291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2108 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  100 
 
 
269 aa  536  1e-151  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  45.3 
 
 
248 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  41.15 
 
 
246 aa  156  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  42.68 
 
 
240 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  41.28 
 
 
240 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  39.83 
 
 
255 aa  147  2e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  41.7 
 
 
240 aa  145  7e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  41.77 
 
 
253 aa  145  8e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  40.26 
 
 
236 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  35.74 
 
 
258 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  39.42 
 
 
243 aa  141  9e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  39.06 
 
 
271 aa  139  6e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  34.89 
 
 
258 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  38.89 
 
 
258 aa  134  1e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  36.48 
 
 
270 aa  134  2e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  39.26 
 
 
242 aa  134  2e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  39.06 
 
 
267 aa  132  4e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  37.23 
 
 
262 aa  132  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  39.81 
 
 
217 aa  132  9e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  38.14 
 
 
255 aa  130  2e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  39.57 
 
 
260 aa  130  2e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  37.34 
 
 
272 aa  127  2e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  39.68 
 
 
258 aa  126  4e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  36.93 
 
 
254 aa  126  4e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  35.98 
 
 
255 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  37.39 
 
 
255 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  36 
 
 
262 aa  121  1e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  36.29 
 
 
255 aa  118  1e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  35.77 
 
 
271 aa  117  2e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  37.44 
 
 
243 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  37.8 
 
 
215 aa  115  7e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  37.34 
 
 
269 aa  114  2e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  29.88 
 
 
245 aa  113  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  31.76 
 
 
229 aa  112  7e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  35.96 
 
 
243 aa  112  8e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  39 
 
 
245 aa  110  2e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  35.87 
 
 
239 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  35.37 
 
 
262 aa  109  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  33.19 
 
 
264 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  28.63 
 
 
227 aa  106  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  35.11 
 
 
238 aa  106  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  34.65 
 
 
247 aa  106  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  28.15 
 
 
270 aa  105  5e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  34.91 
 
 
268 aa  105  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  35.71 
 
 
262 aa  105  9e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  25 
 
 
230 aa  105  1e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  33.94 
 
 
239 aa  104  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  34.8 
 
 
243 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  33.47 
 
 
238 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.02342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  35.59 
 
 
256 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  31.11 
 
 
296 aa  103  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  34.2 
 
 
227 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
242 aa  103  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  34.93 
 
 
258 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  38.22 
 
 
213 aa  102  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  32.52 
 
 
245 aa  102  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  2.43751e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  32.38 
 
 
233 aa  101  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  34.05 
 
 
251 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  28.03 
 
 
230 aa  100  2e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  31.12 
 
 
239 aa  100  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  29.77 
 
 
231 aa  100  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  31.17 
 
 
251 aa  99.8  4e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  30.3 
 
 
234 aa  99.8  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  37.12 
 
 
270 aa  99  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  30.04 
 
 
234 aa  97.8  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1679  phosphoribosyltransferase  29.83 
 
 
231 aa  97.8  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16480  amidophosphoribosyltransferase  27.24 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.58809e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  31.03 
 
 
239 aa  97.1  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
246 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  40.57 
 
 
264 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1401  phosphoribosyltransferase  32.9 
 
 
242 aa  95.1  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  30.99 
 
 
246 aa  94.7  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  33.62 
 
 
241 aa  93.6  3e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  33.92 
 
 
245 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  35.06 
 
 
299 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  32.3 
 
 
259 aa  93.2  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  30.8 
 
 
247 aa  93.2  4e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  30.9 
 
 
263 aa  93.2  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  30.9 
 
 
237 aa  93.2  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  34.89 
 
 
230 aa  92.8  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  34.5 
 
 
243 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  32.76 
 
 
268 aa  92.4  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  31.76 
 
 
268 aa  92.4  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  31.74 
 
 
233 aa  91.3  1e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  32.33 
 
 
262 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  33.19 
 
 
241 aa  91.3  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  32.73 
 
 
279 aa  91.3  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.54112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  37.76 
 
 
279 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  8.49043e-05 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  27.27 
 
 
220 aa  90.5  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  7.9712e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  30.8 
 
 
263 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  33.02 
 
 
247 aa  89.7  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  28.09 
 
 
245 aa  89.7  4e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1875  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.44 
 
 
215 aa  89.4  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  30.57 
 
 
244 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1412  hypothetical protein  27.08 
 
 
231 aa  89.7  5e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0156224  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  32.93 
 
 
262 aa  89.4  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  32.62 
 
 
237 aa  89  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  31.17 
 
 
233 aa  89  8e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  1.70778e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  31.03 
 
 
263 aa  88.6  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  31.62 
 
 
233 aa  88.6  9e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.15929e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>