More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3142 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
267 aa  480  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.29 
 
 
288 aa  241  6e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.37 
 
 
249 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.44 
 
 
179 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  36.92 
 
 
204 aa  97.4  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.59 
 
 
192 aa  96.7  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 
199 aa  91.7  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  34 
 
 
217 aa  90.5  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2199  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  89.4  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.99 
 
 
217 aa  88.2  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
69 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.04 
 
 
201 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
69 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 
68 aa  85.9  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0142  cold shock protein  63.08 
 
 
74 aa  85.5  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2134  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.75 
 
 
70 aa  85.9  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895111  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  35 
 
 
217 aa  85.9  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.81 
 
 
221 aa  85.5  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  35.77 
 
 
189 aa  85.1  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5339  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
71 aa  85.1  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5421  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
68 aa  84.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.14942  normal  0.64967 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3620  cold-shock DNA-binding protein  58.46 
 
 
68 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  35.88 
 
 
217 aa  85.1  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  31.45 
 
 
235 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.76 
 
 
204 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
68 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.265865  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  84.3  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.522557 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  34.53 
 
 
219 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 
69 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.33157  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 
69 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
69 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2375  cold-shock protein, DNA-binding  69.23 
 
 
69 aa  83.6  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583398  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
68 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.29 
 
 
220 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0093  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
69 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.941798  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
68 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  33.78 
 
 
202 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7552  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229595  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0078  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19657  normal  0.176991 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  60 
 
 
68 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
68 aa  82.8  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142025 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
68 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2176  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.141033  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2586  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.9 
 
 
68 aa  82.4  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.765409  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3257  cold-shock protein, DNA-binding  68.18 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  33.78 
 
 
181 aa  82.4  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4272  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
66 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.217345  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.9 
 
 
224 aa  82  0.000000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
69 aa  82  0.000000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2957  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
67 aa  82  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.200644  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1185  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 
69 aa  82  0.000000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4290  hypothetical protein  55.38 
 
 
68 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
69 aa  81.6  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745199  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  66.15 
 
 
69 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4283  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
68 aa  81.6  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
69 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5928  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 
69 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5655  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
69 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1892  cold-shock protein DNA-binding  66.13 
 
 
69 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2135  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
70 aa  81.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24851  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6591  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
69 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426867 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  34.46 
 
 
181 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
69 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.499823  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  80.9  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.084577  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3621  cold-shock DNA-binding protein  57.75 
 
 
77 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
69 aa  80.5  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3306  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
69 aa  80.5  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4644  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.29 
 
 
68 aa  80.1  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0841  cold-shock DNA-binding domain protein  68.25 
 
 
69 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0809  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
69 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.13645 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0922  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
69 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11423  normal  0.220498 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
73 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1952  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.46 
 
 
77 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  33.13 
 
 
242 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2320  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.680465  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  36.23 
 
 
192 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1599  cold-shock protein, DNA-binding  57.81 
 
 
67 aa  79.3  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.564576  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  36.23 
 
 
192 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.38 
 
 
68 aa  79.7  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0977  cold-shock DNA-binding family protein  61.54 
 
 
69 aa  79.7  0.00000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.717834  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0603  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
68 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3054  cold-shock protein, DNA-binding  63.08 
 
 
66 aa  79  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0480379 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2487  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.92 
 
 
67 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0454544  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2034  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
67 aa  79  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.465881  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2842  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
68 aa  79  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  59.38 
 
 
68 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3463  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.107115  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0769  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
69 aa  78.2  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.218929 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0246  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
69 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251668  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3878  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 
69 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0367  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 
73 aa  78.6  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0217  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
69 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  34.07 
 
 
310 aa  78.2  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1556  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
70 aa  78.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0932  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
68 aa  77.8  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  33.82 
 
 
189 aa  77.4  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2120  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  77.4  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.597488  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2846  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
73 aa  77.4  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.495681  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1752  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.38 
 
 
68 aa  77.4  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>