More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3424 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009427  Saro_3424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  507  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.686314  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 
252 aa  277  9e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 
250 aa  268  8e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.95 
 
 
254 aa  258  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487626 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.78 
 
 
253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.97 
 
 
251 aa  235  6e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0308  putative short-chain dehydrogenase/reductase  54.25 
 
 
255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.150139  normal  0.18902 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  46.09 
 
 
254 aa  182  3e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.68 
 
 
254 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
261 aa  177  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0339  short chain dehydrogenase  40.16 
 
 
245 aa  175  8e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
252 aa  168  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
255 aa  168  9e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
250 aa  165  5.9999999999999996e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0259595  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  39.2 
 
 
255 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.46 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  39.92 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.4 
 
 
257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
272 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2406  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.9 
 
 
241 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
265 aa  162  7e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  40.65 
 
 
252 aa  162  7e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  40.65 
 
 
251 aa  161  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.8 
 
 
248 aa  161  9e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2133  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.62 
 
 
241 aa  161  9e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.52 
 
 
258 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0481  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.62 
 
 
241 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  39.06 
 
 
266 aa  160  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.52 
 
 
258 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  37.4 
 
 
257 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.97 
 
 
241 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
260 aa  159  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.15 
 
 
256 aa  159  4e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
269 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
260 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
257 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.33 
 
 
245 aa  157  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2430  short chain dehydrogenase  38.87 
 
 
248 aa  157  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
254 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
241 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.550134  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.56 
 
 
251 aa  157  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
255 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1709  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.2 
 
 
251 aa  156  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
257 aa  155  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.52 
 
 
256 aa  155  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
257 aa  155  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
256 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
257 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
249 aa  154  9e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  41.87 
 
 
251 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
257 aa  154  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.68 
 
 
255 aa  153  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
263 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
255 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
257 aa  153  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
267 aa  153  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.02 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2568  short chain dehydrogenase  38 
 
 
251 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459864  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
255 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.966986 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0293  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
257 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673149  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.1 
 
 
253 aa  152  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
254 aa  152  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.1 
 
 
253 aa  152  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.1 
 
 
253 aa  152  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
255 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.45 
 
 
260 aa  152  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4743  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.75 
 
 
254 aa  151  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112688 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 
259 aa  152  7e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3248  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.15 
 
 
253 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000371746 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3168  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.15 
 
 
253 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3848  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
253 aa  151  8e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  35.89 
 
 
254 aa  151  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3349  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.75 
 
 
253 aa  151  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143786 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3233  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.15 
 
 
253 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000782926 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
271 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1926  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
248 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00605891  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2695  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  40.64 
 
 
277 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2494  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.11 
 
 
248 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000082608  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  38.98 
 
 
258 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1811  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
256 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.780661  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
262 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
254 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1794  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
256 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4949  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
255 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.220607  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2073  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
256 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.844507  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
254 aa  150  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0363  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
256 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0809  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
256 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
256 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.281486  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1100  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
256 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1913  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
248 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.874214  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0458  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
256 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2074  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
248 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
255 aa  150  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1513  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  41.06 
 
 
277 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.729699 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1636  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
248 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.140639  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0299  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
248 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.71932  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>