111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3597 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
270 aa  531  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  48.87 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  36.69 
 
 
284 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  32.24 
 
 
288 aa  78.2  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  33.67 
 
 
283 aa  71.6  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.55 
 
 
266 aa  68.2  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  26.92 
 
 
272 aa  60.5  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  30.19 
 
 
285 aa  60.5  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  26.64 
 
 
271 aa  60.1  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  25.43 
 
 
283 aa  59.3  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  27.61 
 
 
280 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.75 
 
 
615 aa  58.5  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  27.13 
 
 
271 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  27.61 
 
 
280 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.04 
 
 
638 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  28.36 
 
 
280 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  27.99 
 
 
280 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  26.76 
 
 
271 aa  57  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  41.49 
 
 
285 aa  56.6  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  26.12 
 
 
271 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  27.99 
 
 
280 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  27.99 
 
 
280 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  29.31 
 
 
288 aa  56.6  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.08 
 
 
632 aa  56.2  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  27.76 
 
 
280 aa  55.8  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.82 
 
 
271 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.25 
 
 
632 aa  55.5  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.6 
 
 
286 aa  55.5  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.11 
 
 
291 aa  55.1  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  25.45 
 
 
271 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  26.61 
 
 
274 aa  55.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  26.92 
 
 
617 aa  53.9  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  25.35 
 
 
292 aa  54.3  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  34.65 
 
 
277 aa  53.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.78 
 
 
278 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.1 
 
 
313 aa  53.1  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  30.73 
 
 
293 aa  53.1  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  31.69 
 
 
277 aa  53.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  28.33 
 
 
626 aa  52.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.82 
 
 
630 aa  52.4  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.82 
 
 
630 aa  52.8  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  26.14 
 
 
285 aa  52  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.82 
 
 
313 aa  52  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  30.08 
 
 
287 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  29.65 
 
 
277 aa  51.6  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.58 
 
 
630 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.58 
 
 
630 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.58 
 
 
630 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.95 
 
 
628 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.77 
 
 
298 aa  50.8  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  29.79 
 
 
635 aa  50.8  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.19 
 
 
627 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.06 
 
 
630 aa  50.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  28.89 
 
 
296 aa  49.3  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  29.32 
 
 
286 aa  48.9  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.47 
 
 
628 aa  49.3  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.47 
 
 
628 aa  49.3  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  32.12 
 
 
270 aa  48.9  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.38 
 
 
624 aa  48.9  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.53 
 
 
630 aa  48.5  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.84 
 
 
276 aa  48.5  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.86 
 
 
684 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  34.74 
 
 
477 aa  48.1  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  32.76 
 
 
271 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  28.86 
 
 
629 aa  47.4  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.86 
 
 
684 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.86 
 
 
684 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  31.86 
 
 
684 aa  47.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  34.65 
 
 
276 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.54 
 
 
637 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.38 
 
 
394 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.64 
 
 
279 aa  47.4  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.48 
 
 
632 aa  48.1  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  31.86 
 
 
684 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  31.86 
 
 
687 aa  47  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.86 
 
 
687 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  31.86 
 
 
684 aa  47  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.18 
 
 
627 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.78 
 
 
630 aa  47  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.06 
 
 
296 aa  47  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.82 
 
 
266 aa  46.6  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  25.2 
 
 
635 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.07 
 
 
624 aa  45.8  0.0007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.78 
 
 
631 aa  45.8  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.26 
 
 
276 aa  45.8  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.15 
 
 
280 aa  45.4  0.0008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 
645 aa  45.8  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  31.67 
 
 
278 aa  45.8  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.69 
 
 
633 aa  45.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.39 
 
 
627 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.77 
 
 
635 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2206  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.53 
 
 
260 aa  45.4  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313924  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.77 
 
 
635 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.41 
 
 
635 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.77 
 
 
635 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  32.04 
 
 
269 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.26 
 
 
276 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.12 
 
 
631 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.77 
 
 
316 aa  44.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.02 
 
 
269 aa  44.7  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>