 
 
 
661 aa  136  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  23.99 
 
 
661 aa  136  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  25.56 
 
 
666 aa  134  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  25.1 
 
 
662 aa  134  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  28.13 
 
 
663 aa  134  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  25.33 
 
 
660 aa  133  7.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  24.95 
 
 
714 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  26.39 
 
 
630 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  24.8 
 
 
659 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  24.68 
 
 
548 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  25.04 
 
 
687 aa  131  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  23.94 
 
 
663 aa  132  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  23.94 
 
 
663 aa  132  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  25.34 
 
 
661 aa  131  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  24.19 
 
 
674 aa  130  6e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  24.5 
 
 
662 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  25.64 
 
 
661 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  24.9 
 
 
658 aa  129  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  26.14 
 
 
627 aa  129  2.0000000000000002e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  24.39 
 
 
662 aa  128  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  24.64 
 
 
661 aa  127  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  24.34 
 
 
669 aa  127  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  23.12 
 
 
666 aa  127  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  23.74 
 
 
700 aa  127  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  22.79 
 
 
687 aa  127  8.000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  21.93 
 
 
670 aa  127  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  27.01 
 
 
554 aa  127  8.000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  23.09 
 
 
660 aa  127  9e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  25.05 
 
 
902 aa  125  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  24.33 
 
 
660 aa  124  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  25.05 
 
 
573 aa  124  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  22.96 
 
 
666 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  23.37 
 
 
660 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  22.26 
 
 
669 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  21.61 
 
 
673 aa  121  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  22.56 
 
 
669 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  23.96 
 
 
723 aa  121  4.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  23.08 
 
 
665 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  22.17 
 
 
664 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  22.73 
 
 
665 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  25.26 
 
 
666 aa  118  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  22.18 
 
 
678 aa  118  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  23.66 
 
 
756 aa  118  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  23.52 
 
 
669 aa  118  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  22.53 
 
 
666 aa  117  7.999999999999999e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  23.27 
 
 
667 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  22.32 
 
 
668 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  22.87 
 
 
676 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  22.48 
 
 
672 aa  114  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  23.08 
 
 
665 aa  114  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  23.45 
 
 
664 aa  114  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  25.44 
 
 
560 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  23.09 
 
 
675 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  23.11 
 
 
823 aa  112  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>