123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3640 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
288 aa  569  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  43.59 
 
 
283 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  34.96 
 
 
280 aa  122  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  33.08 
 
 
271 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  34.2 
 
 
283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.33 
 
 
291 aa  106  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  27.69 
 
 
284 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  43.84 
 
 
271 aa  103  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  30.26 
 
 
273 aa  102  7e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  37.28 
 
 
271 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  40 
 
 
271 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  32.22 
 
 
271 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  36.09 
 
 
271 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  36.36 
 
 
278 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  33.62 
 
 
277 aa  95.1  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  32.45 
 
 
270 aa  95.1  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  38.36 
 
 
275 aa  94.7  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  33.2 
 
 
269 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  30.07 
 
 
285 aa  91.3  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  46.08 
 
 
276 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  32.96 
 
 
305 aa  88.2  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.18 
 
 
269 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  40 
 
 
277 aa  85.9  7e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  33.5 
 
 
275 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  37.06 
 
 
270 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  26.07 
 
 
292 aa  82.4  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  39.16 
 
 
286 aa  81.6  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  37.74 
 
 
280 aa  82  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  27.88 
 
 
629 aa  80.9  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  30.36 
 
 
287 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  36.03 
 
 
635 aa  79.7  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  34.03 
 
 
299 aa  79.3  0.00000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.19 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  53.09 
 
 
271 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.78 
 
 
615 aa  77.8  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.01 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.97 
 
 
633 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.64 
 
 
631 aa  77.4  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.71 
 
 
274 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.8 
 
 
631 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  29.23 
 
 
626 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  27.69 
 
 
477 aa  74.3  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  35.65 
 
 
270 aa  74.3  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  30.17 
 
 
634 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  32.8 
 
 
268 aa  73.9  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  33.74 
 
 
297 aa  73.2  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  26.15 
 
 
274 aa  73.6  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.07 
 
 
615 aa  72.8  0.000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.63 
 
 
632 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.34 
 
 
630 aa  71.2  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.2 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  35.2 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.64 
 
 
624 aa  70.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.56 
 
 
637 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.16 
 
 
628 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.17 
 
 
287 aa  70.1  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  31.91 
 
 
295 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  31.91 
 
 
295 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  29.58 
 
 
634 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.27 
 
 
604 aa  68.9  0.00000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.58 
 
 
628 aa  68.9  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  31.91 
 
 
295 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.58 
 
 
628 aa  68.9  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  31.19 
 
 
263 aa  67.8  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  26.42 
 
 
635 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.09 
 
 
638 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  27.24 
 
 
629 aa  67.4  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.72 
 
 
624 aa  66.6  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.45 
 
 
645 aa  66.6  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.17 
 
 
630 aa  66.6  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  31.25 
 
 
297 aa  65.9  0.0000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.41 
 
 
627 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.6 
 
 
632 aa  65.1  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.36 
 
 
623 aa  65.1  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.86 
 
 
632 aa  65.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  32.89 
 
 
279 aa  64.3  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  26.67 
 
 
617 aa  64.7  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.03 
 
 
635 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.03 
 
 
635 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.03 
 
 
635 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.62 
 
 
635 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.61 
 
 
635 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.41 
 
 
627 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  27.31 
 
 
272 aa  61.6  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.2 
 
 
633 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.76 
 
 
305 aa  58.9  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29 
 
 
280 aa  58.9  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  29.46 
 
 
687 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.43 
 
 
627 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  30.69 
 
 
286 aa  57  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.6 
 
 
621 aa  56.6  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.41 
 
 
684 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  29.13 
 
 
684 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.41 
 
 
684 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.41 
 
 
684 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.41 
 
 
687 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  29.13 
 
 
684 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  29.41 
 
 
684 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4442  xylose isomerase domain-containing protein  28.95 
 
 
298 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.481875  normal  0.31172 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.21 
 
 
630 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>