More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SaurJH1_0079 on replicon NC_009632
Organism: Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009487  SaurJH9_0077  hypothetical protein  100 
 
 
328 aa  676  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0079  hypothetical protein  100 
 
 
328 aa  676  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2413  hypothetical protein  92.21 
 
 
326 aa  597  1e-169  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0306  dihydrouridine synthase  76.71 
 
 
329 aa  506  1e-142  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0426  hypothetical protein  76.09 
 
 
329 aa  503  1e-141  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0408  hypothetical protein  76.64 
 
 
329 aa  504  1e-141  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0314  dihydrouridine synthase DuS  75.54 
 
 
329 aa  503  1e-141  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0319  hypothetical protein  76.01 
 
 
329 aa  500  1e-140  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0334  hypothetical protein  76.01 
 
 
329 aa  500  1e-140  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.217194  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0312  dihydrouridine synthase DuS  75.24 
 
 
319 aa  494  1e-139  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0302  dihydrouridine synthase  75.47 
 
 
329 aa  496  1e-139  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0382  hypothetical protein  76.34 
 
 
329 aa  494  1e-139  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00282008  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0366  hypothetical protein  75.39 
 
 
329 aa  495  1e-139  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4937  probable tRNA-dihydrouridine synthase 2  76.66 
 
 
329 aa  496  1e-139  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00645235  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0734  tRNA-dihydrouridine synthase  52.6 
 
 
365 aa  335  4e-91  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531142  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1428  tRNA-dihydrouridine synthase  50.46 
 
 
330 aa  333  2e-90  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.874518  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0761  putative histidine phosphokinase/phophatase  36.28 
 
 
329 aa  184  2e-45  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  33.85 
 
 
330 aa  142  1e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  32.51 
 
 
329 aa  141  1e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.7 
 
 
337 aa  141  2e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.24 
 
 
329 aa  138  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.12 
 
 
354 aa  137  3e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.48 
 
 
350 aa  137  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.54 
 
 
329 aa  135  6e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.38 
 
 
346 aa  135  1e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.72 
 
 
358 aa  135  1e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  1.89855e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.17 
 
 
348 aa  134  2e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.27 
 
 
345 aa  134  2e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  32.18 
 
 
327 aa  133  4e-30  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.51 
 
 
356 aa  133  4e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.23 
 
 
335 aa  132  6e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  29.84 
 
 
334 aa  132  6e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.21 
 
 
335 aa  132  7e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.12 
 
 
352 aa  132  8e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.13 
 
 
347 aa  132  8e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  32.31 
 
 
333 aa  132  9e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  31.25 
 
 
347 aa  132  9e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.22 
 
 
335 aa  131  1e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.33 
 
 
354 aa  132  1e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  31.6 
 
 
332 aa  132  1e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  30.89 
 
 
335 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  29.94 
 
 
336 aa  129  6e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.1 
 
 
336 aa  128  1e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.1 
 
 
336 aa  128  1e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  29.49 
 
 
351 aa  127  2e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.72 
 
 
357 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  29.75 
 
 
342 aa  126  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.83 
 
 
327 aa  125  7e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  27.07 
 
 
326 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  27.07 
 
 
326 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  33.2 
 
 
378 aa  124  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.62 
 
 
330 aa  124  3e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.85 
 
 
347 aa  124  3e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  29.3 
 
 
330 aa  122  7e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.93 
 
 
326 aa  122  1e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  29.65 
 
 
341 aa  120  3e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  1.80311e-09 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  29.6 
 
 
335 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  30.66 
 
 
335 aa  118  1e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  6.72077e-08 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  33.76 
 
 
384 aa  118  1e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  28.21 
 
 
319 aa  117  2e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.38 
 
 
333 aa  117  4e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  27.27 
 
 
324 aa  115  7e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.05 
 
 
333 aa  115  1e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.43 
 
 
322 aa  115  1e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  27.76 
 
 
349 aa  115  1e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.73 
 
 
320 aa  114  2e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.99 
 
 
328 aa  114  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.75 
 
 
325 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.16 
 
 
321 aa  113  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.98 
 
 
351 aa  113  4e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  25.77 
 
 
333 aa  113  4e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  27.5 
 
 
333 aa  113  4e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.44 
 
 
370 aa  113  4e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.8 
 
 
334 aa  112  6e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  28.28 
 
 
325 aa  112  8e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.75 
 
 
332 aa  112  1e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  25 
 
 
327 aa  112  1e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.92 
 
 
394 aa  111  1e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1712  dihydrouridine synthase DuS  26.86 
 
 
309 aa  111  1e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00468676  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  28.39 
 
 
305 aa  111  2e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  27.08 
 
 
389 aa  110  2e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.1847e-05  hitchhiker  3.46308e-05 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.33 
 
 
393 aa  111  2e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.87 
 
 
334 aa  110  2e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  28.48 
 
 
320 aa  110  3e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  26.73 
 
 
329 aa  110  4e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  26.75 
 
 
333 aa  110  4e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.71 
 
 
328 aa  110  5e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.59 
 
 
396 aa  109  5e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  27.63 
 
 
379 aa  110  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  29.27 
 
 
301 aa  109  6e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  3.83307e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  27.44 
 
 
335 aa  109  7e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  26.69 
 
 
347 aa  109  7e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.4 
 
 
400 aa  108  8e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  25.88 
 
 
322 aa  108  9e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  3.66446e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  27.69 
 
 
415 aa  108  9e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.67 
 
 
351 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  28.57 
 
 
309 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  28.69 
 
 
342 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  29.36 
 
 
335 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.16 
 
 
321 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>