More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SaurJH9_1904 on replicon NC_009487
Organism: Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009487  SaurJH9_1904  pseudouridine synthase  100 
 
 
273 aa  554  1e-157  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.014884  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1938  pseudouridine synthase  100 
 
 
273 aa  554  1e-157  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.153319  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1386  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  82.78 
 
 
274 aa  466  9.999999999999999e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.019865  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.96 
 
 
307 aa  185  9e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  36.96 
 
 
307 aa  183  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.32 
 
 
307 aa  183  3e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  37.32 
 
 
307 aa  180  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.32 
 
 
307 aa  180  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.32 
 
 
307 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  35.48 
 
 
307 aa  180  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  37.59 
 
 
307 aa  179  4e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  36.26 
 
 
304 aa  178  7e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.59 
 
 
307 aa  177  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.96 
 
 
307 aa  178  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.59 
 
 
307 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.929825  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  36.5 
 
 
299 aa  170  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.35 
 
 
290 aa  165  5.9999999999999996e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1453  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.99 
 
 
285 aa  154  1e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  36.54 
 
 
310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0259  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  37.6 
 
 
290 aa  143  3e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2067  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.97 
 
 
294 aa  142  5e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  33.08 
 
 
420 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  33.21 
 
 
285 aa  138  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0046  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.17 
 
 
297 aa  137  2e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  30.6 
 
 
303 aa  135  5e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0176  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.46 
 
 
302 aa  136  5e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  31.34 
 
 
320 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1825  pseudouridine synthase  31.84 
 
 
306 aa  135  6.0000000000000005e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  38.89 
 
 
299 aa  135  8e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  34.91 
 
 
305 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  34.91 
 
 
305 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.95 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  36.82 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  31.67 
 
 
407 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  34.87 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  33.46 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  31.67 
 
 
405 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  32.49 
 
 
328 aa  129  4.0000000000000003e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.69 
 
 
305 aa  129  7.000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  31.82 
 
 
431 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  34.84 
 
 
309 aa  128  9.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.21 
 
 
292 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.6 
 
 
400 aa  127  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  29.89 
 
 
297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  30.6 
 
 
360 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.68 
 
 
301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.98 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  34.98 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.98 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.98 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.98 
 
 
296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  30.36 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.11 
 
 
305 aa  127  3e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.98 
 
 
302 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  34.98 
 
 
302 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  35.12 
 
 
302 aa  126  3e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.44 
 
 
438 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  32.79 
 
 
396 aa  127  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  30.6 
 
 
402 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  30.6 
 
 
402 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.6 
 
 
402 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.91 
 
 
391 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  31.97 
 
 
297 aa  125  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.97 
 
 
297 aa  125  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.98 
 
 
302 aa  126  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.65 
 
 
296 aa  125  8.000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0680  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.47 
 
 
299 aa  125  8.000000000000001e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  31.56 
 
 
297 aa  125  9e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  31.56 
 
 
297 aa  125  9e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  29.64 
 
 
400 aa  125  9e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  34.3 
 
 
302 aa  125  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.57 
 
 
302 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.07 
 
 
306 aa  124  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37.07 
 
 
306 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  33.76 
 
 
327 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  33.46 
 
 
303 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  36.41 
 
 
307 aa  124  2e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  36.28 
 
 
308 aa  124  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  34.12 
 
 
300 aa  123  3e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  33.96 
 
 
297 aa  123  3e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.25 
 
 
325 aa  123  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  35.32 
 
 
314 aa  123  4e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.14 
 
 
304 aa  123  4e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  34.29 
 
 
322 aa  122  5e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  30.37 
 
 
299 aa  122  6e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  34.57 
 
 
304 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  35.8 
 
 
304 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.15 
 
 
297 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.96 
 
 
321 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.45 
 
 
297 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  33.65 
 
 
315 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.41 
 
 
304 aa  121  9.999999999999999e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  35.24 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  31.45 
 
 
320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.54 
 
 
303 aa  120  3e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
305 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  34.58 
 
 
311 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  31.47 
 
 
297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.07 
 
 
403 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  34.48 
 
 
391 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>