More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SaurJH1_0044 on replicon NC_009632
Organism: Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP2505  RadC domain-containing protein  100 
 
 
105 aa  213  9e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0044  DNA repair protein RadC  100 
 
 
105 aa  213  9e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0044  DNA repair protein RadC  100 
 
 
105 aa  213  9e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3111  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
169 aa  115  2e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.11017e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3004  DNA repair protein RadC  45.54 
 
 
147 aa  103  9e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00190795  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  39 
 
 
227 aa  87  7e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2168  DNA repair protein RadC  39.56 
 
 
163 aa  85.5  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00702134  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0216  DNA repair protein RadC  39.56 
 
 
163 aa  85.5  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1225  truncated DNA repair protein RadC  44.44 
 
 
184 aa  85.1  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.247593  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2277  DNA repair protein RadC  45.05 
 
 
166 aa  82  2e-15  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3737  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 
168 aa  81.6  3e-15  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4541  DNA repair protein  45.05 
 
 
186 aa  80.9  5e-15  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  46.75 
 
 
225 aa  80.1  9e-15  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
227 aa  79.3  1e-14  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  46.75 
 
 
236 aa  78.6  3e-14  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  4.38114e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
225 aa  78.6  3e-14  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
225 aa  78.2  3e-14  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
225 aa  78.6  3e-14  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1752  DNA repair protein RadC  43.37 
 
 
184 aa  78.2  4e-14  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.351254  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1718  DNA repair protein RadC  43.37 
 
 
184 aa  78.2  4e-14  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
225 aa  77.8  5e-14  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
225 aa  77.8  5e-14  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
226 aa  77.4  5e-14  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
225 aa  77.8  5e-14  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  45.35 
 
 
225 aa  77.4  5e-14  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
225 aa  77.8  5e-14  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0275  DNA repair protein RadC  36.26 
 
 
163 aa  77.4  7e-14  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00125645  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  43.75 
 
 
206 aa  77  9e-14  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  36.25 
 
 
229 aa  77  9e-14  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 
222 aa  76.6  1e-13  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  42.31 
 
 
223 aa  76.3  1e-13  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  44.16 
 
 
227 aa  76.3  1e-13  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.13857e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  42.5 
 
 
223 aa  75.9  2e-13  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  40.24 
 
 
222 aa  75.5  2e-13  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  41.77 
 
 
241 aa  75.9  2e-13  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  2.42554e-10 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  43.21 
 
 
230 aa  75.1  3e-13  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  43.04 
 
 
222 aa  75.1  3e-13  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1463  DNA repair protein RadC  37.86 
 
 
167 aa  74.7  4e-13  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.794646 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  41.25 
 
 
234 aa  74.3  5e-13  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  35.42 
 
 
233 aa  74.3  5e-13  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 
226 aa  73.9  7e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  40 
 
 
235 aa  73.9  7e-13  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  3.89911e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0037  DNA repair protein RadC  42.5 
 
 
233 aa  73.2  1e-12  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 
229 aa  73.2  1e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0786  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 
166 aa  73.2  1e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 
228 aa  72  2e-12  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3170  DNA repair protein RadC  43.42 
 
 
185 aa  72.8  2e-12  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  37.8 
 
 
223 aa  72.4  2e-12  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0803  DNA repair protein, RadC-like  34.09 
 
 
166 aa  71.6  3e-12  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  40.26 
 
 
227 aa  71.6  3e-12  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2374  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 
165 aa  70.9  5e-12  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 
223 aa  70.9  5e-12  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  35.06 
 
 
228 aa  70.9  6e-12  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  35.06 
 
 
222 aa  70.9  6e-12  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1885  DNA repair protein RadC  34.38 
 
 
166 aa  70.9  6e-12  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0244  DNA repair protein  38.83 
 
 
151 aa  69.7  1e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.483345  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0983  DNA repair protein RadC  41.56 
 
 
231 aa  70.1  1e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0302  DNA repair protein RadC  41.25 
 
 
225 aa  68.6  3e-11  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0767  DNA repair protein RadC  44.16 
 
 
233 aa  68.6  3e-11  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  40.26 
 
 
228 aa  67.4  6e-11  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  5.67698e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  38.75 
 
 
233 aa  67.4  7e-11  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  36.25 
 
 
229 aa  66.2  1e-10  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  35.87 
 
 
228 aa  66.6  1e-10  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  41.03 
 
 
227 aa  66.6  1e-10  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0973  DNA repair protein RadC  39.02 
 
 
225 aa  66.2  2e-10  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0497584  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 
229 aa  65.5  2e-10  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  39.74 
 
 
227 aa  65.5  2e-10  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1619  DNA repair protein RadC  37.89 
 
 
166 aa  65.9  2e-10  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  36.36 
 
 
237 aa  64.7  4e-10  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2092  DNA repair protein RadC  32.91 
 
 
223 aa  64.3  6e-10  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  35.06 
 
 
160 aa  63.9  7e-10  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  33.77 
 
 
232 aa  63.2  1e-09  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  8.97994e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  31.65 
 
 
229 aa  63.2  1e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  35.06 
 
 
159 aa  63.5  1e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  30.69 
 
 
222 aa  63.2  1e-09  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  43.33 
 
 
158 aa  62  2e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  43.33 
 
 
158 aa  62.4  2e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  43.33 
 
 
158 aa  62  2e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  43.33 
 
 
158 aa  62.4  2e-09  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  43.33 
 
 
158 aa  62  2e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  42.62 
 
 
158 aa  62.4  2e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3048  DNA repair protein RadC  32.26 
 
 
221 aa  62.4  2e-09  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  8.91178e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  43.33 
 
 
148 aa  62.4  2e-09  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  43.33 
 
 
158 aa  62  2e-09  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  43.33 
 
 
158 aa  62.4  2e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1220  DNA repair protein RadC  42.37 
 
 
215 aa  62.8  2e-09  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  43.33 
 
 
158 aa  62.4  2e-09  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1235  DNA repair protein RadC  42.37 
 
 
222 aa  62.8  2e-09  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  43.33 
 
 
158 aa  62.4  2e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  35.9 
 
 
231 aa  61.6  3e-09  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  43.33 
 
 
158 aa  61.6  3e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  32.89 
 
 
158 aa  61.6  4e-09  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0061  DNA repair protein RadC  34.62 
 
 
223 aa  61.2  5e-09  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2073  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 
243 aa  61.2  5e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00545763 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  32.43 
 
 
221 aa  61.2  5e-09  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  30.43 
 
 
230 aa  60.5  8e-09  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  31.25 
 
 
228 aa  60.1  9e-09  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  30.34 
 
 
229 aa  60.1  1e-08  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  37.68 
 
 
158 aa  60.1  1e-08  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  31.08 
 
 
221 aa  60.1  1e-08  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>