More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2016 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
229 aa  452  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  50 
 
 
228 aa  227  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  50 
 
 
227 aa  211  9e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
226 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  31.96 
 
 
243 aa  116  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  34.98 
 
 
226 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
225 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.73 
 
 
224 aa  107  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.54 
 
 
225 aa  104  9e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  36.9 
 
 
228 aa  104  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.84 
 
 
225 aa  103  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.39 
 
 
230 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.84 
 
 
225 aa  102  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.11 
 
 
224 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  30.99 
 
 
224 aa  102  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.7 
 
 
226 aa  102  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
239 aa  101  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
230 aa  101  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
230 aa  101  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  32.41 
 
 
225 aa  99  5e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.81 
 
 
226 aa  99  5e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.48 
 
 
227 aa  99  5e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
251 aa  98.6  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
222 aa  99  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.76 
 
 
228 aa  98.2  8e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
228 aa  98.2  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
231 aa  98.2  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
218 aa  97.4  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
225 aa  98.2  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
226 aa  97.1  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.91 
 
 
236 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.65 
 
 
239 aa  97.4  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.69 
 
 
226 aa  96.7  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
246 aa  96.3  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.65 
 
 
239 aa  96.7  3e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.82 
 
 
226 aa  96.7  3e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.84 
 
 
224 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
225 aa  95.9  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
254 aa  96.3  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.38 
 
 
236 aa  96.3  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.76 
 
 
226 aa  96.3  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
239 aa  95.5  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
263 aa  94.7  9e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2941  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
235 aa  94.4  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
224 aa  94  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
225 aa  94  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
239 aa  93.2  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
224 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.66 
 
 
231 aa  92.8  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
227 aa  92.8  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.05 
 
 
228 aa  92.8  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
231 aa  92.4  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
229 aa  92.4  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 
225 aa  92.4  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.2 
 
 
228 aa  92  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
230 aa  90.9  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  30.19 
 
 
226 aa  90.9  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
218 aa  90.1  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.15 
 
 
227 aa  90.5  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
241 aa  90.9  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
224 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.1 
 
 
229 aa  90.1  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
222 aa  89.4  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
228 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
224 aa  89.4  5e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  31.9 
 
 
228 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
228 aa  89.4  5e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  31.67 
 
 
224 aa  89  6e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
224 aa  89  6e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.69 
 
 
236 aa  89  6e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
224 aa  89  6e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
224 aa  89  6e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
228 aa  88.6  7e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.78 
 
 
243 aa  88.6  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.51 
 
 
227 aa  88.2  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
229 aa  87.8  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
217 aa  87.8  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.08 
 
 
231 aa  87.8  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
235 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 
229 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.74 
 
 
224 aa  87.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  31.43 
 
 
228 aa  87  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  32.09 
 
 
225 aa  87.4  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.56 
 
 
241 aa  87.4  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  31.77 
 
 
222 aa  86.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.23 
 
 
236 aa  86.7  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  33.16 
 
 
224 aa  86.3  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.1 
 
 
231 aa  86.3  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.58 
 
 
227 aa  85.9  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.61 
 
 
227 aa  85.9  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.35 
 
 
220 aa  85.5  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.7 
 
 
219 aa  85.5  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.11 
 
 
216 aa  85.5  7e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0015242 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  30.61 
 
 
233 aa  85.1  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
220 aa  85.1  8e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.09 
 
 
242 aa  85.1  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.18 
 
 
224 aa  85.1  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  29.44 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>