82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_0005 on replicon NC_010657
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010657  SbBS512_0005  DNA-binding protein H-NS family  100 
 
 
154 aa  309  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  9.22105e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01827  hypothetical protein  45.52 
 
 
135 aa  117  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0019  H-NS histone family  45.11 
 
 
141 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2199  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  43.94 
 
 
135 aa  101  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.927569  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1957  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  42.42 
 
 
135 aa  99  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003852  DNA-binding protein H-NS  46.9 
 
 
135 aa  99.4  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0195644  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1981  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  41.67 
 
 
135 aa  97.4  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.295466  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0700  DNA-binding protein VicH  45.11 
 
 
137 aa  96.7  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2706  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  44.7 
 
 
135 aa  93.2  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  1.60031e-07  hitchhiker  0.000198201 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1152  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  42.65 
 
 
133 aa  93.6  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2329  H-NS histone family protein  42.96 
 
 
134 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.1305  hitchhiker  9.12792e-09 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2575  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  42.65 
 
 
133 aa  93.2  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2282  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  40.15 
 
 
135 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2167  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  42.42 
 
 
135 aa  91.3  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.317545  normal  0.0612895 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2074  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  42.42 
 
 
135 aa  91.3  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.944345  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1966  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  42.42 
 
 
135 aa  91.3  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.695002  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1904  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.97 
 
 
137 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.300661  normal  0.199286 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2390  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.97 
 
 
137 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393969  hitchhiker  1.50062e-06 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01213  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.97 
 
 
137 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.982069  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1722  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.97 
 
 
137 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.344605  normal  0.876204 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1386  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.97 
 
 
137 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.44738  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1345  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.97 
 
 
137 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000969162  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01223  hypothetical protein  46.97 
 
 
137 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1402  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.97 
 
 
137 aa  90.5  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.844413  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2412  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  46.97 
 
 
137 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00877695  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2306  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.21 
 
 
137 aa  90.5  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.283331  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2605  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  39.57 
 
 
132 aa  89  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.730726  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2842  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  41.18 
 
 
133 aa  89  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00137778  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1884  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.21 
 
 
137 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.400402  normal  0.276243 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1941  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.21 
 
 
137 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.118204  normal  0.862978 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1878  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.21 
 
 
137 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1577  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.21 
 
 
137 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102645  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1394  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  46.21 
 
 
137 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00484483  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3053  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.74 
 
 
133 aa  87.8  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0965485  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0306  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  36.36 
 
 
136 aa  84.7  4e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.265101  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1754  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  42.22 
 
 
133 aa  80.9  6e-15  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2145  DNA binding protein, global metabolism regulator  42.62 
 
 
137 aa  80.9  6e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.110406  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0123  DNA-binding protein H-NS  38.24 
 
 
141 aa  78.2  4e-14  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.577813  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02489  hypothetical protein  38.06 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2949  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.06 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3212  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.06 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1037  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.06 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3911  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.06 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.268261 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02525  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.06 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1014  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.06 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2789  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.06 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.338985 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3149  DNA binding protein, nucleoid-associated  36.09 
 
 
134 aa  75.9  2e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  1.12797e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2804  DNA binding protein, nucleoid-associated  37.31 
 
 
134 aa  75.1  3e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2980  DNA binding protein, nucleoid-associated  37.78 
 
 
133 aa  74.3  5e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.681217  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2997  DNA binding protein, nucleoid-associated  37.78 
 
 
133 aa  74.3  5e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.185251  normal  0.0364479 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3102  DNA binding protein, nucleoid-associated  37.78 
 
 
133 aa  74.3  5e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.669725  normal  0.844597 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2913  DNA binding protein, nucleoid-associated  37.78 
 
 
133 aa  74.3  5e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2945  DNA binding protein, nucleoid-associated  37.78 
 
 
133 aa  74.3  5e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.14201 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0787  DNA-binding protein H-NS  34.81 
 
 
134 aa  72.8  2e-12  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.123185  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1444  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.2 
 
 
130 aa  55.1  3e-07  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.292783  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0122  DNA binding protein  37.3 
 
 
130 aa  54.7  4e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3237  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32 
 
 
131 aa  54.7  5e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.602482 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2585  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.8 
 
 
130 aa  51.6  4e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000212728  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2749  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.01 
 
 
136 aa  50.4  8e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000604606  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4476  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.6 
 
 
132 aa  49.7  1e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00112117  normal  0.570223 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2148  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  28.46 
 
 
133 aa  48.9  3e-05  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2512  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.24 
 
 
130 aa  47.8  6e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00123836  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2856  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.3 
 
 
130 aa  47.4  7e-05  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2867  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.6 
 
 
130 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00308675  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00994  DNA-binding protein, H-NS family  29.6 
 
 
132 aa  45.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  2.72824e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2996  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.6 
 
 
130 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.18601  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1510  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.6 
 
 
130 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000161891  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2848  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.6 
 
 
130 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  8.99352e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1351  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  26.47 
 
 
130 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0110439  hitchhiker  0.00767889 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3146  H-NS family DNA-binding protein  28.24 
 
 
130 aa  45.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4786  H-NS histone family protein  26.15 
 
 
146 aa  45.1  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.428354 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1416  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  27.2 
 
 
130 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00233677  normal  0.422691 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4348  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  47.17 
 
 
102 aa  43.9  0.0009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.513312 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4238  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  47.17 
 
 
102 aa  43.9  0.0009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1404  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  26.4 
 
 
130 aa  43.5  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000773951  normal  0.9865 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3387  DNA-binding protein H-NS-like protein  24.81 
 
 
144 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  34.12 
 
 
102 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4700  DNA-binding protein  25.17 
 
 
144 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  47.62 
 
 
102 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1726  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40 
 
 
124 aa  41.2  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.442577  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4220  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.09 
 
 
135 aa  40.4  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1793  DNA-binding protein  38.33 
 
 
124 aa  40  0.01  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>